Genomics and genetic breeding in aquatic animals: progress and prospects

Abstract

Genomics focuses on dissection of genome structure and function to provide a molecular basis for understanding the genetic background. In a pivotal step, the expense of whole genome sequencing has been largely eliminated by the rapid updating of sequencing technology, leading to increasing numbers of decoded genomes of aquatic organisms, driving the aquaculture industry into the genomic era. Multiple aquatic areas have been influenced by these findings, such as accelerated generation shift in the seed industry and the process of breeding improved lines. In this article, we have summarized the latest domestic and international progress of aquatic animals in nine aspects, including WGS and fine mapping, construction of high density genetic/physical maps, trait-related marker/genes screening, as well as sex control, genome editing, and other molecular breeding technologies. Finally, the existing problems in this field have been discussed and five future counter measures have been proposed accordingly.

Keywords

aquaculture / genomics / genetic breeding / progress

References

[1] Aparicio S, Chapman J, Stupka E, Putnam N, Chia J M, Dehal P, Christoffels A, Rash S, Hoon S, Smit A, Gelpke M D, Roach J, Oh T, Ho I Y, Wong M, Detter C, Verhoef F, Predki P, Tay A, Lucas S, Richardson P, Smith S F, Clark M S, Edwards Y J, Doggett N, Zharkikh A, Tavtigian S V, Pruss D, Barnstead M, Evans C, Baden H, Powell J, Glusman G, Rowen L, Hood L, Tan Y H, Elgar G, Hawkins T, Venkatesh B, Rokhsar D, Brenner S. Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes. Science, 2002, 297(5585): 1301–1310

[2] Star B, Nederbragt A J, Jentoft S, Grimholt U, Malmstrøm M, Gregers T F, Rounge T B, Paulsen J, Solbakken M H, Sharma A, Wetten O F, Lanzén A, Winer R, Knight J, Vogel J H, Aken B, Andersen O, Lagesen K, Tooming-Klunderud A, Edvardsen R B, Tina K G, Espelund M, Nepal C, Previti C, Karlsen B O, Moum T, Skage M, Berg P R, Gjøen T, Kuhl H, Thorsen J, Malde K, Reinhardt R, Du L, Johansen S D, Searle S, Lien S, Nilsen F, Jonassen I, Omholt S W, Stenseth N C, Jakobsen K S. The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system. Nature, 2011, 477(7363): 207–210

[3] Jones F C, Grabherr M G, Chan Y F, Russell P, Mauceli E, Johnson J, Swofford R, Pirun M, Zody M C, White S, Birney E, Searle S, Schmutz J, Grimwood J, Dickson M C, Myers R M, Miller C T, Summers B R, Knecht A K, Brady S D, Zhang H, Pollen A A, Howes T, Amemiya C, Baldwin J, Bloom T, Jaffe D B, Nicol R, Wilkinson J, Lander E S, Di Palma F, Lindblad-Toh K, Kingsley D M. The genomic basis of adaptive evolution in threespine sticklebacks. Nature, 2012, 484(7392): 55–61

[4] Howe K, Clark M D, Torroja C F, Torrance J, Berthelot C, Muffato M, Collins J E, Humphray S, McLaren K, Matthews L, McLaren S, Sealy I, Caccamo M, Churcher C, Scott C, Barrett J C, Koch R, Rauch G J, White S, Chow W, Kilian B, Quintais L T, Guerra-Assunção J A, Zhou Y, Gu Y, Yen J, Vogel J H, Eyre T, Redmond S, Banerjee R, Chi J, Fu B, Langley E, Maguire S F, Laird G K, Lloyd D, Kenyon E, Donaldson S, Sehra H, Almeida-King J, Loveland J, Trevanion S, Jones M, Quail M, Willey D, Hunt A, Burton J, Sims S, McLay K, Plumb B, Davis J, Clee C, Oliver K, Clark R, Riddle C, Elliot D, Threadgold G, Harden G, Ware D, Begum S, Mortimore B, Kerry G, Heath P, Phillimore B, Tracey A, Corby N, Dunn M, Johnson C, Wood J, Clark S, Pelan S, Griffiths G, Smith M, Glithero R, Howden P, Barker N, Lloyd C, Stevens C, Harley J, Holt K, Panagiotidis G, Lovell J, Beasley H, Henderson C, Gordon D, Auger K, Wright D, Collins J, Raisen C, Dyer L, Leung K, Robertson L, Ambridge K, Leongamornlert D, McGuire S, Gilderthorp R, Griffiths C, Manthravadi D, Nichol S, Barker G, Whitehead S, Kay M, Brown J, Murnane C, Gray E, Humphries M, Sycamore N, Barker D, Saunders D, Wallis J, Babbage A, Hammond S, Mashreghi-Mohammadi M, Barr L, Martin S, Wray P, Ellington A, Matthews N, Ellwood M, Woodmansey R, Clark G, Cooper J, Tromans A, Grafham D, Skuce C, Pandian R, Andrews R, Harrison E, Kimberley A, Garnett J, Fosker N, Hall R, Garner P, Kelly D, Bird C, Palmer S, Gehring I, Berger A, Dooley C M, Ersan-Ürün Z, Eser C, Geiger H, Geisler M, Karotki L, Kirn A, Konantz J, Konantz M, Oberländer M, Rudolph-Geiger S, Teucke M, Lanz C, Raddatz G, Osoegawa K, Zhu B, Rapp A, Widaa S, Langford C, Yang F, Schuster S C, Carter N P, Harrow J, Ning Z, Herrero J, Searle S M, Enright A, Geisler R, Plasterk R H, Lee C, Westerfield M, de Jong P J, Zon L I, Postlethwait J H, Nüsslein-Volhard C, Hubbard T J, Roest Crollius H, Rogers J, Stemple D L. The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome. Nature, 2013, 496(7446): 498–503

[5] Berthelot C, Brunet F, Chalopin D, Juanchich A, Bernard M, Noël B, Bento P, Da Silva C, Labadie K, Alberti A, Aury J M, Louis A, Dehais P, Bardou P, Montfort J, Klopp C, Cabau C, Gaspin C, Thorgaard G H, Boussaha M, Quillet E, Guyomard R, Galiana D, Bobe J, Volff J N, Genêt C, Wincker P, Jaillon O, Crollius H R, Guiguen Y. The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates. Nature Communications, 2014, 5: 3657

