Meeting report on Synthetic Biology Young Scholar Forum

References

[1] Zhang, H., Lin, M., Shi, H., Ji, W., Huang, L., Zhang, X., Shen, S., Gao, R., Wu, S., Tian, C.,  (2014) Programming a Pavlovian-like conditioning circuit in Escherichia coli. Nat. Commun., 5, 3102

[2] Pardee, K., Green, A. A., Ferrante, T., Cameron, D. E., DaleyKeyser, A., Yin, P. and Collins, J. J. (2014) Paper-based synthetic gene networks. Cell, 159, 940–954

[3] Sun, W., Boulais, E., Hakobyan, Y., Wang, W. L., Guan, A., Bathe, M. and Yin, P. (2014) Casting inorganic structures with DNA molds. Science, 346, 1258361

[4] Iinuma, R., Ke, Y., Jungmann, R., Schlichthaerle, T., Woehrstein, J. B. and Yin, P. (2014) Polyhedra self-assembled from DNA tripods and characterized with 3D DNA-PAINT. Science, 344, 65–69

[5] Jungmann, R., Avendaño, M. S., Woehrstein, J. B., Dai, M., Shih, W. M. and Yin, P. (2014) Multiplexed 3D cellular super-resolution imaging with DNA-PAINT and Exchange-PAINT. Nat. Methods, 11, 313–318

[6] Yang, Y., Ding, Y., Hu, Y., Cao, B., Rice, S. A., Kjelleberg, S. and Song, H. (2015b) Enhancing bidirectional electron transfer of Shewanella oneidensis by a synthetic flavin pathway. ACS Synth. Biol., 4, 815–823

[7] Yong, Y. C., Yu, Y. Y., Zhang, X. and Song, H. (2014) Highly active bidirectional electron transfer by a self-assembled electroactive reduced-graphene-oxide-hybridized biofilm. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 53, 4480–4483

[8] Guo, Z., Li, J., Qin, H., Wang, M., Lv, X., Li, X. and Chen, Y. (2015b) Biosynthesis of the carbamoylated D-gulosamine moiety of streptothricins: involvement of a guanidino-N-glycosyltransferase and an N-acetyl-D-gulosamine deacetylase. Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 54, 5175–5178

[9] Yu, Y., Cui, C., Liu, X., Petrik, I. D., Wang, J. and Lu, Y. (2015) A designed metalloenzyme achieving the catalytic rate of a native enzyme. J. Am. Chem. Soc., 137, 11570–11573

[10] Gilbert, L. A., Horlbeck, M. A., Adamson, B., Villalta, J. E., Chen, Y., Whitehead, E. H., Guimaraes, C., Panning, B., Ploegh, H. L., Bassik, M. C.,  (2014) Genome-scale CRISPR-mediated control of gene repression and activation. Cell, 159, 647–661

[11] Qi, L. S., Larson, M. H., Gilbert, L. A., Doudna, J. A., Weissman, J. S., Arkin, A. P. and Lim, W. A. (2013) Repurposing CRISPR as an RNA-guided platform for sequence-specific control of gene expression. Cell, 152, 1173–1183

[12] Zalatan, J. G., Lee, M. E., Almeida, R., Gilbert, L. A., Whitehead, E. H., La Russa, M., Tsai, J. C., Weissman, J. S., Dueber, J. E., Qi, L. S.,  (2015) Engineering complex synthetic transcriptional programs with CRISPR RNA scaffolds. Cell, 160, 339–350

[13] Ren, Q., Li, C., Yuan, P., Cai, C., Zhang, L., Luo, G. G. and Wei, W. (2015) A Dual-reporter system for real-time monitoring and high-throughput CRISPR/Cas9 library screening of the hepatitis C virus. Sci Rep, 5, 8865

[14] Zhou, Y., Zhu, S., Cai, C., Yuan, P., Li, C., Huang, Y. and Wei, W. (2014) High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells. Nature, 509, 487–491

