Multi-omics biomarkers for intestinal infection and inflammation in inflammatory bowel disease: Current evidence, translational challenges, and diagnostic opportunities

Abstract

Inflammatory bowel disease (IBD) is characterized by gut microbial dysbiosis, dysregulated host immune responses and increased susceptibility to certain intestinal infections. These factors complicate the distinction between active infection, inflammatory flare, and mixed inflammatory infectious states. Conventional diagnostics remain essential in clinical practice, but a single test is often insufficient to separate colonization, true infection, and inflammation-related symptoms. This review summarizes current evidence on multi-omics biomarkers relevant to intestinal infection and inflammation in IBD, including metagenomics, metabolomics, proteomics, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics and radiomics features. Biomarkers linked more closely to infection are considered alongside those that mainly reflect inflammatory activity, with attention to areas of overlap. The review also examines the degree of validation across studies, major sources of heterogeneity and confounding, and the strengths and limitations of emerging diagnostic platforms and artificial intelligence (AI) assisted integrative approaches. Overall, multi-omics strategies may improve diagnostic stratification and deepen understanding of disease mechanisms in IBD. However, most candidate biomarkers and related platforms remain insufficiently validated for routine clinical use.

Keywords

artificial intelligence / biomarker / infection / inflammatory bowel disease / multi-omics / next-generation diagnostics

References

[1] L. Xu, B. He, Y. Sun, J. Li, P. Shen, L. Hu, G. Liu, J. Wang, L. Duan, S. Zhan, S. Wang, Clin. Gastroenterol. Hepatol. 2023, 21, 3379.

[2] G. G. Kaplan, Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2015, 12, 720.

[3] B. P. Vaughn, A. Khoruts, M. Fischer, Am. J. Gastroenterol. 2025, 120, 313.

[4] V. Craviotto, F. Furfaro, L. Loy, A. Zilli, L. Peyrin-Biroulet, G. Fiorino, S. Danese, M. Allocca, World J. Gastroenterol. 2021, 27, 4276.

[5] H. Sokol, V. Leducq, H. Aschard, H.-P. Pham, S. Jegou, C. Landman, D. Cohen, G. Liguori, A. Bourrier, I. Nion-Larmurier, J. Cosnes, P. Seksik, P. Langella, D. Skurnik, M. L. Richard, L. Beaugerie, Gut 2017, 66, 1039.

[6] H. Chebly, J. C. Marvaud, L. Safa, A. K. Elkak, P. H. Kobeissy, I. Kansau, C. Larrazet, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 12366.

[7] S. Kitamoto, H. Nagao-Kitamoto, Y. Jiao, M. G. Gillilland, A. Hayashi, J. Imai, K. Sugihara, M. Miyoshi, J. C. Brazil, P. Kuffa, B. D. Hill, S. M. Rizvi, F. Wen, S. Bishu, N. Inohara, K. A. Eaton, A. Nusrat, Y. L. Lei, W. V. Giannobile, N. Kamada, Cell 2020, 182, 447.

[8] M. M. Elmassry, K. Sugihara, P. Chankhamjon, Y. Kim, F. R. Camacho, S. Wang, Y. Sugimoto, S. Chatterjee, L. A. Chen, N. Kamada, M. S. Donia, Cell Host Microbe 2025, 33, 218.

[9] T. Kucharzik, P. Ellul, T. Greuter, J. F. Rahier, B. Verstockt, C. Abreu, A. Albuquerque, M. Allocca, M. Esteve, F. A. Farraye, H. Gordon, K. Karmiris, U. Kopylov, J. Kirchgesner, E. MacMahon, F. Magro, C. Maaser, L. de Ridder, C. Taxonera, M. Toruner, L. Tremblay, M. Scharl, N. Viget, Y. Zabana, S. Vavricka, J. Crohns Colitis 2021, 15, 879.

[10] K. B. Gecse, S. Vermeire, Lancet Gastroenterol. Hepatol. 2018, 3, 644.

[11] K. L. Rock, E. Latz, F. Ontiveros, H. Kono, Annu. Rev. Immunol. 2010, 28, 321.

[12] H. Yalamanchili, D. Dandachi, P. C. Okhuysen, Gastroenterol. Hepatol. 2018, 14, 646.

[13] B. Ozdemir, A. Atay, M. A. Kayhan, Y. O. Ozin, D. T. Gokce, A. Altunsoy, R. Guner, Medicine 2023, 102, e34463.

[14] A. J. Preto, S. Chanana, D. Ence, M. D. Healy, D. Domingo-Fernández, K. A. West, J. Crohns Colitis 2025, 19.

[15] Z. Xiong, P. Wu, Y. Zhang, J. Chen, Y. Shen, I. Kamel, B. Wu, X. Zheng, Z. Li, Insights Imaging 2024, 15, 70.

[16] P. Sudhakar, T. Andrighetti, S. Verstockt, C. Caenepeel, M. Ferrante, J. Sabino, B. Verstockt, S. Vermeire, iScience 2022, 25, 103963.

[17] S. Johnson, V. Lavergne, A. M. Skinner, A. J. Gonzales-Luna, K. W. Garey, C. P. Kelly, M. H. Wilcox, Clin. Infect. Dis. 2021, 73, e1029.

[18] S. Khanna, Y. Vazquez-Baeza, A. González, S. Weiss, B. Schmidt, D. A. Muñiz-Pedrogo, J. F. Rainey III, P. Kammer, H. Nelson, M. Sadowsky, A. Khoruts, S. L. Farrugia, R. Knight, D. S. Pardi, P. C. Kashyap, Microbiome 2017, 5, 55.

[19] N. Z. Minkoff, S. Aslam, M. Medina, E. E. Tanner-Smith, J. P. Zackular, S. Acra, M. R. Nicholson, A. Imdad, Cochrane Database Syst. Rev. 2023, 4, Cd013871.

[20] L. Chen, C. Zhang, R. Niu, S. Xiong, J. He, Y. Wang, P. Zhang, F. Su, Z. Liu, L. Zhou, R. Mao, S. Hu, M. Chen, Y. Qiu, R. Feng, United Eur. Gastroenterol. J. 2025, 13, 517.

[21] P. Wangchuk, K. Yeshi, A. Loukas, Trends Pharmacol. Sci. 2024, 45, 892.

[22] K. Chaudhary, O. B. Poirion, L. Lu, L. X. Garmire, Clin. Cancer Res. 2018, 24, 1248.

[23] A. Belyaeva, L. Cammarata, A. Radhakrishnan, C. Squires, K. D. Yang, G. V. Shivashankar, C. Uhler, Nat. Commun. 2021, 12, 1024.

[24] J. Kim, J. S. Kim, S.-H. Kim, S. Yoo, J. K. Lee, K. Kim, npj Digital Med. 2024, 7, 224.

[25] A. A. Lee, K. Rao, J. Limsrivilai, M. Gillilland, B. Malamet, E. Briggs, V. B. Young, P. D. R. Higgins, Inflamm. Bowel Dis. 2020, 26, 1748.

[26] Y. Chen, M. Xi, A. Johnson, G. Tomlinson, A. Campigotto, L. Chen, L. Sung, Int. J. Med. Inform. 2022, 160, 104706.

[27] T. Jiang, X. Hu, J. Shen, Microbiol. Spectrum 2023, 11, e01886.

[28] T. Jiang, X. Hu, C. Lin, Z. Xia, W. Yang, Y. Zhu, H. Xu, H. Tang, J. Shen, Front. Microbiol. 2023, 14, 1119395.

[29] S. Wang, X. Guan, S. Sun, Sensors 2025, 25, 1936.

[30] B. Nasseri, N. Soleimani, N. Rabiee, A. Kalbasi, M. Karimi, M. R. Hamblin, Biosens. Bioelectron. 2018, 117, 112.

[31] A. S. McMillan, C. M. Theriot, Gut Microbes 2024, 16, 2393766.

[32] C. G. Buffie, V. Bucci, R. R. Stein, P. T. McKenney, L. Ling, A. Gobourne, D. No, H. Liu, M. Kinnebrew, A. Viale, E. Littmann, M. R. M. van den Brink, R. R. Jenq, Y. Taur, C. Sander, J. R. Cross, N. C. Toussaint, J. B. Xavier, E. G. Pamer, Nature 2015, 517, 205.

[33] F. Su, M. Su, W. Wei, J. Wu, L. Chen, X. Sun, M. Liu, S. Sun, R. Mao, A. R. Bourgonje, S. Hu, Gut Microbes 2025, 17, 2476570.

[34] J. Lloyd-Price, C. Arze, A. N. Ananthakrishnan, M. Schirmer, J. Avila-Pacheco, T. W. Poon, E. Andrews, N. J. Ajami, K. S. Bonham, C. J. Brislawn, D. Casero, H. Courtney, A. Gonzalez, T. G. Graeber, A. B. Hall, K. Lake, C. J. Landers, H. Mallick, D. R. Plichta, M. Prasad, G. Rahnavard, J. Sauk, D. Shungin, Y. Vázquez-Baeza, R. A. White III, J. Braun, L. A. Denson, J. K. Jansson, R. Knight, S. Kugathasan, D. P. B. McGovern, J. F. Petrosino, T. S. Stappenbeck, H. S. Winter, C. B. Clish, E. A. Franzosa, H. Vlamakis, R. J. Xavier, C. Huttenhower, W. Tan, J. J. ten Hoeve, G. Weingart, R. G. Wilson, V. Yajnik, L. A. Denson, R. Knight, D. P. B. McGovern, T. S. Stappenbeck, C. B. Clish, H. Vlamakis, C. Huttenhower, Nature 2019, 569, 655.

