Meeting report on Synthetic Biology Young Scholar Forum

References

[1] Zhang, H., Lin, M., Shi, H., Ji, W., Huang, L., Zhang, X., Shen, S., Gao, R., Wu, S., Tian, C.,  (2014) Programming a Pavlovian-like conditioning circuit in Escherichia coli. Nat. Commun., 5, 3102

[2] Pardee, K., Green, A. A., Ferrante, T., Cameron, D. E., DaleyKeyser, A., Yin, P. and Collins, J. J. (2014) Paper-based synthetic gene networks. Cell, 159, 940–954

[3] Sun, W., Boulais, E., Hakobyan, Y., Wang, W. L., Guan, A., Bathe, M. and Yin, P. (2014) Casting inorganic structures with DNA molds. Science, 346, 1258361

[4] Iinuma, R., Ke, Y., Jungmann, R., Schlichthaerle, T., Woehrstein, J. B. and Yin, P. (2014) Polyhedra self-assembled from DNA tripods and characterized with 3D DNA-PAINT. Science, 344, 65–69

[5] Jungmann, R., Avendaño, M. S., Woehrstein, J. B., Dai, M., Shih, W. M. and Yin, P. (2014) Multiplexed 3D cellular super-resolution imaging with DNA-PAINT and Exchange-PAINT. Nat. Methods, 11, 313–318

[6] Yang, Y., Ding, Y., Hu, Y., Cao, B., Rice, S. A., Kjelleberg, S. and Song, H. (2015b) Enhancing bidirectional electron transfer of Shewanella oneidensis by a synthetic flavin pathway. ACS Synth. Biol., 4, 815–823

[7] Yong, Y. C., Yu, Y. Y., Zhang, X. and Song, H. (2014) Highly active bidirectional electron transfer by a self-assembled electroactive reduced-graphene-oxide-hybridized biofilm. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 53, 4480–4483

[8] Guo, Z., Li, J., Qin, H., Wang, M., Lv, X., Li, X. and Chen, Y. (2015b) Biosynthesis of the carbamoylated D-gulosamine moiety of streptothricins: involvement of a guanidino-N-glycosyltransferase and an N-acetyl-D-gulosamine deacetylase. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 54, 5175–5178

[9] Yu, Y., Cui, C., Liu, X., Petrik, I. D., Wang, J. and Lu, Y. (2015) A designed metalloenzyme achieving the catalytic rate of a native enzyme. J. Am. Chem. Soc., 137, 11570–11573

[10] Gilbert, L. A., Horlbeck, M. A., Adamson, B., Villalta, J. E., Chen, Y., Whitehead, E. H., Guimaraes, C., Panning, B., Ploegh, H. L., Bassik, M. C.,  (2014) Genome-scale CRISPR-mediated control of gene repression and activation. Cell, 159, 647–661

[11] Qi, L. S., Larson, M. H., Gilbert, L. A., Doudna, J. A., Weissman, J. S., Arkin, A. P. and Lim, W. A. (2013) Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression. Cell, 152, 1173–1183

[12] Zalatan, J. G., Lee, M. E., Almeida, R., Gilbert, L. A., Whitehead, E. H., La Russa, M., Tsai, J. C., Weissman, J. S., Dueber, J. E., Qi, L. S.,  (2015) Engineering complex synthetic transcriptional programs with CRISPR RNA scaffolds. Cell, 160, 339–350

[13] Ren, Q., Li, C., Yuan, P., Cai, C., Zhang, L., Luo, G. G. and Wei, W. (2015) A Dual-reporter system for real-time monitoring and high-throughput CRISPR/Cas9 library screening of the hepatitis C virus. Sci Rep, 5, 8865

[14] Zhou, Y., Zhu, S., Cai, C., Yuan, P., Li, C., Huang, Y. and Wei, W. (2014) High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells. Nature, 509, 487–491

[15] Yuan, Y., Liu, B., Xie, P., Zhang, M. Q., Li, Y., Xie, Z. and Wang, X. (2015) Model-guided quantitative analysis of microRNA-mediated regulation on competing endogenous RNAs using a synthetic gene circuit. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 112, 3158–3163

[16] Chang, H. Y., Li, M. H., Huang, T. C., Hsu, C. L., Tsai, S. R., Lee, S. C., Huang, H. C. and Juan, H. F. (2015) Quantitative proteomics reveals middle infrared radiation-interfered networks in breast cancer cells. J. Proteome Res., 14, 1250–1262

[17] Huang, C. T., Oyang, Y. J., Huang, H. C. and Juan, H. F. (2014) MicroRNA-mediated networks underlie immune response regulation in papillary thyroid carcinoma. Sci. Rep., 4, 6495

[18] Lin, L. L., Hsia, C. R., Hsu, C. L., Huang, H. C. and Juan, H. F. (2015) Integrating transcriptomics and proteomics to show that tanshinone IIA suppresses cell growth by blocking glucose metabolism in gastric cancer cells. BMC Genomics, 16, 41

[19] Yang, K. C., Hsu, C. L., Lin, C. C., Juan, H. F. and Huang, H. C. (2014) Mirin: identifying microRNA regulatory modules in protein-protein interaction networks. Bioinformatics, 30, 2527–2528

[20] Ye, H., Charpin-El Hamri, G., Zwicky, K., Christen, M., Folcher, M. and Fussenegger, M. (2013) Pharmaceutically controlled designer circuit for the treatment of the metabolic syndrome. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 110, 141–146

[21] Yao, Y., Jin, S., Long, H., Yu, Y., Zhang, Z., Cheng, G., Xu, C., Ding, Y., Guan, Q., Li, N.,  (2015) RNAe: an effective method for targeted protein translation enhancement by artificial non-coding RNA with SINEB2 repeat. Nucleic Acids Res., 43, e58

[22] Guo, Y., Dong, J., Zhou, T., Auxillos, J., Li, T., Zhang, W., Wang, L., Shen, Y., Luo, Y., Zheng, Y.,  (2015a) YeastFab: the design and construction of standard biological parts for metabolic engineering in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Res., 43, e88

[23] Zhong, C., Gurry, T., Cheng, A. A., Downey, J., Deng, Z., Stultz, C. M. and Lu, T. K. (2014) Strong underwater adhesives made by self-assembling multi-protein nanofibres. Nat. Nanotechnol., 9, 858–866

[24] Jiang, W., Zhao, X., Gabrieli, T., Lou, C., Ebenstein, Y. and Zhu, T. F. (2015) Cas9-Assisted targeting of chromosome segments CATCH enables one-step targeted cloning of large gene clusters. Nat. Commun., 6, 8101

[25] Shao, Y., Guan, Y., Wang, L., Qiu, Z., Liu, M., Chen, Y., Wu, L., Li, Y., Ma, X., Liu, M.,  (2014) CRISPR/Cas-mediated genome editing in the rat via direct injection of one-cell embryos. Nat. Protoc., 9, 2493–2512

[26] Yang, J., Xiong, Z. Q., Song, S. J., Wang, J. F., Lv, H. J. and Wang, Y. (2015a) Improving heterologous polyketide production in Escherichia coli by transporter engineering. Appl. Microbiol. Biotechnol., 99, 8691–8700

[27] Du, P., Miao, C., Lou, Q., Wang, Z. and Lou, C. (2015) Engineering translational activators with CRISPR-Cas system. ACS Synth. Biol

RIGHTS & PERMISSIONS

Higher Education Press and Springer-Verlag Berlin Heidelberg