[6] Lien S, Koop B F, Sandve S R, Miller J R, Kent M P, Nome T, Hvidsten T R, Leong J S, Minkley D R, Zimin A, Grammes F, Grove H, Gjuvsland A, Walenz B, Hermansen R A, von Schalburg K, Rondeau E B, Di Genova A, Samy J K A, Olav Vik J, Vigeland M D, Caler L, Grimholt U, Jentoft S, Inge Våge D, de Jong P, Moen T, Baranski M, Palti Y, Smith D R, Yorke J A, Nederbragt A J, Tooming-Klunderud A, Jakobsen K S, Jiang X, Fan D, Hu Y, Liberles D A, Vidal R, Iturra P, Jones S J M, Jonassen I, Maass A, Omholt S W, Davidson W S. The Atlantic salmon genome provides insights into rediploidization. Nature, 2016, 533(7602): 200–205

[7] Zhang G, Fang X, Guo X, Li L, Luo R, Xu F, Yang P, Zhang L, Wang X, Qi H, Xiong Z, Que H, Xie Y, Holland P W, Paps J, Zhu Y, Wu F, Chen Y, Wang J, Peng C, Meng J, Yang L, Liu J, Wen B, Zhang N, Huang Z, Zhu Q, Feng Y, Mount A, Hedgecock D, Xu Z, Liu Y, Domazet-Lošo T, Du Y, Sun X, Zhang S, Liu B, Cheng P, Jiang X, Li J, Fan D, Wang W, Fu W, Wang T, Wang B, Zhang J, Peng Z, Li Y, Li N, Wang J, Chen M, He Y, Tan F, Song X, Zheng Q, Huang R, Yang H, Du X, Chen L, Yang M, Gaffney P M, Wang S, Luo L, She Z, Ming Y, Huang W, Zhang S, Huang B, Zhang Y, Qu T, Ni P, Miao G, Wang J, Wang Q, Steinberg C E, Wang H, Li N, Qian L, Zhang G, Li Y, Yang H, Liu X, Wang J, Yin Y, Wang J. The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation. Nature, 2012, 490(7418): 49–54

[8] Chen S, Zhang G, Shao C, Huang Q, Liu G, Zhang P, Song W, An N, Chalopin D, Volff J N, Hong Y, Li Q, Sha Z, Zhou H, Xie M, Yu Q, Liu Y, Xiang H, Wang N, Wu K, Yang C, Zhou Q, Liao X, Yang L, Hu Q, Zhang J, Meng L, Jin L, Tian Y, Lian J, Yang J, Miao G, Liu S, Liang Z, Yan F, Li Y, Sun B, Zhang H, Zhang J, Zhu Y, Du M, Zhao Y, Schartl M, Tang Q, Wang J. Whole-genome sequence of a flatfish provides insights into ZW sex chromosome evolution and adaptation to a benthic lifestyle. Nature Genetics, 2014, 46(3): 253–260

[9] Xu P, Zhang X, Wang X, Li J, Liu G, Kuang Y, Xu J, Zheng X, Ren L, Wang G, Zhang Y, Huo L, Zhao Z, Cao D, Lu C, Li C, Zhou Y, Liu Z, Fan Z, Shan G, Li X, Wu S, Song L, Hou G, Jiang Y, Jeney Z, Yu D, Wang L, Shao C, Song L, Sun J, Ji P, Wang J, Li Q, Xu L, Sun F, Feng J, Wang C, Wang S, Wang B, Li Y, Zhu Y, Xue W, Zhao L, Wang J, Gu Y, Lv W, Wu K, Xiao J, Wu J, Zhang Z, Yu J, Sun X. Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio. Nature Genetics, 2014, 46(11): 1212–1219

[10] Wu C, Zhang D, Kan M, Lv Z, Zhu A, Su Y, Zhou D, Zhang J, Zhang Z, Xu M, Jiang L, Guo B, Wang T, Chi C, Mao Y, Zhou J, Yu X, Wang H, Weng X, Jin J G, Ye J, He L, Liu Y. The draft genome of the large yellow croaker reveals well-developed innate immunity. Nature Communications, 2014, 5: 5227

[11] Wang Y, Lu Y, Zhang Y, Ning Z, Li Y, Zhao Q, Lu H, Huang R, Xia X, Feng Q, Liang X, Liu K, Zhang L, Lu T, Huang T, Fan D, Weng Q, Zhu C, Lu Y, Li W, Wen Z, Zhou C, Tian Q, Kang X, Shi M, Zhang W, Jang S, Du F, He S, Liao L, Li Y, Gui B, He H, Ning Z, Yang C, He L, Luo L, Yang R, Luo Q, Liu X, Li S, Huang W, Xiao L, Lin H, Han B, Zhu Z. The draft genome of the grass carp (Ctenopharyngodon idellus) provides insights into its evolution and vegetarian adaptation. Nature Genetics, 2015, 47(6): 625–631

[12] Jaillon O, Aury J M, Brunet F, Petit J L, Stange-Thomann N, Mauceli E, Bouneau L, Fischer C, Ozouf-Costaz C, Bernot A, Nicaud S, Jaffe D, Fisher S, Lutfalla G, Dossat C, Segurens B, Dasilva C, Salanoubat M, Levy M, Boudet N, Castellano S, Anthouard V, Jubin C, Castelli V, Katinka M, Vacherie B, Biémont C, Skalli Z, Cattolico L, Poulain J, De Berardinis V, Cruaud C, Duprat S, Brottier P, Coutanceau J P, Gouzy J, Parra G, Lardier G, Chapple C, McKernan K J, McEwan P, Bosak S, Kellis M, Volff J N, Guigó R, Zody M C, Mesirov J, Lindblad-Toh K, Birren B, Nusbaum C, Kahn D, Robinson-Rechavi M, Laudet V, Schachter V, Quétier F, Saurin W, Scarpelli C, Wincker P, Lander E S, Weissenbach J, Roest Crollius H. Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype. Nature, 2004, 431(7011): 946–957