[35] L. A. Chen, M. Oliva-Hemker, A. Radin, M. Weidner, B. D. O'Laughlin, C. L. Sears, N. B. Javitt, S. K. Hourigan, J. Crohns Colitis 2023, 17, 1364.

[36] F. D. Bushman, M. Conrad, Y. Ren, C. Zhao, C. Gu, C. Petucci, M.-S. Kim, A. Abbas, K. J. Downes, N. Devas, L. M. Mattei, J. Breton, J. Kelsen, S. Marakos, A. Galgano, K. Kachelries, J. Erlichman, J. L. Hart, M. Moraskie, D. Kim, H. Zhang, C. E. Hofstaedter, G. D. Wu, J. D. Lewis, J. P. Zackular, H. Li, K. Bittinger, R. Baldassano, Cell Host Microbe 2020, 28, 422.

[37] M. Bosnjak, A. V. Karpe, T. T. H. Van, D. Kotsanas, G. A. Jenkin, S. P. Costello, P. Johanesen, R. J. Moore, D. J. Beale, Y. N. Srikhanta, E. A. Palombo, S. Larcombe, D. Lyras, Nat. Commun. 2023, 14, 7737.

[38] A. B. Smith, M. L. Jenior, O. Keenan, J. L. Hart, J. Specker, A. Abbas, P. C. Rangel, C. Di, J. Green, K. A. Bustin, J. A. Gaddy, M. R. Nicholson, C. Laut, B. J. Kelly, M. L. Matthews, D. R. Evans, D. Van Tyne, E. E. Furth, J. A. Papin, F. D. Bushman, J. Erlichman, R. N. Baldassano, M. A. Silverman, G. M. Dunny, B. M. Prentice, E. P. Skaar, J. P. Zackular, Nature 2022, 611, 780.

[39] Z. Yang, J. Wang, Y. Chen, T. Chen, Z. Shen, Y. Wang, Y. Jian, G. Xiang, X. Ma, N. Zhao, Y. Song, B. Shi, J. Qin, Q. Liu, Z. Cao, M. Otto, M. Li, Cell Host Microbe 2025, 33, 1518.

[40] S. Hu, E. Png, M. Gowans, D. E. H. Ong, P. F. de Sessions, J. Song, N. Nagarajan, Gut Pathog. 2021, 13, 13.

[41] Z. Xun, Q. Zhang, T. Xu, N. Chen, F. Chen, Front. Microbiol. 2018, 9, 1136.

[42] K. Atarashi, W. Suda, C. Luo, T. Kawaguchi, I. Motoo, S. Narushima, Y. Kiguchi, K. Yasuma, E. Watanabe, T. Tanoue, C. A. Thaiss, M. Sato, K. Toyooka, H. S. Said, H. Yamagami, S. A. Rice, D. Gevers, R. C. Johnson, J. A. Segre, K. Chen, J. K. Kolls, E. Elinav, H. Morita, R. J. Xavier, M. Hattori, K. Honda, Science 2017, 358, 359.

[43] S. Kageyama, S. Sakata, J. Ma, M. Asakawa, T. Takeshita, M. Furuta, T. Ninomiya, Y. Yamashita, J. Dent. Res. 2023, 102, 752.

[44] S. Akiyama, S. Nishijima, Y. Kojima, M. Kimura, M. Ohsugi, K. Ueki, M. Mizokami, M. Hattori, K. Tsuchiya, N. Uemura, T. Kawai, P. Bork, N. Nagata, Nat. Commun. 2024, 15, 10291.

[45] A. G. Clooney, T. D. S. Sutton, A. N. Shkoporov, R. K. Holohan, K. M. Daly, O. O'Regan, F. J. Ryan, L. A. Draper, S. E. Plevy, R. P. Ross, C. Hill, Cell Host Microbe 2019, 26, 764.

[46] J. M. Norman, S. A. Handley, M. T. Baldridge, L. Droit, C. Y. Liu, B. C. Keller, A. Kambal, C. L. Monaco, G. Zhao, P. Fleshner, T. S. Stappenbeck, D. P. McGovern, A. Keshavarzian, E. A. Mutlu, J. Sauk, D. Gevers, R. J. Xavier, D. Wang, M. Parkes, H. W. Virgin, Cell 2015, 160, 447.

[47] E. A. Franzosa, A. Sirota-Madi, J. Avila-Pacheco, N. Fornelos, H. J. Haiser, S. Reinker, T. Vatanen, A. B. Hall, H. Mallick, L. J. McIver, J. S. Sauk, R. G. Wilson, B. W. Stevens, J. M. Scott, K. Pierce, A. A. Deik, K. Bullock, F. Imhann, J. A. Porter, A. Zhernakova, J. Fu, R. K. Weersma, C. Wijmenga, C. B. Clish, H. Vlamakis, C. Huttenhower, R. J. Xavier, Nat. Microbiol. 2019, 4, 293.

[48] G. Sorrentino, A. Perino, E. Yildiz, G. El Alam, M. Bou Sleiman, A. Gioiello, R. Pellicciari, K. Schoonjans, Gastroenterology 2020, 159, 956.

[49] L. Wang, Z. Zhang, X. Chen, Z. Wang, X. Song, Z. Geng, X. Zhang, Y. Wang, J. Li, J. Hu, L. Zuo, Phytomedicine 2025, 139, 156540.

[50] X. Dong, M. Qi, C. Cai, Y. Zhu, Y. Li, S. Coulter, F. Sun, C. Liddle, N. V. Uboha, R. Halberg, W. Xu, P. Marker, T. Fu, JCI Insight 2024, 9, e170428.

[51] Y. Bai, Y. Li, T. Marion, Y. Tong, M. M. Zaiss, Z. Tang, Q. Zhang, Y. Liu, Y. Luo, J. Autoimmun. 2021, 116, 102564.

[52] E. Chun, S. Lavoie, D. Fonseca-Pereira, S. Bae, M. Michaud, H. R. Hoveyda, G. L. Fraser, C. A. Gallini Comeau, J. N. Glickman, M. H. Fuller, B. T. Layden, W. S. Garrett, Immunity 2019, 51, 871.

[53] E. C. Gentry, S. L. Collins, M. Panitchpakdi, P. Belda-Ferre, A. K. Stewart, T. M. Carrillo, H. H. Lu, S. Zuffa, T. Yan, J. Avila-Pacheco, D. R. Plichta, A. T. Aron, M. Wang, A. K. Jarmusch, F. Hao, M. Syrkin-Nikolau, H. Vlamakis, A. N. Ananthakrishnan, B. S. Boland, A. Hemperly, N. Vande Casteele, F. J. Gonzalez, C. B. Clish, R. J. Xavier, H. Chu, E. S. Baker, A. D. Patterson, R. Knight, D. Siegel, P. C. Dorrestein, Nature 2024, 626, 419.

[54] Y. Ding, X. Luo, J. Guo, B. Xing, H. Lin, H. Ma, Y. Wang, M. Li, C. Ye, S. Yan, K. Lin, J. Zhang, Y. Zhuo, Q. Nie, D. Yang, Z. Zhang, Y. Pang, K. Wang, M. Ma, L. Lai, C. Jiang, Cell 2025, 188, 6012.

[55] C. Michaudel, C. Danne, A. Agus, A. Magniez, A. Aucouturier, M. Spatz, A. Lefevre, J. Kirchgesner, N. Rolhion, Y. Wang, A. Lavelle, C. Galbert, G. Da Costa, M. Poirier, A. Lapière, J. Planchais, P. Nádvorník, P. Illes, C. Oeuvray, L. Creusot, M.-L. Michel, N. Benech, A. Bourrier, I. Nion-Larmurier, C. Landman, M. L. Richard, P. Emond, P. Seksik, L. Beaugerie, R. R. Arguello, D. Moulin, S. Mani, Z. Dvorák, L. G. Bermúdez-Humarán, P. Langella, H. Sokol, Gut 2023, 72, 1296.

[56] A. Koh, F. De Vadder, P. Kovatcheva-Datchary, F. Bäckhed, Cell 2016, 165, 1332.

[57] D.-H. Lee, M.-T. Kim, J.-H. Han, Biomed. Pharmacother. 2024, 175, 116735.

[58] J. Park, M. Kim, S. G. Kang, A. H. Jannasch, B. Cooper, J. Patterson, C. H. Kim, Mucosal Immunol. 2015, 8, 80.

[59] A. Łukawska, A. Mulak, Adv. Clin. Exp. Med. 2025, 34, 187.

