Genome-wide analysis reveals selection for Chinese Rongchang pigs

Abstract

Livestock have undergone domestication and consequently strong selective pressure on genes or genomic regions that control desirable traits. To identify selection signatures in the genome of Chinese Rongchang pigs, we generated a total of about 170 Gb of DNA sequence data with about 6.4-fold coverage for each of six female individuals. By combining these data with the publically available genome data of 10 Asian wild boars, we identified 449 protein-coding genes with selection signatures in Rongchang pigs, which are mainly involved in growth and hormone binding, nervous system development, and drug metabolism. The accelerated evolution of these genes may contribute to the dramatic phenotypic differences between Rongchang pigs and Chinese wild boars. This study illustrated how domestication and subsequent artificial selection have shaped patterns of genetic variation in Rongchang pigs and provides valuable genetic resources that can enhance the use of pigs in agricultural production and biomedical studies.

Keywords

domestication / genome / pig / re-sequencing / selection

References

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Accession codes

The genome resequencing reads of Rongchang pigs have been deposited into the NCBI SRA database under the accession SRP034675.

Supplementary materials

The online version of this article at http://dx.doi.org/10.15302/J-FASE-2017161 contains supplementary materials (Tables S1–S6; Fig. S1).

Acknowledgements

This work was supported by the National High Technology Research and Development Program of China (2013AA102502), Chongqing Agricultural Development Foundation (12404, 14440 and 15428), the National Natural Science Foundation of China (31372284, 31401073, 31472081, 31522055, 31601919 and 31601930), the Program for Innovative Research Team of Sichuan Province (2015TD0012), the National Program for Support of Top-notch Young Professionals, and the Young Scholars of the Yangtze River.

Compliance with ethics guidelines

Lei Chen, Shilin Tian, Long Jin, Zongyi Guo, Dan Zhu, Lan Jing, Tiandong Che, Qianzi Tang, Siqing Chen, Liang Zhang, Tinghuan Zhang, Zuohua Liu, Jinyong Wang, and Mingzhou Li declare that they have no conflicts of interest or financial conflicts to disclose.

All applicable institutional and national guidelines for the care and use of animals were followed.

RIGHTS & PERMISSIONS

The Author(s) 2017. Published by Higher Education Press. This is an open access article under the CC BY license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0)