[13] Kasahara M, Naruse K, Sasaki S, Nakatani Y, Qu W, Ahsan B, Yamada T, Nagayasu Y, Doi K, Kasai Y, Jindo T, Kobayashi D, Shimada A, Toyoda A, Kuroki Y, Fujiyama A, Sasaki T, Shimizu A, Asakawa S, Shimizu N, Hashimoto S, Yang J, Lee Y, Matsushima K, Sugano S, Sakaizumi M, Narita T, Ohishi K, Haga S, Ohta F, Nomoto H, Nogata K, Morishita T, Endo T, Shin-I T, Takeda H, Morishita S, Kohara Y. The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution. Nature, 2007, 447(7145): 714–719

[14] Liu Z, Liu S, Yao J, Bao L, Zhang J, Li Y, Jiang C, Sun L, Wang R, Zhang Y, Zhou T, Zeng Q, Fu Q, Gao S, Li N, Koren S, Jiang Y, Zimin A, Xu P, Phillippy A M, Geng X, Song L, Sun F, Li C, Wang X, Chen A, Jin Y, Yuan Z, Yang Y, Tan S, Peatman E, Lu J, Qin Z, Dunham R, Li Z, Sonstegard T, Feng J, Danzmann R G, Schroeder S, Scheffler B, Duke M V, Ballard L, Kucuktas H, Kaltenboeck L, Liu H, Armbruster J, Xie Y, Kirby M L, Tian Y, Flanagan M E, Mu W, Waldbieser G C. The channel catfish genome sequence provides insights into the evolution of scale formation in teleosts. Nature Communications, 2016, 7: 11757

[15] Takeuchi T, Kawashima T, Koyanagi R, Gyoja F, Tanaka M, Ikuta T, Shoguchi E, Fujiwara M, Shinzato C, Hisata K, Fujie M, Usami T, Nagai K, Maeyama K, Okamoto K, Aoki H, Ishikawa T, Masaoka T, Fujiwara A, Endo K, Endo H, Nagasawa H, Kinoshita S, Asakawa S, Watabe S, Satoh N. Draft genome of the pearl oyster Pinctada fucata: a platform for understanding bivalve biology. DNA Research, 2012, 19(2): 117–130

[16] Smith J J, Kuraku S, Holt C, Sauka-Spengler T, Jiang N, Campbell M S, Yandell M D, Manousaki T, Meyer A, Bloom O E, Morgan J R, Buxbaum J D, Sachidanandam R, Sims C, Garruss A S, Cook M, Krumlauf R, Wiedemann L M, Sower S A, Decatur W A, Hall J A, Amemiya C T, Saha N R, Buckley K M, Rast J P, Das S, Hirano M, McCurley N, Guo P, Rohner N, Tabin C J, Piccinelli P, Elgar G, Ruffier M, Aken B L, Searle S M, Muffato M, Pignatelli M, Herrero J, Jones M, Brown C T, Chung-Davidson Y W, Nanlohy K G, Libants S V, Yeh C Y, McCauley D W, Langeland J A, Pancer Z, Fritzsch B, de Jong P J, Zhu B, Fulton L L, Theising B, Flicek P, Bronner M E, Warren W C, Clifton S W, Wilson R K, Li W.Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provides insights into vertebrate evolution. Nature Genetics, 2013, 45(4): 415–421, 421e411–412

[17] Amemiya C T, Alföldi J, Lee A P, Fan S, Philippe H, Maccallum I, Braasch I, Manousaki T, Schneider I, Rohner N, Organ C, Chalopin D, Smith J J, Robinson M, Dorrington R A, Gerdol M, Aken B, Biscotti M A, Barucca M, Baurain D, Berlin A M, Blatch G L, Buonocore F, Burmester T, Campbell M S, Canapa A, Cannon J P, Christoffels A, De Moro G, Edkins A L, Fan L, Fausto A M, Feiner N, Forconi M, Gamieldien J, Gnerre S, Gnirke A, Goldstone J V, Haerty W, Hahn M E, Hesse U, Hoffmann S, Johnson J, Karchner S I, Kuraku S, Lara M, Levin J Z, Litman G W, Mauceli E, Miyake T, Mueller M G, Nelson D R, Nitsche A, Olmo E, Ota T, Pallavicini A, Panji S, Picone B, Ponting C P, Prohaska S J, Przybylski D, Saha N R, Ravi V, Ribeiro F J, Sauka-Spengler T, Scapigliati G, Searle S M, Sharpe T, Simakov O, Stadler P F, Stegeman J J, Sumiyama K, Tabbaa D, Tafer H, Turner-Maier J, van Heusden P, White S, Williams L, Yandell M, Brinkmann H, Volff J N, Tabin C J, Shubin N, Schartl M, Jaffe D B, Postlethwait J H, Venkatesh B, Di Palma F, Lander E S, Meyer A, Lindblad-Toh K. The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution. Nature, 2013, 496(7445): 311–316

[18] Nakamura Y, Mori K, Saitoh K, Oshima K, Mekuchi M, Sugaya T, Shigenobu Y, Ojima N, Muta S, Fujiwara A, Yasuike M, Oohara I, Hirakawa H, Chowdhury V S, Kobayashi T, Nakajima K, Sano M, Wada T, Tashiro K, Ikeo K, Hattori M, Kuhara S, Gojobori T, Inouye K. Evolutionary changes of multiple visual pigment genes in the complete genome of Pacific bluefin tuna. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110(27): 11061–11066

[19] Schartl M, Walter R B, Shen Y, Garcia T, Catchen J, Amores A, Braasch I, Chalopin D, Volff J N, Lesch K P, Bisazza A, Minx P, Hillier L, Wilson R K, Fuerstenberg S, Boore J, Searle S, Postlethwait J H, Warren W C. The genome of the platyfish, Xiphophorus maculatus, provides insights into evolutionary adaptation and several complex traits. Nature Genetics, 2013, 45(5): 567–572

[20] Wang Z, Pascual-Anaya J, Zadissa A, Li W, Niimura Y, Huang Z, Li C, White S, Xiong Z, Fang D, Wang B, Ming Y, Chen Y, Zheng Y, Kuraku S, Pignatelli M, Herrero J, Beal K, Nozawa M, Li Q, Wang J, Zhang H, Yu L, Shigenobu S, Wang J, Liu J, Flicek P, Searle S, Wang J, Kuratani S, Yin Y, Aken B, Zhang G, Irie N. The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan. Nature Genetics, 2013, 45(6): 701–706