[60] B. Rimal, S. L. Collins, C. E. Tanes, E. R. Rocha, M. A. Granda, S. Solanki, N. J. Hoque, E. C. Gentry, I. Koo, E. R. Reilly, F. Hao, D. Paudel, V. Singh, T. Yan, M. S. Kim, K. Bittinger, J. P. Zackular, K. W. Krausz, D. Desai, S. Amin, J. P. Coleman, Y. M. Shah, J. E. Bisanz, F. J. Gonzalez, J. P. Vanden Heuvel, G. D. Wu, B. S. Zemel, P. C. Dorrestein, E. E. Weinert, A. D. Patterson, Nature 2024, 626, 859.

[61] R. A. Quinn, A. V. Melnik, A. Vrbanac, T. Fu, K. A. Patras, M. P. Christy, Z. Bodai, P. Belda-Ferre, A. Tripathi, L. K. Chung, M. Downes, R. D. Welch, M. Quinn, G. Humphrey, M. Panitchpakdi, K. C. Weldon, A. Aksenov, R. da Silva, J. Avila-Pacheco, C. Clish, S. Bae, H. Mallick, E. A. Franzosa, J. Lloyd-Price, R. Bussell, T. Thron, A. T. Nelson, M. Wang, E. Leszczynski, F. Vargas, J. M. Gauglitz, M. J. Meehan, E. Gentry, T. D. Arthur, A. C. Komor, O. Poulsen, B. S. Boland, J. T. Chang, W. J. Sandborn, M. Lim, N. Garg, J. C. Lumeng, R. J. Xavier, B. I. Kazmierczak, R. Jain, M. Egan, K. E. Rhee, D. Ferguson, M. Raffatellu, H. Vlamakis, G. G. Haddad, D. Siegel, C. Huttenhower, S. K. Mazmanian, R. M. Evans, V. Nizet, R. Knight, P. C. Dorrestein, Nature 2020, 579, 123.

[62] G. Wang, Y. Fan, G. Zhang, S. Cai, Y. Ma, L. Yang, Y. Wang, H. Yu, S. Qiao, X. Zeng, Microbiome 2024, 12, 59.

[63] B. Lamas, M. L. Richard, V. Leducq, H.-P. Pham, M.-L. Michel, G. Da Costa, C. Bridonneau, S. Jegou, T. W. Hoffmann, J. M. Natividad, L. Brot, S. Taleb, A. Couturier-Maillard, I. Nion-Larmurier, F. Merabtene, P. Seksik, A. Bourrier, J. Cosnes, B. Ryffel, L. Beaugerie, J.-M. Launay, P. Langella, R. J. Xavier, H. Sokol, Nat. Med. 2016, 22, 598.

[64] E. Paydaş Hataysal, M. K. Körez, E. M. Guler, H. Vatansev, K. Bozalı, M. Basaranoglu, H. Vatansev, J. Clin. Med. 2024, 13, 6147.

[65] F. Yu, Y. Du, C. Li, H. Zhang, W. Lai, S. Li, Z. Ye, W. Fu, S. Li, X.-G. Li, D. Luo, Sci. Rep. 2024, 14, 201.

[66] J. J. Dawkins, J. R. Allegretti, T. E. Gibson, E. McClure, M. Delaney, L. Bry, G. K. Gerber, Microbiome 2022, 10, 87.

[67] C. Bea-Serrano, A. Belmonte-Domingo, C. Pinto-Pla, A. Ferrer-Ribera, S. Vela-Bernal, A. I. de Gracia-León, A. de Castro-Oliver, L. Serna-Navarro, C. Prades-Sirvent, D. Ruiz-Raga, M. J. Galindo, M. J. Forner-Giner, M. R. Oltra-Sempere, Diagnostics 2025, 15, 2331.

[68] E. J. Battaglioli, V. L. Hale, J. Chen, P. Jeraldo, C. Ruiz-Mojica, B. A. Schmidt, V. M. Rekdal, L. M. Till, L. Huq, S. A. Smits, W. J. Moor, Y. Jones-Hall, T. Smyrk, S. Khanna, D. S. Pardi, M. Grover, R. Patel, N. Chia, H. Nelson, J. L. Sonnenburg, G. Farrugia, P. C. Kashyap, Sci. Transl. Med. 2018, 10, eaam7019.

[69] X. Huang, A. E. Johnson, J. N. Brehm, T. V. T. Do, T. A. Auchtung, H. C. McCullough, A. I. Lerma, S. J. Haidacher, K. M. Hoch, T. D. Horvath, J. A. Sorg, A. M. Haag, J. M. Auchtung, mSphere 2025, 10, e0104924.

[70] Z. A. Carter, C. E. O'Brien, S. M. McBride, Appl. Environ. Microbiol. 2025, 91, e0055125.

[71] J. D. Lewis, R. S. Sandler, C. Brotherton, C. Brensinger, H. Li, M. D. Kappelman, S. G. Daniel, K. Bittinger, L. Albenberg, J. F. Valentine, J. S. Hanson, D. L. Suskind, A. Meyer, C. W. Compher, M. Bewtra, A. Saxena, A. Dobes, B. L. Cohen, A. D. Flynn, M. Fischer, S. Saha, A. Swaminath, B. Yacyshyn, E. Scherl, S. Horst, J. R. Curtis, K. Braly, L. Nessel, M. McCauley, L. McKeever, H. Herfarth, Gastroenterology 2021, 161, 837.

[72] H. C. Wastyk, G. K. Fragiadakis, D. Perelman, D. Dahan, B. D. Merrill, F. B. Yu, M. Topf, C. G. Gonzalez, W. Van Treuren, S. Han, J. L. Robinson, J. E. Elias, E. D. Sonnenburg, C. D. Gardner, J. L. Sonnenburg, Cell 2021, 184, 4137.

[73] M. Ghiboub, S. Penny, C. M. Verburgt, R. S. Boneh, E. Wine, A. Cohen, K. A. Dunn, D. M. Pinto, M. A. Benninga, W. J. de Jonge, A. Levine, J. E. Van Limbergen, Gastroenterology 2022, 163, 922.

[74] D. Häcker, K. Siebert, B. J. Smith, N. Köhler, A. Riva, A. Mahapatra, H. Heimes, J. Nie, A. Metwaly, H. Hölz, Q. Manz, F. De Zen, J. Heetmeyer, K. Socas, G. Le Thi, C. Meng, K. Kleigrewe, J. K. Pauling, K. Neuhaus, M. List, K. S. Pollard, T. Schwerd, D. Haller, Cell Host Microbe 2024, 32, 2019.

[75] Y. Zhang, J. P. Thomas, T. Korcsmaros, L. Gul, Cell Rep. Med. 2024, 5, 101738.

[76] R. Kalla, A. T. Adams, D. Bergemalm, S. Vatn, N. A. Kennedy, P. Ricanek, J. Lindstrom, A. Ocklind, F. Hjelm, N. T. Ventham, G. T. Ho, C. Petren, D. Repsilber, J. Söderholm, M. Pierik, M. D'Amato, F. Gomollón, C. Olbjorn, J. Jahnsen, M. H. Vatn, J. Halfvarson, J. Satsangi, J. Crohns Colitis 2021, 15, 699.

[77] C. G. Gonzalez, H. C. Wastyk, M. Topf, C. D. Gardner, J. L. Sonnenburg, J. E. Elias, mSystems 2020, 5, 10.

[78] R. Valdés-Mas, A. Leshem, D. Zheng, Y. Cohen, L. Kern, N. Zmora, Y. He, C. Katina, S. Eliyahu-Miller, T. Yosef-Hevroni, L. Richman, B. Raykhel, S. Allswang, R. Better, M. Shmueli, A. Saftien, N. Cullin, F. Slamovitz, D. Ciocan, K. S. Ouyang, U. Mor, M. Dori-Bachash, S. Molina, Y. Levin, K. Atarashi, G. Jona, J. Puschhof, A. Harmelin, N. Stettner, M. Chen, J. Suez, K. Honda, W. Lieb, C. Bang, M. Kori, N. Maharshak, Y. Merbl, O. Shibolet, Z. Halpern, D. S. Shouval, R. Shamir, A. Franke, S. K. Abdeen, H. Shapiro, A. Savidor, E. Elinav, Cell 2025, 188, 1062.

[79] P. S. Thuy-Boun, A. Y. Wang, A. Crissien-Martinez, J. H. Xu, S. Chatterjee, G. S. Stupp, A. I. Su, W. J. Coyle, D. W. Wolan, Mol. Cell. Proteomics 2022, 21, 100197.

[80] M. Golizeh, K. Winter, L. Roussel, M. Landekic, M. Langelier, V. G. Loo, M. Ndao, D. C. Vinh, JCI Insight 2021, 6, e142976.

[81] J. Jiang, D. Czuchry, Y. Ru, H. Peng, J. Shen, T. Wang, W. Zhao, W. Chen, S.-F. Sui, Y. Li, N. Li, Commun. Chem. 2024, 7, 184.

[82] F. Xian, M. Brenek, C. Krisp, E. Urbauer, R. K. Ravi Kumar, D. Aguanno, T. Srikumar, Q. Liu, A. M. Barry, B. Ma, J. Krieger, D. Haller, M. Schmidt, D. Gómez-Varela, Nat. Commun. 2025, 16, 6644.

[83] H. Huang, Q. Wang, Y. Yang, W. Zhong, F. He, J. Li, Gut Microbes 2024, 16, 2440111.