[15] Yuan, Y., Liu, B., Xie, P., Zhang, M. Q., Li, Y., Xie, Z. and Wang, X. (2015) Model-guided quantitative analysis of microRNA-mediated regulation on competing endogenous RNAs using a synthetic gene circuit. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 112, 3158–3163

[16] Chang, H. Y., Li, M. H., Huang, T. C., Hsu, C. L., Tsai, S. R., Lee, S. C., Huang, H. C. and Juan, H. F. (2015) Quantitative proteomics reveals middle infrared radiation-interfered networks in breast cancer cells. J. Proteome Res., 14, 1250–1262

[17] Huang, C. T., Oyang, Y. J., Huang, H. C. and Juan, H. F. (2014) MicroRNA-mediated networks underlie immune response regulation in papillary thyroid carcinoma. Sci. Rep., 4, 6495

[18] Lin, L. L., Hsia, C. R., Hsu, C. L., Huang, H. C. and Juan, H. F. (2015) Integrating transcriptomics and proteomics to show that tanshinone IIA suppresses cell growth by blocking glucose metabolism in gastric cancer cells. BMC Genomics, 16, 41

[19] Yang, K. C., Hsu, C. L., Lin, C. C., Juan, H. F. and Huang, H. C. (2014) Mirin: identifying microRNA regulatory modules in protein-protein interaction networks. Bioinformatics, 30, 2527–2528

[20] Ye, H., Charpin-El Hamri, G., Zwicky, K., Christen, M., Folcher, M. and Fussenegger, M. (2013) Pharmaceutically controlled designer circuit for the treatment of the metabolic syndrome. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 110, 141–146

[21] Yao, Y., Jin, S., Long, H., Yu, Y., Zhang, Z., Cheng, G., Xu, C., Ding, Y., Guan, Q., Li, N.,  (2015) RNAe: an effective method for targeted protein translation enhancement by artificial non-coding RNA with SINEB2 repeat. Nucleic Acids Res., 43, e58

[22] Guo, Y., Dong, J., Zhou, T., Auxillos, J., Li, T., Zhang, W., Wang, L., Shen, Y., Luo, Y., Zheng, Y.,  (2015a) YeastFab: the design and construction of standard biological parts for metabolic engineering in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Res., 43, e88

[23] Zhong, C., Gurry, T., Cheng, A. A., Downey, J., Deng, Z., Stultz, C. M. and Lu, T. K. (2014) Strong underwater adhesives made by self-assembling multi-protein nanofibres. Nat. Nanotechnol., 9, 858–866

[24] Jiang, W., Zhao, X., Gabrieli, T., Lou, C., Ebenstein, Y. and Zhu, T. F. (2015) Cas9-Assisted targeting of chromosome segments CATCH enables one-step targeted cloning of large gene clusters. Nat. Commun., 6, 8101

[25] Shao, Y., Guan, Y., Wang, L., Qiu, Z., Liu, M., Chen, Y., Wu, L., Li, Y., Ma, X., Liu, M.,  (2014) CRISPR/Cas-mediated genome editing in the rat via direct injection of one-cell embryos. Nat. Protoc., 9, 2493–2512

[26] Yang, J., Xiong, Z. Q., Song, S. J., Wang, J. F., Lv, H. J. and Wang, Y. (2015a) Improving heterologous polyketide production in Escherichia coli by transporter engineering. Appl. Microbiol. Biotechnol., 99, 8691–8700

[27] Du, P., Miao, C., Lou, Q., Wang, Z. and Lou, C. (2015) Engineering translational activators with CRISPR-Cas system. ACS Synth. Biol

ACKOWLEDGEMENTS

The first SynBioYSF was supported by Tsinghua National Lab for Information Science and Technology, School of Life Sciences and Department of Automation in Tsinghua University, THU-PKU Center for Life Sciences, Chinese Association for Artificial Intelligence, and Chinese Society of Biotechnology. We also thank Novozymes China, Beckman Coulter, Wuxi Qinglan Biotech, SyngenTech, Genewiz, Synbio Tech and Beijing Genomic Institute for their general sponsorships.

RIGHTS & PERMISSIONS

2014 Higher Education Press and Springer-Verlag Berlin Heidelberg