[21] Venkatesh B, Lee A P, Ravi V, Maurya A K, Lian M M, Swann J B, Ohta Y, Flajnik M F, Sutoh Y, Kasahara M, Hoon S, Gangu V, Roy S W, Irimia M, Korzh V, Kondrychyn I, Lim Z W, Tay B H, Tohari S, Kong K W, Ho S, Lorente-Galdos B, Quilez J, Marques-Bonet T, Raney B J, Ingham P W, Tay A, Hillier L W, Minx P, Boehm T, Wilson R K, Brenner S, Warren W C. Elephant shark genome provides unique insights into gnathostome evolution. Nature, 2014, 505(7482): 174–179

[22] Shin S C, Ahn D H, Kim S J, Pyo C W, Lee H, Kim M K, Lee J, Lee J E, Detrich H W, Postlethwait J H, Edwards D, Lee S G, Lee J H, Park H. The genome sequence of the Antarctic bullhead notothen reveals evolutionary adaptations to a cold environment. Genome Biology, 2014, 15(9): 468

[23] You X, Bian C, Zan Q, Xu X, Liu X, Chen J, Wang J, Qiu Y, Li W, Zhang X, Sun Y, Chen S, Hong W, Li Y, Cheng S, Fan G, Shi C, Liang J, Tom Tang Y, Yang C, Ruan Z, Bai J, Peng C, Mu Q, Lu J, Fan M, Yang S, Huang Z, Jiang X, Fang X, Zhang G, Zhang Y, Polgar G, Yu H, Li J, Liu Z, Zhang G, Ravi V, Coon S L, Wang J, Yang H, Venkatesh B, Wang J, Shi Q. Mudskipper genomes provide insights into the terrestrial adaptation of amphibious fishes. Nature Communications, 2014, 5: 5594

[24] Ao J, Mu Y, Xiang L X, Fan D, Feng M, Zhang S, Shi Q, Zhu L Y, Li T, Ding Y, Nie L, Li Q, Dong W R, Jiang L, Sun B, Zhang X, Li M, Zhang H Q, Xie S, Zhu Y, Jiang X, Wang X, Mu P, Chen W, Yue Z, Wang Z, Wang J, Shao J Z, Chen X. Genome sequencing of the perciform fish Larimichthys crocea provides insights into molecular and genetic mechanisms of stress adaptation. PLoS Genetics, 2015, 11(4): e1005118

[25] Gao Y, Gao Q, Zhang H, Wang L, Zhang F, Yang C, Song L. Draft sequencing and analysis of the genome of pufferfish Takifugu flavidus. DNA Research, 2014, 21(6): 627–637

[26] Reichwald K, Petzold A, Koch P, Downie B R, Hartmann N, Pietsch S, Baumgart M, Chalopin D, Felder M, Bens M, Sahm A, Szafranski K, Taudien S, Groth M, Arisi I, Weise A, Bhatt S S, Sharma V, Kraus J M, Schmid F, Priebe S, Liehr T, Görlach M, Than M E, Hiller M, Kestler H A, Volff J N, Schartl M, Cellerino A, Englert C, Platzer M. Insights into sex chromosome evolution and aging from the genome of a short-lived fish. Cell, 2015, 163(6): 1527–1538

[27] AlMomin S, Kumar V, Al-Amad S, Al-Hussaini M, Dashti T, Al-Enezi K, Akbar A, Golding B. Draft genome sequence of the silver pomfret fish, Pampus argenteus. Genome, 2016, 59(1): 51–58

[28] Braasch I, Gehrke A R, Smith J J, Kawasaki K, Manousaki T, Pasquier J, Amores A, Desvignes T, Batzel P, Catchen J, Berlin A M, Campbell M S, Barrell D, Martin K J, Mulley J F, Ravi V, Lee A P, Nakamura T, Chalopin D, Fan S, Wcisel D, Cañestro C, Sydes J, Beaudry F E, Sun Y, Hertel J, Beam M J, Fasold M, Ishiyama M, Johnson J, Kehr S, Lara M, Letaw J H, Litman G W, Litman R T, Mikami M, Ota T, Saha N R, Williams L, Stadler P F, Wang H, Taylor J S, Fontenot Q, Ferrara A, Searle S M, Aken B, Yandell M, Schneider I, Yoder J A, Volff J N, Meyer A, Amemiya C T, Venkatesh B, Holland P W, Guiguen Y, Bobe J, Shubin N H, Di Palma F, Alföldi J, Lindblad-Toh K, Postlethwait J H. The spotted gar genome illuminates vertebrate evolution and facilitates human-teleost comparisons. Nature Genetics, 2016, 48(4): 427–437

[29] Song W, Pang R, Niu Y, Gao F, Zhao Y, Zhang J, Sun J, Shao C, Liao X, Wang L, Tian Y, Chen S. Construction of high-density genetic linkage maps and mapping of growth-related quantitative trail loci in the Japanese flounder (Paralichthys olivaceus). PLoS One, 2012, 7(11): e50404

[30] Shao C, Niu Y, Rastas P, Liu Y, Xie Z, Li H, Wang L, Jiang Y, Tai S, Tian Y, Sakamoto T, Chen S. Genome-wide SNP identification for the construction of a high-resolution genetic map of Japanese flounder (Paralichthys olivaceus): applications to QTL mapping of Vibrio anguillarum disease resistance and comparative genomic analysis. DNA Research, 2015, 22(2): 161–170

[31] Song W, Li Y, Zhao Y, Liu Y, Niu Y, Pang R, Miao G, Liao X, Shao C, Gao F, Chen S. Construction of a high-density microsatellite genetic linkage map and mapping of sexual and growth-related traits in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). PLoS One, 2012, 7(12): e52097

[32] Zhang X, Zhang Y, Zheng X, Kuang Y, Zhao Z, Zhao L, Li C, Jiang L, Cao D, Lu C, Xu P, Sun X. A consensus linkage map provides insights on genome character and evolution in common carp (Cyprinus carpio L.). Marine Biotechnology, 2013, 15(3): 275–312