[84] Q. Yan, S. Li, Q. Yan, X. Huo, C. Wang, X. Wang, Y. Sun, W. Zhao, Z. Yu, Y. Zhang, R. Guo, Q. Lv, X. He, C. Yao, Z. Li, F. Chen, Q. Ji, A. Zhang, H. Jin, G. Wang, X. Feng, L. Feng, F. Wu, J. Ning, S. Deng, Y. An, D.-A. Guo, F. M. Martin, X. Ma, Cell 2024, 187, 2969.

[85] Y. Chen, Q. Zheng, H. Wang, P. Tang, L. Deng, P. Li, H. Li, J. Hou, J. Li, L. Wang, J. Peng, BioData Min. 2024, 17, 26.

[86] A. Tanca, A. Palomba, G. Fiorito, M. Abbondio, D. Pagnozzi, S. Uzzau, npj Biofilms Microbiomes 2024, 10, 54.

[87] A. Garrido-Trigo, A. M. Corraliza, M. Veny, I. Dotti, E. Melón-Ardanaz, A. Rill, H. L. Crowell, Á. Corbí, V. Gudiño, M. Esteller, I. Álvarez-Teubel, D. Aguilar, M. C. Masamunt, E. Killingbeck, Y. Kim, M. Leon, S. Visvanathan, D. Marchese, G. Caratù, A. Martin-Cardona, M. Esteve, I. Ordás, J. Panés, E. Ricart, E. Mereu, H. Heyn, A. Salas, Nat. Commun. 2023, 14, 4506.

[88] X. Gao, R. Sun, N. Jiao, X. Liang, G. Li, H. Gao, X. Wu, M. Yang, C. Chen, X. Sun, L. Chen, W. Wu, Y. Cong, R. Zhu, T. Guo, Z. Liu, Cell Rep. Med. 2023, 4, 101050.

[89] A. J. Oliver, N. Huang, R. Bartolome-Casado, R. Li, S. Koplev, H. R. Nilsen, M. Moy, B. Cakir, K. Polanski, V. Gudiño, E. Melón-Ardanaz, D. Sumanaweera, D. Dimitrov, L. M. Milchsack, M. E. B. FitzPatrick, N. M. Provine, J. M. Boccacino, E. Dann, A. V. Predeus, K. To, M. Prete, J. A. Chapman, A. C. Masi, E. Stephenson, J. Engelbert, S. Lobentanzer, S. Perera, L. Richardson, R. Kapuge, A. Wilbrey-Clark, C. I. Semprich, S. Ellams, C. Tudor, P. Joseph, A. Garrido-Trigo, A. M. Corraliza, T. R. W. Oliver, C. E. Hook, K. R. James, K. T. Mahbubani, K. Saeb-Parsy, M. Zilbauer, J. Saez-Rodriguez, M. L. Høivik, E. S. Bækkevold, C. J. Stewart, J. E. Berrington, K. B. Meyer, P. Klenerman, A. Salas, M. Haniffa, F. L. Jahnsen, R. Elmentaite, S. A. Teichmann, Nature 2024, 635, 699.

[90] C. L. Ashley, A. Abendroth, B. P. McSharry, B. Slobedman, Viruses 2019, 11, 246.

[91] T. M. Nowacki, D. Bettenworth, M. Ross, J. Heidemann, P. V. Lehmann, A. Lügering, Cells 2012, 1, 35.

[92] L. Cook, M. Q. Wong, W. D. Rees, A. Schick, D. J. Lisko, G. R. Lunken, X. Wang, H. Peters, L. Oliveira, T. Lau, R. Mah, B. Bressler, M. K. Levings, T. S. Steiner, Inflamm. Bowel Dis. 2024, 30, 820.

[93] W. Li, H. Chen, J. Tang, Pathogens 2024, 13, 702.

[94] D. Shalon, R. N. Culver, J. A. Grembi, J. Folz, P. V. Treit, H. Shi, F. A. Rosenberger, L. Dethlefsen, X. Meng, E. Yaffe, A. Aranda-Díaz, P. E. Geyer, J. B. Mueller-Reif, S. Spencer, A. D. Patterson, G. Triadafilopoulos, S. P. Holmes, M. Mann, O. Fiehn, D. A. Relman, K. C. Huang, Nature 2023, 617, 581.

[95] K. G. Upadhyay, D. C. Desai, T. F. Ashavaid, A. J. Dherai, Scand. J. Gastroenterol. 2025, 60, 454.

[96] S. Nikolaus, B. Schulte, N. Al-Massad, F. Thieme, D. M. Schulte, J. Bethge, A. Rehman, F. Tran, K. Aden, R. Häsler, N. Moll, G. Schütze, M. J. Schwarz, G. H. Waetzig, P. Rosenstiel, M. Krawczak, S. Szymczak, S. Schreiber, Gastroenterology 2017, 153, 1504.

[97] J. S. Mar, N. Ota, N. D. Pokorzynski, Y. Peng, A. Jaochico, D. Sangaraju, E. Skippington, A. N. Lekkerkerker, M. E. Rothenberg, M.-W. Tan, T. Yi, M. E. Keir, Microbiome 2023, 11, 47.

[98] M. Cheng, H. Zhang, W. Huang, F. Li, J. Gao, J. Imaging Inform. Med. 2024, 37, 1516.

[99] C. T. Stankey, C. Bourges, L. M. Haag, T. Turner-Stokes, A. P. Piedade, C. Palmer-Jones, I. Papa, M. Silva dos Santos, Q. Zhang, A. J. Cameron, A. Legrini, T. Zhang, C. S. Wood, F. N. New, L. O. Randzavola, L. Speidel, A. C. Brown, A. Hall, F. Saffioti, E. C. Parkes, W. Edwards, H. Direskeneli, P. C. Grayson, L. Jiang, P. A. Merkel, G. Saruhan-Direskeneli, A. H. Sawalha, E. Tombetti, A. Quaglia, D. Thorburn, J. C. Knight, A. P. Rochford, C. D. Murray, P. Divakar, M. Green, E. Nye, J. I. MacRae, N. B. Jamieson, P. Skoglund, M. Z. Cader, C. Wallace, D. C. Thomas, J. C. Lee, Nature 2024, 630, 447.

[100] J. H. Kim, A. R. Choe, J. R. Byeon, Y. Park, E. M. Song, S. E. Kim, E. S. Jeong, R. Lee, J. S. Kim, S. H. Ahn, S. A. Jung, JMIR Med. Inform. 2025, 13, e64987.

[101] M. J. M. van Eijs, J. J. M. ter Linde, M. J. D. Baars, M. Amini, M. M. Laclé, E. C. Brand, E. M. Delemarre, J. Drylewicz, S. Nierkens, R. J. Verheijden, B. Oldenburg, Y. Vercoulen, K. P. M. Suijkerbuijk, F. van Wijk, iScience 2023, 26, 107891.

[102] GBD 2017 Inflammatory Bowel Disease Collaborators, Lancet Gastroenterol. Hepatol. 2020, 5, 17.

[103] X. Li, Y. Liu, Z. Zhang, W. Hai, Y. Pan, Y. Zhang, Eur. J. Nucl. Med. Mol. Imag. 2025, 52, 3891.

[104] V. Gudiño, R. Bartolomé-Casado, A. Salas, Gut 2025, 74, 1335.

[105] P. Arumugam, K. Saha, P. Nighot, Inflamm. Bowel Dis. 2024, 31, 259.

[106] T. Thomas, M. Friedrich, C. Rich-Griffin, M. Pohin, D. Agarwal, J. Pakpoor, C. Lee, R. Tandon, A. Rendek, D. Aschenbrenner, A. Jainarayanan, A. Voda, J. H. Y. Siu, R. Sanches-Peres, E. Nee, D. Sathananthan, D. Kotliar, P. Todd, M. Kiourlappou, L. Gartner, N. Ilott, F. Issa, J. Hester, J. Turner, S. Nayar, J. Mackerodt, F. Zhang, A. Jonsson, M. Brenner, S. Raychaudhuri, R. Kulicke, D. Ramsdell, N. Stransky, R. Pagliarini, P. Bielecki, N. Spies, B. Marsden, S. Taylor, A. Wagner, P. Klenerman, A. Walsh, M. Coles, L. Jostins-Dean, F. M. Powrie, A. Filer, S. Travis, H. H. Uhlig, C. A. Dendrou, C. D. Buckley, Nat. Immunol. 2024, 25, 2152.

[107] J. E. Axelrad, Z. Chen, J. Devlin, K. V. Ruggles, K. Cadwell, Clin. Transl. Gastroenterol. 2023, 14, e00550.

[108] L. R. Frost, R. Stark, B. O. Anonye, T. O. MacCreath, L. R. P. Ferreira, M. Unnikrishnan, mSystems 2023, 8, e00555.

[109] A. G. Clooney, J. Eckenberger, E. Laserna-Mendieta, K. A. Sexton, M. T. Bernstein, K. Vagianos, M. Sargent, F. J. Ryan, C. Moran, D. Sheehan, R. D. Sleator, L. E. Targownik, C. N. Bernstein, F. Shanahan, M. J. Claesson, Gut 2021, 70, 499.

[110] Y. Zhang, G. Xue, F. Wang, J. Zhang, L. Xu, C. Yu, Front. Microbiol. 2024, 15, 1382332.