[33] Li Y, Liu S, Qin Z, Waldbieser G, Wang R, Sun L, Bao L, Danzmann R G, Dunham R, Liu Z. Construction of a high-density, high-resolution genetic map and its integration with BAC-based physical map in channel catfish. DNA Research, 2015, 22(1): 39–52

[34] Guyomard R, Boussaha M, Krieg F, Hervet C, Quillet E. A synthetic rainbow trout linkage map provides new insights into the salmonid whole genome duplication and the conservation of synteny among teleosts. BMC Genetics, 2012, 13(1): 15

[35] Bouza C, Hermida M, Pardo B G, Vera M, Fernández C, de la Herrán R, Navajas-Pérez R, Álvarez-Dios J A, GÁmez-Tato A, Martínez P. An Expressed Sequence Tag (EST)-enriched genetic map of turbot (Scophthalmus maximus): a useful framework for comparative genomics across model and farmed teleosts. BMC Genetics, 2012, 13(1): 54

[36] Wang W, Hu Y, Ma Y, Xu L, Guan J, Kong J. High-density genetic linkage mapping in turbot (Scophthalmus maximus L.) based on SNP markers and major sex- and growth-related regions detection. PLoS One, 2015, 10(3): e0120410

[37] Xia J, Wan Z, Ng Z, Wang L, Fu G, Lin G, Liu F, Yue G. Genome-wide discovery and in silico mapping of gene-associated snps in Nile tilapia. Aquaculture, 2014, 432: 67–73

[38] Gonen S, Lowe N R, Cezard T, Gharbi K, Bishop S C, Houston R D. Linkage maps of the Atlantic salmon (Salmo salar) genome derived from RAD sequencing. BMC Genomics, 2014, 15(1): 166

[39] Ao J, Li J, You X, Mu Y, Ding Y, Mao K, Bian C, Mu P, Shi Q, Chen X. Construction of the high-density genetic linkage map and chromosome map of large yellow croaker (Larimichthys crocea). International Journal of Molecular Sciences, 2015, 16(11): 26237–26248

[40] Xiao S, Wang P, Zhang Y, Fang L, Liu Y, Li J T, Wang Z Y. Gene map of large yellow croaker (Larimichthys crocea) provides insights into teleost genome evolution and conserved regions associated with growth. Scientific Reports, 2015, 5(1): 18661

[41] Guo W J, Tong J G, Yu X M, Zhu C K, Feng X, Fu B D, He S P, Zeng F Z, Wang X H, Liu H Y, Liu L S. A second generation genetic linkage map for silver carp (Hypophthalmichehys molitrix) using microsatellite markers. Aquaculture, 2013, 412: 97–106

[42] Zhu C, Tong J, Yu X, Guo W, Wang X, Liu H, Feng X, Sun Y, Liu L, Fu B. A second-generation genetic linkage map for bighead carp (Aristichthys nobilis) based on microsatellite markers. Animal Genetics, 2014, 45(5): 699–708

[43] You X, Shu L, Li S, Chen J, Luo J, Lu J, Mu Q, Bai J, Xia Q, Chen Q, Cai Y, Zhang H, Chen G, Lin H, Zhang Y, Shi Q. Construction of high-density genetic linkage maps for orange-spotted grouper Epinephelus coioides using multiplexed shotgun genotyping. BMC Genetics, 2013, 14(1): 113

[44] Palaiokostas C, Bekaert M, Taggart J B, Gharbi K, McAndrew B J, Chatain B, Penman D J, Vandeputte M. A new SNP-based vision of the genetics of sex determination in European sea bass (Dicentrarchus labrax). Genetics, Selection, Evolution, 2015, 47(1): 68

[45] Hollenbeck C M, Portnoy D S, Gold J R. A genetic linkage map of red drum (Sciaenops ocellatus) and comparison of chromosomal syntenies with four other fish species. Aquaculture, 2015, 435: 265–274

[46] Li H, Liu X, Zhang G. A consensus microsatellite-based linkage map for the hermaphroditic bay scallop (Argopecten irradians) and its application in size-related QTL analysis. PLoS One, 2012, 7(10): e46926

[47] Jiao W, Fu X, Dou J, Li H, Su H, Mao J, Yu Q, Zhang L, Hu X, Huang X, Wang Y, Wang S, Bao Z. High-resolution linkage and quantitative trait locus mapping aided by genome survey sequencing: building up an integrative genomic framework for a bivalve mollusc. DNA Research, 2014, 21(1): 85–101

[48] Yu Y, Zhang X, Yuan J, Li F, Chen X, Zhao Y, Huang L, Zheng H, Xiang J. Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei. Scientific Reports, 2015, 5: 15612

[49] Geng X, Sha J, Liu S, Bao L, Zhang J, Wang R, Yao J, Li C, Feng J, Sun F, Sun L, Jiang C, Zhang Y, Chen A, Dunham R, Zhi D, Liu Z. A genome-wide association study in catfish reveals the presence of functional hubs of related genes within QTLs for columnaris disease resistance. BMC Genomics, 2015, 16(1): 196

[50] Xia J H, Feng F, Lin G, Wang C M, Yue G H. A first generation BAC-based physical map of the Asian seabass (Lates calcarifer). PLoS One, 2010, 5(8): e11974

[51] Ng S H, Artieri C G, Bosdet I E, Chiu R, Danzmann R G, Davidson W S, Ferguson M M, Fjell C D, Hoyheim B, Jones S J, de Jong P J, Koop B F, Krzywinski M I, Lubieniecki K, Marra M A, Mitchell L A, Mathewson C, Osoegawa K, Parisotto S E, Phillips R B, Rise M L, von Schalburg K R, Schein J E, Shin H, Siddiqui A, Thorsen J, Wye N, Yang G, Zhu B. A physical map of the genome of Atlantic salmon, Salmo salar. Genomics, 2005, 86(4): 396–404

[52] Quiniou S M, Waldbieser G C, Duke M V. A first generation BAC-based physical map of the channel catfish genome. BMC Genomics, 2007, 8(1): 40

[53] Xu P, Wang S, Liu L, Thorsen J, Kucuktas H, Liu Z. A BAC-based physical map of the channel catfish genome. Genomics, 2007, 90(3): 380–388

[54] Xu P, Wang J, Wang J, Cui R, Li Y, Zhao Z, Ji P, Zhang Y, Li J, Sun X. Generation of the first BAC-based physical map of the common carp genome. BMC Genomics, 2011, 12(1): 537

[55] Zhang J, Shao C, Zhang L, Liu K, Gao F, Dong Z, Xu P, Chen S. A first generation BAC-based physical map of the half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) genome. BMC Genomics, 2014, 15(1): 215

[56] Palti Y, Luo M C, Hu Y, Genet C, You F M, Vallejo R L, Thorgaard G H, Wheeler P A, Rexroad C E 3rd. A first generation BAC-based physical map of the rainbow trout genome. BMC Genomics, 2009, 10(1): 462

[57] Khorasani M Z, Hennig S, Imre G, Asakawa S, Palczewski S, Berger A, Hori H, Naruse K, Mitani H, Shima A, Lehrach H, Wittbrodt J, Kondoh H, Shimizu N, Himmelbauer H. A first generation physical map of the medaka genome in BACs essential for positional cloning and clone-by-clone based genomic sequencing. Mechanisms of Development, 2004, 121(7-8): 903–913

[58] Kingsley D M, Baoli Z, Osoegawa K, De Jong P J, Jacqueline S, Marra M, Catherine P, Amemiya C, Schluter D, Balabhadra S, Brian F, Yee Man C, Dickson M, Grimwood J, Schmutz J, Talbot W S, Myers R. New genomic tools for molecular studies of evolutionary change in threespine sticklebacks. Behaviour, 2004, 141(11–12): 1331–1344

[59] Katagiri T, Kidd C, Tomasino E, Davis J T, Wishon C, Stern J E, Carleton K L, Howe A E, Kocher T D. A BAC-based physical map of the Nile tilapia genome. BMC Genomics, 2005, 6(1): 89

[60] Zhang X, Zhao C, Huang C, Duan H, Huan P, Liu C, Zhang X, Zhang Y, Li F, Zhang H B, Xiang J. A BAC-based physical map of Zhikong scallop (Chlamys farreri Jones et Preston). PLoS One, 2011, 6(11): e27612

[61] Xiao S, Li J, Ma F, Fang L, Xu S, Chen W, Wang Z Y. Rapid construction of genome map for large yellow croaker (Larimichthys crocea) by the whole-genome mapping in BioNano Genomics Irys system. BMC Genomics, 2015, 16(1): 670

[62] Hattori R S, Murai Y, Oura M, Masuda S, Majhi S K, Sakamoto T, Fernandino J I, Somoza G M, Yokota M, Strüssmann C A. A Y-linked anti-Müllerian hormone duplication takes over a critical role in sex determination. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109(8): 2955–2959

[63] Santerre C, Sourdaine P, Adeline B, Martinez A S. Cg-SoxE and Cg-b-catenin, two new potential actors of the sex-determining pathway in a hermaphrodite lophotrochozoan, the Pacific oyster Crassostrea gigas. Comparative Biochemistry and Physiology Part A: Molecular & Integrative Physiology, 2014, 167: 68–76

[64] Shen Z G, Wang H P. Molecular players involved in temperature-dependent sex determination and sex differentiation in Teleost fish. Genetics, Selection, Evolution, 2014, 46(1): 26

[65] Takehana Y, Matsuda M, Myosho T, Suster M L, Kawakami K, Shin-I T, Kohara Y, Kuroki Y, Toyoda A, Fujiyama A, Hamaguchi S, Sakaizumi M, Naruse K. Co-option of Sox3 as the male-determining factor on the Y chromosome in the fish Oryzias dancena. Nature Communications, 2014, 5: 4157

[66] Yano A, Guyomard R, Nicol B, Jouanno E, Quillet E, Klopp C, Cabau C, Bouchez O, Fostier A, Guiguen Y. An immune-related gene evolved into the master sex-determining gene in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss. Current Biology, 2012, 22(15): 1423–1428

[67] Kamiya T, Kai W, Tasumi S, Oka A, Matsunaga T, Mizuno N, Fujita M, Suetake H, Suzuki S, Hosoya S, Tohari S, Brenner S, Miyadai T, Venkatesh B, Suzuki Y, Kikuchi K. A trans-species missense SNP in Amhr2 is associated with sex determination in the tiger pufferfish, Takifugu rubripes (fugu). PLoS Genetics, 2012, 8(7): e1002798

[68] Kikuchi K, Hamaguchi S. Novel sex-determining genes in fish and sex chromosome evolution. Developmental Dynamics, 2013, 242(4): 339–353

[69] Shao C, Li Q, Chen S, Zhang P, Lian J, Hu Q, Sun B, Jin L, Liu S, Wang Z, Zhao H, Jin Z, Liang Z, Li Y, Zheng Q, Zhang Y, Wang J, Zhang G. Epigenetic modification and inheritance in sexual reversal of fish. Genome Research, 2014, 24(4): 604–615

[70] Chen S L, Cui Z K, Zheng H Q, Liu Y, Wang N, Li Y Z, Shao C W. A genome-editing based method for germplasm construction in marine flatfish and its application. China Patent ZL201610162019.5, 2016

[71] Li M H, Yang H H, Li M R, Sun Y L, Jiang X L, Xie Q P, Wang T R, Shi H J, Sun L N, Zhou L Y, Wang D S. Antagonistic roles of Dmrt1 and Foxl2 in sex differentiation via estrogen production in tilapia as demonstrated by TALENs. Endocrinology, 2013, 154(12): 4814–4825

[72] Wang N, Wang X, Yang C, Zhao X, Zhang Y, Wang T, Chen S. Molecular cloning and multifunctional characterization of GRIM-19 (gene associated with retinoid-interferon-induced mortality 19) homologue from turbot (Scophthalmus maximus). Developmental and Comparative Immunology, 2014, 43(1): 96–105

[73] Yang C G, Liu S S, Sun B, Wang X L, Wang N, Chen S L. Iron-metabolic function and potential antibacterial role of Hepcidin and its correlated genes (Ferroportin 1 and Transferrin Receptor) in turbot (Scophthalmus maximus). Fish & Shellfish Immunology, 2013, 34(3): 744–755