[111] H. Huang, J. Jiang, X. Wang, K. Jiang, H. Cao, EClinicalMedicine 2024, 68, 102428.

[112] S. T. Radhakrishnan, J. L. Alexander, B. H. Mullish, K. I. Gallagher, N. Powell, L. C. Hicks, A. L. Hart, J. V. Li, J. R. Marchesi, H. R. T. Williams, Aliment. Pharmacol. Ther. 2022, 55, 26.

[113] E. Y. Huang, T. Inoue, V. A. Leone, S. Dalal, K. Touw, Y. Wang, M. W. Musch, B. Theriault, K. Higuchi, S. Donovan, J. Gilbert, E. B. Chang, Inflamm. Bowel Dis. 2015, 21, 963.

[114] M. M. Estevinho, C. Rocha, L. Correia, P. Lago, P. Ministro, F. Portela, E. Trindade, J. Afonso, L. Peyrin-Biroulet, F. Magro, Clin. Gastroenterol. Hepatol. 2020, 18, 1054.

[115] H. Okafuji, N. Iida, K. Kitamura, J. Seishima, Z. Wang, M. Yutani, T. Yoshio, T. Yamashita, Y. Sakai, M. Honda, T. Yamashita, Y. Fujinaga, R. Shinkura, Y. Hamaguchi, E. Mizukoshi, S. Kaneko, Digestion 2022, 103, 269.

[116] L. Ning, Y. L. Zhou, H. Sun, Y. Zhang, C. Shen, Z. Wang, B. Xuan, Y. Zhao, Y. Ma, Y. Yan, T. Tong, X. Huang, M. Hu, X. Zhu, J. Ding, Y. Zhang, Z. Cui, J. Y. Fang, H. Chen, J. Hong, Nat. Commun. 2023, 14, 7135.

[117] J. Zheng, Q. Sun, M. Zhang, C. Liu, Q. Su, L. Zhang, Z. Xu, W. Lu, J. Ching, W. Tang, C. P. Cheung, A. L. Hamilton, O. Wilson, A. L. Brien, S. C. Wei, C. N. Bernstein, D. T. Rubin, E. B. Chang, M. Morrison, M. A. Kamm, F. K. L. Chan, J. Zhang, S. C. Ng, Nat. Med. 2024, 30, 3555.

[118] S. Yu, X. Ge, H. Xu, B. Tan, B. Tian, Y. Shi, Y. Dai, Y. Li, S. Hu, J. Qian, Front. Cell. Infect. Microbiol. 2023, 13, 1129043.

[119] A. S. McMillan, G. Zhang, M. K. Dougherty, S. K. McGill, A. S. Gulati, E. S. Baker, C. M. Theriot, mSphere 2024, 9, e00706.

[120] Z. Yang, J. Qin, L. Zhao, T. Chen, Q. Huang, Y. Jian, Q. Zhao, S. Yang, Q. Li, Q. Liu, M. Otto, M. Li, Gastroenterology 2023, 164, 1189.

[121] Y. Liu, H. Thaker, C. Wang, Z. Xu, M. Dong, Toxins 2022, 15, 10.

[122] A. C. Shrestha, R. Stafford, R. Bell, A. V. Jennison, R. M. A. Graham, E. Field, S. B. Lambert, Emerg. Infect. Dis. 2024, 30, 199.

[123] M. Izquierdo, D. O'Sullivan, O. Uriot, M. Brun, C. Durif, S. Denis, P. Gallardo, C. G. M. Gahan, L. Etienne-Mesmin, S. Blanquet-Diot, M. J. Farfan, Microb. Cell 2025, 12, 76.

[124] Z. A. Hansen, A. L. Schilmiller, D. V. Guzior, J. T. Rudrik, R. A. Quinn, K. A. Vasco, S. D. Manning, Front. Cell. Infect. Microbiol. 2024, 14, 1359576.

[125] K. Kokkinias, A. Sabag-Daigle, Y. Kim, I. Leleiwi, M. Shaffer, R. Kevorkian, A. Daly Rebecca, H. Wysocki Vicki, A. Borton Mikayla, M. M. Ahmer Brian, C. Wrighton Kelly, mSphere 2024, 9, e00534.

[126] P. Thiennimitr, S. E. Winter, M. G. Winter, M. N. Xavier, V. Tolstikov, D. L. Huseby, T. Sterzenbach, R. M. Tsolis, J. R. Roth, A. J. Bäumler, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 17480.

[127] M. G. Winter, R. Hughes Elizabeth, K. Muramatsu Matthew, G. Jimenez Angel, B. Chanin Rachael, L. Spiga, C. Gillis Caroline, M. McClelland, H. Andrews-Polymenis, E. Winter Sebastian, mBio 2023, 14, e00921.

[128] N. Wenner, X. Zhu, W. P. M. Rowe, K. Händler, J. C. D. Hinton, PLoS Genet. 2024, 20, e1011142.

[129] R. Sinha, R. M. LeVeque, S. M. Callahan, S. Chatterjee, N. Stopnisek, M. Kuipel, J. G. Johnson, V. J. DiRita, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2024, 121, e2316540120.

[130] L. Bénéjat, A. Ducournau, J. Gebhart, E. Bessede, J. Becker, M. Jauvain, P. Lehours, Gut Pathog. 2025, 17, 12.

[131] J. A. Platts-Mills, S. Babji, L. Bodhidatta, J. Gratz, R. Haque, A. Havt, B. J. McCormick, M. McGrath, M. P. Olortegui, A. Samie, S. Shakoor, D. Mondal, I. F. Lima, D. Hariraju, B. B. Rayamajhi, S. Qureshi, F. Kabir, P. P. Yori, B. Mufamadi, C. Amour, J. D. Carreon, S. A. Richard, D. Lang, P. Bessong, E. Mduma, T. Ahmed, A. A. Lima, C. J. Mason, A. K. Zaidi, Z. A. Bhutta, M. Kosek, R. L. Guerrant, M. Gottlieb, M. Miller, G. Kang, E. R. Houpt, Lancet Global Health 2015, 3, e564.

[132] J. Liu, P. F. Garcia Bardales, K. Islam, S. Jarju, J. Juma, C. Mhango, Q. Naumanga, S. Qureshi, C. Sonye, N. Ahmed, F. Aziz, M. T. R. Bhuiyan, M. Charles, N. A. Cunliffe, M. Abdou, S. R. Galagan, E. Gitteh, I. Guindo, M. Jahangir Hossain, A. M. J. Jabang, K. C. Jere, F. Kawonga, M. Keita, N. Y. Keita, K. L. Kotloff, W. V. Shapiama Lopez, S. Munga, M. Paredes Olortegui, R. Omore, P. B. Pavlinac, F. Qadri, F. N. Qamar, S. M. Azadul Alam Raz, L. Riziki, F. Schiaffino, S. Stroup, S. N. Traore, T. Pinedo Vasquez, M. T. Yousafzai, M. Antonio, J. E. Cornick, F. Kabir, F. Khanam, M. N. Kosek, J. B. Ochieng, J. A. Platts-Mills, S. M. Tennant, E. R. Houpt, Open Forum Infect. Dis. 2024, 11, S34.

[133] H. Sun, Q. Yao, X. Zhao, X. Li, F. Deng, J. Han, L. Zhang, X. Yao, B. Kan, J. Zhang, S. Tang, China CDC Key Laboratory of Environment and Population Health, National Institute of Environmental Health, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China, National Key Laboratory of Intelligent Tracking and Forecasting for Infectious Diseases, National Institute for Communicable Disease Control and Prevention, Chinese Center for Disease Control and Prevention, Beijing, China, China CDC Wkly 2025, 7, 393.

[134] J. Liu, J. A. Platts-Mills, J. Juma, F. Kabir, J. Nkeze, C. Okoi, D. J. Operario, J. Uddin, S. Ahmed, P. L. Alonso, M. Antonio, S. M. Becker, W. C. Blackwelder, R. F. Breiman, A. S. Faruque, B. Fields, J. Gratz, R. Haque, A. Hossain, M. J. Hossain, S. Jarju, F. Qamar, N. T. Iqbal, B. Kwambana, I. Mandomando, T. L. McMurry, C. Ochieng, J. B. Ochieng, M. Ochieng, C. Onyango, S. Panchalingam, A. Kalam, F. Aziz, S. Qureshi, T. Ramamurthy, J. H. Roberts, D. Saha, S. O. Sow, S. E. Stroup, D. Sur, B. Tamboura, M. Taniuchi, S. M. Tennant, D. Toema, Y. Wu, A. Zaidi, J. P. Nataro, K. L. Kotloff, M. M. Levine, E. R. Houpt, Lancet 2016, 388, 1291.

[135] G. Chowdhury, D. Ghosh, Y. Zhou, A. K. Deb, A. K. Mukhopadhyay, S. Dutta, S. Chakraborty, Sci. Rep. 2024, 14, 8816.

[136] E. Novy, M. Esposito, A. Debourgogne, C. Roger, J. Fungi 2025, 11, 91.

[137] K. Soni, A. Puing, Viruses 2025, 17, 752.

[138] D. Wang, W. K. Spoelstra, L. Lin, N. Akkerman, D. Krueger, T. Dayton, J. S. van Zon, S. J. Tans, J. H. van Es, H. Clevers, Cell Stem Cell 2025, 32, 598.