[74] Zeng Y, Xiang J, Lu Y, Chen Y, Wang T, Gong G, Wang L, Li X, Chen S, Sha Z. sghC1q, a novel C1q family member from half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis): identification, expression and analysis of antibacterial and antiviral activities. Developmental and Comparative Immunology, 2015, 48(1): 151–163

[75] Sha Z, Gong G, Wang S, Lu Y, Wang L, Wang Q, Chen S. Identification and characterization of Cynoglossus semilaevis microRNA response to Vibrio anguillarum infection through high-throughput sequencing. Developmental and Comparative Immunology, 2014, 44(1): 59–69

[76] Hu G B, Lou H M, Dong X Z, Liu Q M, Zhang S C. Characteristics of the interferon regulatory factor 5 (IRF5) and its expression in response to LCDV and poly I:C challenges in Japanese flounder, Paralichthys olivaceus. Developmental and Comparative Immunology, 2012, 38(2): 377–382

[77] Huang Y, Tan J M, Wang Z, Yin S W, Huang X, Wang W, Ren Q. Cloning and characterization of two different L-type lectin genes from the Chinese mitten crab Eriocheir sinensis. Developmental and Comparative Immunology, 2014, 46(2): 255–266

[78] Liu Y, Zhang Y B, Liu T K, Gui J F. Lineage-specific expansion of IFIT gene family: an insight into coevolution with IFN gene family. PLoS One, 2013, 8(6): e66859

[79] Wang B, Zhang Y B, Liu T K, Shi J, Sun F, Gui J F. Fish viperin exerts a conserved antiviral function through RLR-triggered IFN signaling pathway. Developmental and Comparative Immunology, 2014, 47(1): 140–149

[80] Yao C L, Kong P, Wang Z Y, Ji P F, Liu X D, Cai M Y, Han X Z. Molecular cloning and expression of MyD88 in large yellow croaker, Pseudosciaena crocea. Fish & Shellfish Immunology, 2009, 26(2): 249–255

[81] Huang X N, Wang Z Y, Yao C L. Characterization of Toll-like receptor 3 gene in large yellow croaker, Pseudosciaena crocea. Fish & Shellfish Immunology, 2011, 31(1): 98–106

[82] Han F, Wang X Q, Yao C L, Wang Z Y. Molecular characterization of Ran gene up-regulated in large yellow croaker (Pseudosciaena crocea) immunity. Fish & Shellfish Immunology, 2010, 29(2): 327–333

[83] Han F, Wang X, Yang Q, Cai M, Wang Z Y. Characterization of a RacGTPase up-regulated in the large yellow croaker Pseudosciaena crocea immunity. Fish & Shellfish Immunology, 2011, 30(2): 501–508

[84] Mu Y, Wang K, Ao J, Chen X. Molecular characterization and biological effects of a CXCL8 homologue in large yellow croaker (Larimichthys crocea). Fish & Shellfish Immunology, 2015, 44(2): 462–470

[85] Ao J, Mu Y, Wang K, Sun M, Wang X, Chen X. Identification and characterization of a novel Toll-like receptor 2 homologue in the large yellow croaker Larimichthys crocea. Fish & Shellfish Immunology, 2016, 48: 221–227

[86] Wu S, Li B, Lin H, Li W. Stimulatory effects of neuropeptide Y on the growth of orange-spotted grouper (Epinephelus coioides). General and Comparative Endocrinology, 2012, 179(2): 159–166

[87] Ji X S, Chen S L, Jiang Y L, Xu T J, Yang J F, Tian Y S. Growth differences and differential expression analysis of pituitary adenylate cyclase activating polypeptide (PACAP) and growth hormone-releasing hormone (GHRH) between the sexes in half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis. General and Comparative Endocrinology, 2011, 170(1): 99–109

[88] Ji X S, Liu H W, Chen S L, Jiang Y L, Tian Y S. Growth differences and dimorphic expression of growth hormone (GH) in female and male Cynoglossus semilaevis after male sexual maturation. Marine Genomics, 2011, 4(1): 9–16

[89] Ma Q, Liu S, Zhuang Z, Lin L, Sun Z, Liu C, Ma H, Su Y, Tang Q. Genomic structure, polymorphism and expression analysis of the growth hormone (GH) gene in female and male Half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Gene, 2012, 493(1): 92–104

[90] Ma Q, Liu S F, Zhuang Z M, Sun Z Z, Liu C L, Tang Q S. The co-existence of two growth hormone receptors and their differential expression profiles between female and male tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Gene, 2012, 511(2): 341–352

[91] Qi X, Zhou W, Li S, Lu D, Yi S, Xie R, Liu X, Zhang Y, Lin H. Evidences for the regulation of GnRH and GTH expression by GnIH in the goldfish, Carassius auratus. Molecular and Cellular Endocrinology, 2013, 366(1): 9–20

[92] Meng L, Zhu Y, Zhang N, Liu W, Liu Y, Shao C, Wang N, Chen S. Cloning and characterization of tesk1, a novel spermatogenesis-related gene, in the tongue sole (Cynoglossus semilaevis). PLoS One, 2014, 9(10): e107922

[93] Xu W, Li H, Dong Z, Cui Z, Zhang N, Meng L, Zhu Y, Liu Y, Li Y, Guo H, Ma J, Wei Z, Zhang N, Yang Y, Chen S. Ubiquitin ligase gene neurl3 plays a role in spermatogenesis of half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) by regulating testis protein ubiquitination. Gene, 2016, 592(1): 215–220

[94] Chen S L, Ji X S, Shao C W, Li W L, Yang J F, Liang Z, Liao X L, Xu G B, Xu Y, Song W T. Induction of mitogynogenetic diploids and identification of WW super-female using sex-specific SSR markers in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Marine Biotechnology, 2012, 14(1): 120–128

[95] Langefors A, Lohm J, Grahn M, Andersen O, von Schantz T. Association between major histocompatibility complex class IIB alleles and resistance to Aeromonas salmonicida in Atlantic salmon. Proceedings: Biological Sciences, 2001, 268(1466): 479–485