[139] K. P. Kepp, P. Aavitsland, M. Ballin, F. Balloux, S. Baral, K. Bardosh, H. Bauchner, E. Bendavid, R. Bhopal, D. T. Blumstein, P. Boffetta, F. Bourgeois, A. Brufsky, P. J. Collignon, S. Cripps, I. A. Cristea, N. Curtis, B. Djulbegovic, O. Faude, M. E. Flacco, G. H. Guyatt, G. Hajishengallis, L. G. Hemkens, T. Hoffmann, A. R. Joffe, T. P. Klassen, D. Koletsi, D. P. Kontoyiannis, E. Kuhl, C. La Vecchia, T. Lallukka, J. Lambris, M. Levitt, S. Makridakis, H. C. Maltezou, L. Manzoli, A. Marusic, C. Mavragani, D. Moher, B. W. Mol, T. Muka, F. Naudet, P. W. Noble, A. Nordström, P. Nordström, N. Pandis, S. Papatheodorou, C. J. Patel, I. Petersen, S. Pilz, N. Plesnila, A. L. Ponsonby, M. A. Rivas, A. Saltelli, M. Schabus, M. C. Schippers, H. Schünemann, M. Solmi, A. Stang, H. Streeck, J. P. Sturmberg, L. Thabane, B. D. Thombs, A. Tsakris, S. N. Wood, J. P. A. Ioannidis, J. Clin. Epidemiol. 2024, 173, 111428.

[140] T. Li, H. Jing, X. Gao, T. Zhang, H. Yao, X. Zhang, M. Zhang, J. Transl. Med. 2025, 23, 738.

[141] G. Chen, H. Qi, L. Jiang, S. Sun, J. Zhang, J. Yu, F. Liu, Y. Zhang, S. Du, J. Transl. Med. 2024, 22, 1121.

[142] M. G. Gorelik, A. J. Gorelik, S. R. S. Fishbein, T. Fehlmann, P. Deepak, R. Bogdan, G. Dantas, U. Jain, (Preprint) medRxiv, 2024.11.13.24316854, v1, 2024.

[143] E. Shajari, D. Gagné, M. Malick, P. Roy, J.-F. Noël, H. Gagnon, M. A. Brunet, M. Delisle, F.-M. Boisvert, J.-F. Beaulieu, Biomedicines 2024, 12, 333.

[144] D. Y. Kang, J. L. Park, M. K. Yeo, S. B. Kang, J. M. Kim, J. S. Kim, S. Y. Kim, BMC Microbiol. 2023, 23, 336.

[145] I. Manandhar, A. Alimadadi, S. Aryal, P. B. Munroe, B. Joe, X. Cheng, Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2021, 320, G328.

[146] H. Kim, J. E. Na, S. Kim, T.-O. Kim, S.-K. Park, C.-W. Lee, K. O. Kim, G.-S. Seo, M. S. Kim, J. M. Cha, J. S. Koo, D.-I. Park, Microorganisms 2023, 12, 36.

[147] X. Chu, Z. Wang, S. Cheng, A. Khan, N. Dong, S. Xie, Q. Zheng, P. Yang, H. Shen, Microb. Pathog. 2025, 208, 108000.

[148] X. Wang, X. Wang, J. Lei, C. Rong, X. Zheng, S. Li, Y. Gao, X. Wu, Acad. Radiol. 2025, 32, 5860.

[149] Q. Shi, Y. Hao, H. Liu, X. Liu, W. Yan, J. Mao, B. T. Chen, BMC Med. Imaging 2024, 24, 302.

[150] H. Liang, Y. Tian, G. Ruan, X. Bai, W. Han, X. Fu, Y. Wang, J. Shi, Y. Sun, J. Wu, C. Guo, H. Yang, Ther. Adv. Gastroenterol. 2025, 18, 17562848251364194.

[151] Y. Yang, X. Tang, Y. Chen, H. Yuan, H. Hu, Z. Wang, Y. Xiao, Sci. Rep. 2025, 15, 41919.

[152] S. Yu, M. Zhang, Z. Ye, Y. Wang, X. Wang, Y.-G. Chen, Cell Regener. 2023, 12, 8.

[153] J. C. Martin, C. Chang, G. Boschetti, R. Ungaro, M. Giri, J. A. Grout, K. Gettler, L.-S. Chuang, S. Nayar, A. J. Greenstein, M. Dubinsky, L. Walker, A. Leader, J. S. Fine, C. E. Whitehurst, M. L. Mbow, S. Kugathasan, L. A. Denson, J. S. Hyams, J. R. Friedman, P. T. Desai, H. M. Ko, I. Laface, G. Akturk, E. E. Schadt, H. Salmon, S. Gnjatic, A. H. Rahman, M. Merad, J. H. Cho, E. Kenigsberg, Cell 2019, 178, 1493.

[154] J. Maurício, I. Domingues, Pattern Anal. Appl. 2024, 27, 1.

[155] S. Onwuka, L. Bravo-Merodio, G. V. Gkoutos, A. Acharjee, iScience 2024, 27, 110298.

[156] V. Le, T. P. Quinn, T. Tran, S. Venkatesh, BMC Genomics 2020, 21, 256.

[157] J. Zhen, C. Liu, J. Zhang, F. Liao, H. Xie, C. Tan, P. An, Z. Liu, C. Jiang, J. Shi, K. Wu, W. Dong, J. Inflamm. Res. 2024, 17, 5271.

[158] R. Tariq, A. Afzali, Ther. Adv. Gastroenterol. 2025, 18, 17562848251357407.

[159] G. R. Madden, R. H. Boone, E. Lee, C. D. Sifri, W. A. Petri Jr, EBioMedicine 2024, 106, 105244.

[160] M. Mulat, R. J. S. Banicod, N. Tabassum, A. Javaid, T.-H. Kim, Y.-M. Kim, F. Khan, J. Microbiol. Methods 2025, 237, 107232.

[161] A. L. Cannarozzi, A. Latiano, L. Massimino, F. Bossa, F. Giuliani, M. Riva, F. Ungaro, M. Guerra, A. L. D. Brina, G. Biscaglia, F. Tavano, S. Carparelli, G. Fiorino, S. Danese, F. Perri, O. Palmieri, United Eur. Gastroenterol. J. 2024, 12, 1461.

[162] F. Bröker, L. L. Holt, B. D. Roads, P. Dayan, B. C. Love, Trends Cognit. Sci. 2024, 28, 974.

[163] B. Bakir-Gungor, H. Hacılar, A. Jabeer, O. U. Nalbantoglu, O. Aran, M. Yousef, PeerJ 2022, 10, e13205.

[164] R. Zhou, S. K. Ng, J. J. Y. Sung, S. H. Wong, W. W. B. Goh, Gut Microbes 2025, 17, 2554196.

[165] M. Marques, A. Almeida, H. Pereira, Cureus 2024, 16, e69405.

[166] S. Ali, F. Akhlaq, A. S. Imran, Z. Kastrati, S. M. Daudpota, M. Moosa, Comput. Biol. Med. 2023, 166, 107555.

[167] A. Barredo Arrieta, N. Díaz-Rodríguez, J. Del Ser, A. Bennetot, S. Tabik, A. Barbado, S. Garcia, S. Gil-Lopez, D. Molina, R. Benjamins, R. Chatila, F. Herrera, Inf. Fusion 2020, 58, 82.

[168] M. R. Karim, T. Islam, M. Shajalal, O. Beyan, C. Lange, M. Cochez, D. Rebholz-Schuhmann, S. Decker, Briefings Bioinf. 2023, 24, bbad236.

[169] R. Tariq, A. Sethi, S. Arunachalam, D. S. Pardi, W. A. Faubion, S. Khanna, Am. J. Gastroenterol. 2026, 121, 942.

[170] U. E. Okpete, H. Byeon, World J. Gastroenterol. 2025, 31, 111033.

[171] B. Stankovic, N. Kotur, G. Nikcevic, V. Gasic, B. Zukic, S. Pavlovic, Genes 2021, 12, 1438.

[172] A. Brauneck, L. Schmalhorst, M. M. Kazemi Majdabadi, M. Bakhtiari, U. Völker, J. Baumbach, L. Baumbach, G. Buchholtz, J. Med. Internet Res. 2023, 25, e41588.

[173] Y. Chen, M. Jiang, C. Xia, H. Zhao, P. Ke, S. Chen, H. Ge, K. Li, X. Wang, Y. Wang, Y. Chai, Q. Liu, Z. Tao, Y. Lyu, Y. Wu, A. Shi, Y. Liu, H. Xin, Y. Zhong, W. Zhang, F. Yan, W. Quan, Y. Xu, D. Liu, Y. Sun, X. Li, Y. Tian, L. Wu, S. Tu, H. Ji, B. Sheng, J. Pu, Sci. Bull. 2025, 70, 4241.

[174] A. Elhussein, G. Gürsoy, Proc. Machine Learn. Res. 2023, 219, 150.

[175] J. Liu, X. Cen, C. Yi, F.-A. Wang, J. Ding, J. Cheng, Q. Wu, B. Gai, Y. Zhou, R. He, F. Gao, Y. Li, Genomics Proteomics Bioinf. 2025, 23, qzaf011.

[176] M. J. Sheller, B. Edwards, G. A. Reina, J. Martin, S. Pati, A. Kotrotsou, M. Milchenko, W. Xu, D. Marcus, R. R. Colen, S. Bakas, Sci. Rep. 2020, 10, 12598.

[177] S. Kalra, J. Wen, J. C. Cresswell, M. Volkovs, H. R. Tizhoosh, Nat. Commun. 2023, 14, 2899.

[178] J. Matschinske, J. Späth, M. Bakhtiari, N. Probul, M. M. Kazemi Majdabadi, R. Nasirigerdeh, R. Torkzadehmahani, A. Hartebrodt, B. A. Orban, S. J. Fejér, O. Zolotareva, S. Das, L. Baumbach, J. K. Pauling, O. Tomašević, B. Bihari, M. Bloice, N. C. Donner, W. Fdhila, T. Frisch, A. C. Hauschild, D. Heider, A. Holzinger, W. Hötzendorfer, J. Hospes, T. Kacprowski, M. Kastelitz, M. List, R. Mayer, M. Moga, H. Müller, A. Pustozerova, R. Röttger, C. C. Saak, A. Saranti, H. Schmidt, C. Tschohl, N. K. Wenke, J. Baumbach, J. Med. Internet Res. 2023, 25, e42621.

[179] A. Sadilek, L. Liu, D. Nguyen, M. Kamruzzaman, S. Serghiou, B. Rader, A. Ingerman, S. Mellem, P. Kairouz, E. O. Nsoesie, J. MacFarlane, A. Vullikanti, M. Marathe, P. Eastham, J. S. Brownstein, B. A. Y. Arcas, M. D. Howell, J. Hernandez, npj Digital Med. 2021, 4, 132.

[180] M. Zanin, I. Chorbev, B. Stres, E. Stalidzans, J. Vera, P. Tieri, F. Castiglione, D. Groen, H. Zheng, J. Baumbach, J. A. Schmid, J. Basilio, P. Klimek, N. Debeljak, D. Rozman, H. H. H. W. Schmidt, Briefings Bioinf. 2019, 20, 1057.

[181] A. J. Williams, R. Paramsothy, N. Wu, S. Ghaly, S. Leach, S. Paramsothy, C. Corte, C. O'Brien, C. Burke, G. Wark, D. Samocha-Bonet, K. Lambert, G. Ahlenstiel, V. Wasinger, S. Dutt, P. Pavli, M. Grimm, D. Lemberg, S. Connor, R. Leong, G. Hold, BMJ Open 2021, 11, e042493.

[182] M. Attauabi, G. R. Madsen, F. Bendtsen, A. V. Wewer, R. Wilkens, J. Ilvemark, N. Vladimirova, A. B. Jensen, F. K. Jensen, S. B. Hansen, H. R. Siebner, Y. J. W. Nielsen, J. M. Møller, H. S. Thomsen, S. F. Thomsen, H. A. S. Ingels, K. Theede, T. Boysen, J. T. Bjerrum, C. Jakobsen, M. Dorn-Rasmussen, S. Jansson, Y. Yao, E. A. Burian, F. T. Møller, V. Fana, C. Wiell, L. Terslev, M. Østergaard, K. Bertl, A. Stavropoulos, J. B. Seidelin, J. Burisch, BMJ Open 2022, 12, e055779.

[183] C. Sauceda, C. Bayne, K. Sudqi, A. Gonzalez, P. S. Dulai, R. Knight, D. J. Gonzalez, C. G. Gonzalez, Gut Microbes 2022, 14, 2154092.

[184] I. Rodríguez-Lago, U. M. Marigorta, B. Mateos, M. Mañosa, L. Márquez-Mosquera, L. Menchén, F. Rodríguez-Moranta, I. Alonso, M. Aguas, H. Alonso-Galán, P. Borràs, B. Castro, E. Domènech, R. Ferreiro-Iglesias, R. de Francisco, F. J. García-Alonso, N. García, O. García-Bosch, C. Gargallo, J. P. Gisbert, E. Iglesias, F. Mesonero, J. Ortiz de Zárate, L. Ramos, E. Sáinz, P. Ladrón, C. Suria, C. S. Ferrer, C. Tejido, P. Varela, R. Vicente, Y. Zabana, G. Castany, E. Rodríguez, A. Gutiérrez, M. Barreiro-de Acosta, Ther. Adv. Gastroenterol. 2025, 18, 17562848251338647.

[185] M. Panek, H. Čipčić Paljetak, A. Barešić, M. Perić, M. Matijašić, I. Lojkić, D. Vranešić Bender, Ž. Krznarić, D. Verbanac, Sci. Rep. 2018, 8, 5143.

[186] P. I. Costea, G. Zeller, S. Sunagawa, E. Pelletier, A. Alberti, F. Levenez, M. Tramontano, M. Driessen, R. Hercog, F. E. Jung, J. R. Kultima, M. R. Hayward, L. P. Coelho, E. Allen-Vercoe, L. Bertrand, M. Blaut, J. R. M. Brown, T. Carton, S. Cools-Portier, M. Daigneault, M. Derrien, A. Druesne, W. M. de Vos, B. B. Finlay, H. J. Flint, F. Guarner, M. Hattori, H. Heilig, R. A. Luna, J. van Hylckama Vlieg, J. Junick, I. Klymiuk, P. Langella, E. Le Chatelier, V. Mai, C. Manichanh, J. C. Martin, C. Mery, H. Morita, P. W. O'Toole, C. Orvain, K. R. Patil, J. Penders, S. Persson, N. Pons, M. Popova, A. Salonen, D. Saulnier, K. P. Scott, B. Singh, K. Slezak, P. Veiga, J. Versalovic, L. Zhao, E. G. Zoetendal, S. D. Ehrlich, J. Dore, P. Bork, Nat. Biotechnol. 2017, 35, 1069.

[187] A. Fernández-Pato, T. Sinha, R. Gacesa, S. Andreu-Sánchez, M. F. B. Gois, J. Gelderloos-Arends, D. B. H. Jansen, M. Kruk, M. Jaeger, L. A. B. Joosten, M. G. Netea, R. K. Weersma, C. Wijmenga, H. J. M. Harmsen, J. Fu, A. Zhernakova, A. Kurilshikov, Sci. Rep. 2024, 14, 3911.

[188] C. Elie, M. Perret, H. Hage, E. Sentausa, A. Hesketh, K. Louis, A. Fritah-Lafont, P. Leissner, C. Vachon, H. Rostaing, F. Reynier, G. Gervasi, A. Saliou, Sci. Rep. 2023, 13, 10279.

[189] Y. Tao, L. F. Wang, P. Li, R. Sun, Y. J. Li, M. H. Sun, L. J. Zhang, L. H. Yang, J. J. Jin, X. N. Zhong, J. Transl. Med. 2025, 23, 1076.

[190] Y. Wang, K. A. LêCao, Briefings Bioinf. 2020, 21, 1954.

[191] W. Ling, J. Lu, N. Zhao, A. Lulla, A. M. Plantinga, W. Fu, A. Zhang, H. Liu, H. Song, Z. Li, J. Chen, T. W. Randolph, W. L. A. Koay, J. R. White, L. J. Launer, A. A. Fodor, K. A. Meyer, M. C. Wu, Nat. Commun. 2022, 13, 5418.

[192] C. Meng, O. A. Zeleznik, G. G. Thallinger, B. Kuster, A. M. Gholami, A. C. Culhane, Briefings Bioinf. 2016, 17, 628.

[193] F. Chen, Q. Hu, H. Li, Y. Xie, L. Xiu, Y. Zhang, X. Guo, K. Yin, Biosensors 2023, 13, 410.

[194] J. A. Kirwan, L. Brennan, D. Broadhurst, O. Fiehn, M. Cascante, W. B. Dunn, M. A. Schmidt, V. Velagapudi, Clin. Chem. 2018, 64, 1158.

[195] R. Kubinski, J. Y. Djamen-Kepaou, T. Zhanabaev, A. Hernandez-Garcia, S. Bauer, F. Hildebrand, T. Korcsmaros, S. Karam, P. Jantchou, K. Kafi, R. D. Martin, Front. Genet. 2022, 13, 784397.

[196] H. K. Pedersen, S. K. Forslund, V. Gudmundsdottir, A. Ø. Petersen, F. Hildebrand, T. Hyötyläinen, T. Nielsen, T. Hansen, P. Bork, S. D. Ehrlich, S. Brunak, M. Oresic, O. Pedersen, H. B. Nielsen, Nat. Protoc. 2018, 13, 2781.

[197] J. Munoz Briones, D. K. Brubaker, BMC Bioinf. 2025, 26, 115.

[198] G. J. Knott, J. A. Doudna, Science 2018, 361, 866.

[199] S. Chia, T. Guo, E. M. Goldys, S. C. Payne, W. Duan, N. H. Lovell, M. N. Shivdasani, F. Deng, Bioeng. Transl. Med. 2025, 10, e10725.

[200] Z. Jia, Y. Zhang, C. Zhang, X. Wei, M. Zhang, Anal. Chem. 2023, 95, 14111.