[96] Rodríguez-Ramilo S T, Fernández J, Toro M A, Bouza C, Hermida M, Fernández C, Pardo B G, Cabaleiro S, Martínez P. Uncovering QTL for resistance and survival time to Philasterides dicentrarchi in turbot (Scophthalmus maximus). Animal Genetics, 2013, 44(2): 149–157

[97] Dutta S, Biswas S, Mukherjee K, Chakrabarty U, Mallik A, Mandal N. Identification of RAPD-SCAR marker linked to white spot syndrome virus resistance in populations of giant black tiger shrimp, Penaeus monodon Fabricius. Journal of Fish Diseases, 2014, 37(5): 471–480

[98] Dutta S, Chakrabarty U, Mallik A, Mandal N. Experimental evidence for white spot syndrome virus (WSSV) susceptibility linked to a microsatellite DNA marker in giant black tiger shrimp, Penaeus monodon (Fabricius). Journal of Fish Diseases, 2013, 36(6): 593–597

[99] Campbell N R, LaPatra S E, Overturf K, Towner R, Narum S R. Association mapping of disease resistance traits in rainbow trout using restriction site associated DNA sequencing. G3: Genes, Genomes, Gnetics, 2014, 4(12): 2473–2481

[100] Wang L, Fan C, Liu Y, Zhang Y, Liu S, Sun D, Deng H, Xu Y, Tian Y, Liao X, Xie M, Li W, Chen S. A genome scan for quantitative trait loci associated with Vibrio anguillarum infection resistance in Japanese flounder (Paralichthys olivaceus) by bulked segregant analysis. Marine Biotechnology, 2014, 16(5): 513–521

[101] Nie Q, Yue X, Chai X, Wang H, Liu B. Three vibrio-resistance related EST-SSR markers revealed by selective genotyping in the clam Meretrix meretrix. Fish & Shellfish Immunology, 2013, 35(2): 421–428

[102] Chen S L. Fish Sex Control and Cell Engineering Breeding. Beijing: Science Press, 2013 (in Chinese)

[103] Hu Q, Zhu Y, Liu Y, Wang N, Chen S. Cloning and characterization of wnt4a gene and evidence for positive selection in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Scientific Reports, 2014, 4: 7167

[104] Navarro-Martín L, Viñas J, Ribas L, Díaz N, Gutiérrez A, Di Croce L, Piferrer F. DNA methylation of the gonadal aromatase (cyp19a) promoter is involved in temperature-dependent sex ratio shifts in the European sea bass. PLoS Genetics, 2011, 7(12): e1002447

[105] Su B, Shang M, Grewe P M, Patil J G, Peatman E, Perera D A, Cheng Q, Li C, Weng C C, Li P, Liu Z, Dunham R A. Suppression and restoration of primordial germ cell marker gene expression in channel catfish, Ictalurus punctatus, using knockdown constructs regulated by copper transport protein gene promoters: potential for reversible transgenic sterilization. Theriogenology, 2015, 84(9): 1499–1512

[106] Lillehammer M, Meuwissen T H, Sonesson A K. A low-marker density implementation of genomic selection in aquaculture using within-family genomic breeding values. Genetics, Selection, Evolution, 2013, 45(1): 39

[107] Nirea K G, Sonesson A K, Woolliams J A, Meuwissen T H. Strategies for implementing genomic selection in family-based aquaculture breeding schemes: double haploid sib test populations. Genetics, Selection, Evolution, 2012, 44(1): 30

[108] Taylor J F. Implementation and accuracy of genomic selection. Aquaculture, 2014, 420: S8–S14

[109] Liu S, Sun L, Li Y, Sun F, Jiang Y, Zhang Y, Zhang J, Feng J, Kaltenboeck L, Kucuktas H, Liu Z. Development of the catfish 250K SNP array for genome-wide association studies. BMC Research Notes, 2014, 7(1): 135

[110] Xu J, Zhao Z, Zhang X, Zheng X, Li J, Jiang Y, Kuang Y, Zhang Y, Feng J, Li C, Yu J, Li Q, Zhu Y, Liu Y, Xu P, Sun X. Development and evaluation of the first high-throughput SNP array for common carp (Cyprinus carpio). BMC Genomics, 2014, 15(1): 307

[111] Ansai S, Kinoshita M. Targeted mutagenesis using CRISPR/Cas system in medaka. Biology Open, 2014, 3(5): 362–371

[112] Chang N, Sun C, Gao L, Zhu D, Xu X, Zhu X, Xiong J W, Xi J J. Genome editing with RNA-guided Cas9 nuclease in zebrafish embryos. Cell Research, 2013, 23(4): 465–472

[113] Edvardsen R B, Leininger S, Kleppe L, Skaftnesmo K O, Wargelius A. Targeted mutagenesis in Atlantic salmon (Salmo salar L.) using the CRISPR/Cas9 system induces complete knockout individuals in the F0 generation. PLoS One, 2014, 9(9): e108622

[114] Li M, Yang H, Zhao J, Fang L, Shi H, Li M, Sun Y, Zhang X, Jiang D, Zhou L, Wang D. Efficient and heritable gene targeting in tilapia by CRISPR/Cas9. Genetics, 2014, 197(2): 591–599

[115] Dong L, Xiao S, Wang Q, Wang Z. Comparative analysis of the GBLUP, emBayesB, and GWAS algorithms to predict genetic values in large yellow croaker (Larimichthys crocea). BMC Genomics, 2016, 17(1): 460

[116] Dong L, Xiao S, Chen J, Wan L, Wang Z. Genomic selection using extreme phenotypes and pre-selection of SNPs in large yellow croaker (Larimichthys crocea). Marine Biotechnology, 2016, 18(5): 575–583

Acknowledgements

We thank Prof. Qisheng Tang for his correction of this paper. This work was supported by grants from the National Natural Science Foundation of China (31461163005, 31530078) and the Taishan Scholar Climbing Project Fund of Shandong of China.

Compliance with ethics guidelines

Wenteng Xu and Songlin Chen declare that they have no conflicts of interest or financial conflicts to disclose.

This article is a review and does not contain any studies with human or animal subjects performed by any of the authors.

RIGHTS & PERMISSIONS

The Author(s) 2017. Published by Higher Education Press. This is an open access article under the CC BY license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0)