[201] B. Dai, A. Xiang, D. Qu, G. Chen, L. Wang, W. Wang, D. Zhai, L. Wang, Z. Lu, Front. Microbiol. 2022, 13, 858247.

[202] D. Sajin, S. S. Moonshi, H. Cha, F. Akther, J. Zhang, N.-T. Nguyen, H. T. Ta, ACS Biomater. Sci. Eng. 2025, 11, 5330.

[203] C. Beaurivage, A. Kanapeckaite, C. Loomans, K. S. Erdmann, J. Stallen, R. A. J. Janssen, Sci. Rep. 2020, 10, 21475.

[204] I. Iria, R. R. G. Soares, E. J. S. Brás, V. Chu, J. Gonçalves, J. P. Conde, Analyst 2022, 147, 480.

[205] Y. Huang, W. Duan, F. Deng, W. Tang, S. C. Payne, T. Guo, E. M. Goldys, N. H. Lovell, M. N. Shivdasani, Biosensors 2025, 15, 546.

[206] H. J. Yang, M. W. Kim, C. V. Raju, C. H. Cho, T. J. Park, J. P. Park, Biosens. Bioelectron. 2023, 234, 115382.

[207] D. Zhu, J. Galley, J. Pizzini, E. Musteata, M. V. Douglas, W. J. Chazin, E. P. Skaar, J. J. Tabor, R. A. Britton, Adv. Sci. 2025, 12, 2504364.

[208] F. Liu, L. Chen, L. Zhu, J. Liu, M. Li, Y. Chen, G. Yang, L. Qu, Anal. Chem. 2025, 97, 14377.

[209] P. Heidari, A. Haj-Mirzaian, S. Prabhu, B. Ataeinia, S. A. Esfahani, U. Mahmood, J. Nucl. Med. 2024, 65, 1137.

[210] F. Rezazadeh, N. Ramos, A.-D. Saliganan, N. Al-Hallak, K. Chen, B. Mohamad, W. N. Wiesend, N. T. Viola, J. Nucl. Med. 2023, 64, 1806.

[211] F. A. Salehi, J. E. Rowley, H. H. Allen, I. G. Kruger, S. Tavakolpour, K. Neeley, M. Cong, H. Shahbazian, N. Dorafshani, A. Berrada, A. C. MacDonagh, R. F. Padera, P. Brugarolas, A. B. Packard, M. W. Rosenbaum, S. Divakaran, M. F. Di Carli, M. Rashidian, Nature 2025, 639, 214.

[212] R. P. Hirten, M. Danieletto, M. Sanchez-Mayor, J. K. Whang, K. W. Lee, K. Landell, M. Zweig, D. Helmus, T. J. Fuchs, Z. A. Fayad, G. N. Nadkarni, L. Keefer, M. Suarez-Farinas, B. E. Sands, Gastroenterology 2025, 168, 939.

[213] M. Wang, Y. Wang, J. Wen, B. Wang, G. Lu, X.-B. Zhang, M. Chen, G. Ke, Chem. Commun. 2025, 61, 13052.

[214] Z. Wang, Q. Wang, J. Zhang, B. Li, Y. Li, Z. Chen, D. Guo, S. Feng, Clin. Transl. Med. 2025, 15, e70482.

[215] X. Xin, J. Su, H. Cui, L. Wang, S. Song, Biosensors 2025, 15, 155.

[216] A. Kostyusheva, S. Brezgin, Y. Babin, I. Vasilyeva, D. Glebe, D. Kostyushev, V. Chulanov, Methods 2022, 203, 431.

[217] K. Yang, T. Wang, Q. Zhu, C. Shen, Anal. Methods 2025, 17, 7346.

[218] Y. M. Hassan, A. S. Mohamed, Y. M. Hassan, W. M. El-Sayed, Clin. Exp. Med. 2025, 25, 33.

[219] D. P. Thomas, J. Zhang, N.-T. Nguyen, H. T. Ta, Biosensors 2023, 13, 136.

[220] B. G. Andryukov, I. N. Lyapun, E. V. Matosova, L. M. Somova, Sovrem. Tekhnologii Med. 2021, 12, 70.

[221] B. Olejnik, A. Kozioł, E. Brzozowska, M. Ferens-Sieczkowska, Expert Rev. Mol. Diagn. 2021, 21, 925.

[222] B. Teixeira, H. M. R. Gonçalves, P. Martins-Lopes, Biosensors 2025, 15, 513.

[223] Z. Xiong, Y. Zhang, P. Wu, J. Chen, Y. Shen, I. Kamel, X. Zheng, B. Wu, Z. Li, BMC Med. 2024, 22, 441.

[224] J. Liu, D. Wang, L. Lu, Z. Wei, L. Kim, E. B. Turkbey, B. Sahiner, N. A. Petrick, R. M. Summers, Med. Phys. 2017, 44, 4630.

[225] A. R. Radmard, M. Amouei, A. Torabi, A. R. Sima, H. Saffar, A. Geahchan, A. H. Davarpanah, B. Taouli, Radiographics 2024, 44, e230131.

[226] A. Sachan, R. Kakadiya, S. Mishra, M. P. Kumar, A. Jena, P. Gupta, S. Sebastian, P. Deepak, V. Sharma, J. Gastroenterol. Hepatol. 2024, 39, 422.

[227] T. S. Pillay, A. I. Khan, S. Yenice, Clin. Chim. Acta 2025, 574, 120341.

[228] M. Iacucci, G. Santacroce, I. Zammarchi, Y. Maeda, R. Del Amor, P. Meseguer, B. B. Kolawole, U. Chaudhari, A. Di Sabatino, S. Danese, Y. Mori, E. Grisan, V. Naranjo, S. Ghosh, Lancet Gastroenterol. Hepatol. 2024, 9, 758.

[229] R. W. Stidham, W. Liu, S. Bishu, M. D. Rice, P. D. R. Higgins, J. Zhu, B. K. Nallamothu, A. K. Waljee, JAMA Netw. Open 2019, 2, e193963.

[230] M. Iacucci, R. Cannatelli, T. L. Parigi, O. M. Nardone, G. E. Tontini, N. Labarile, A. Buda, A. Rimondi, A. Bazarova, R. Bisschops, R. Del Amor, P. Meseguer, V. Naranjo, S. Ghosh, E. Grisan, P. group, Endoscopy 2023, 55, 332.

[231] S. N. A. B. M. Nashruddin, F. H. M. Salleh, R. M. Yunus, H. B. Zaman, Heliyon 2024, 10, e37964.

[232] S. Harindranath, D. Desai, Expert Rev. Med. Devices 2025, 22, 121.

[233] A. M. Burton, B. K. Perler, BMC Gastroenterol. 2025, 25, 595.

[234] H. T. Feldman, J. Tejan, R. Victoria, A. Rupawala, A. Soni, J. Clin. Gastroenterol. 2026, 60, 216.

[235] U. Kopylov, B. Verstockt, U. M. Marigorta, D. Noviello, P. Bossuyt, A. Mookhoek, P. Sinonque, A. El-Hussuna, K. Sahnan, D. C. Baumgart, N. M. Noor, M. Allocca, D. Carter, A. Ensari, M. Iacucci, G. Pellino, A. Soriano, J. de Laffolie, M. Daperno, T. Raine, I. Cleynen, S. Sebastian, J. Crohns Colitis 2025, 20, jjaf134.

[236] Y. Rajput, T. Tarif, A. Wolfe, E. Dawson, K. Fox, Pac. Symp. Biocomput 2025, 30, 734.

[237] G. Yammouri, A. Ait Lahcen, J. Pers. Med. 2024, 14, 1088.

[238] V. K. Rathi, J. S. Ross, N. Engl. J. Med. 2019, 381, 1891.

[239] R. Sedano, V. Solitano, S. K. Vuyyuru, Y. Yuan, J. Hanžel, C. Ma, O. M. Nardone, V. Jairath, Ther. Adv. Gastroenterol. 2025, 18, 17562848251321915.

[240] R. Vitorino, S. Ghavami, Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2025, 1872, 168027.

[241] M. Iacucci, G. Santacroce, M. Yasuharu, S. Ghosh, Gastroenterology 2025, 169, 416.

[242] A. R. Bourgonje, H. van Goor, K. N. Faber, G. Dijkstra, Clin. Transl. Gastroenterol. 2023, 14, e00579.

[243] D. De Deo, A. Dal Buono, R. Gabbiadini, O. M. Nardone, R. Ferreiro-Iglesias, G. Privitera, C. Bonifacio, M. Barreiro-de Acosta, C. Bezzio, A. Armuzzi, Front. Immunol. 2025, 16, 1637159.

[244] W. Fu, R. Xue, M. N. Shivdasani, Y. Wu, D. Chen, T. Guo, N. H. Lovell, E. M. Goldys, T. Xiang, Y. Huang, F. Deng, Bioeng. Transl. Med. 2025, 10, e70064.

[245] P. Pathak, A. Choudhury, A. Marikanty, A. Jena, S. Sebastian, V. Sharma, Clin. Gastroenterol. Hepatol. 2026, 24, 646.

Rights & permissions

2026 The Author(s). Interdisciplinary Medicine published by Wiley-VCH GmbH on behalf of Nanfang Hospital, Southern Medical University.