Chinese pan-cancer patient genomic characteristics: A comprehensive analysis based on the National Cancer Center—Clinical Diagnostics Knowledgebase real-world clinical sequencing cohort

Abstract

Precision oncology strategies guided by tumor molecular profiling often target key genomic aberrations in patients. Herein, we assembled National Cancer Center–Clinical Diagnostics Knowledgebase, compiling clinical targeted sequencing data from 6935 tumor tissues and matched normal samples, along with available pathological and clinical information. Comprehensive genomic profiling was conducted to characterize tumor type-specific somatic alterations, and comparative analyses were performed across distinct cohorts. Key genomic characteristics included high-frequency alterations in TP53 (57.8%), APC (22.6%), KRAS (21.3%), and EGFR (17.5%), among which EGFR mutations were significantly enriched in lung adenocarcinoma patients. In this cohort, 70.2% of the samples harbored at least one clinically actionable genomic aberration. 14.9% of patients showed high tumor mutational burden (TMB > 10 mutations/Mb), and the TMB level was significantly higher in patients with microsatellite instability-high than in those with microsatellite stability. We also correlated next-generation sequencing (NGS) results with conventional molecular pathology assays. We found high consistency between ERBB2 focal amplification cases determined by NGS and clinically targetable ERBB2 amplification/HER2 overexpression cases. In conclusion, this study constructed a large-scale real-world genomic dataset representative of Chinese cancer patients, spanning multiple tumor types. Moreover, our findings underscore the clinical value of NGS in identifying patients with ERBB2 amplification who may potentially benefit from targeted treatments, particularly in non-small-cell lung cancer cases where NGS panel testing is prioritized.

Keywords

clinically actionable alterations / precision oncology / real-world targeted sequencing

References

[1] R. Casolino, P. A. Beer, D. Chakravarty, M. B. Davis, U. Malapelle, L. Mazzarella, N. Normanno, C. Pauli, V. Subbiah, C. Turnbull, C. B. Westphalen, A. V. Biankin, CA Cancer J. Clin. 2024, 74, 264.

[2] M. F. Berger, E. R. Mardis, Nat. Rev. Clin. Oncol. 2018, 15, 353.

[3] L. Ding, M. H. Bailey, E. Porta-Pardo, V. Thorsson, A. Colaprico, D. Bertrand, D. L. Gibbs, A. Weerasinghe, K. L. Huang, C. Tokheim, I. Cortés-Ciriano, R. Jayasinghe, F. Chen, L. Yu, S. Sun, C. Olsen, J. Kim, A. M. Taylor, A. D. Cherniack, R. Akbani, C. Suphavilai, N. Nagarajan, J. M. Stuart, G. B. Mills, M. A. Wyczalkowski, B. G. Vincent, C. M. Hutter, J. C. Zenklusen, K. A. Hoadley, M. C. Wendl, l. Shmulevich, A. J. Lazar, D. A. Wheeler, G. Getz, The Cancer Genome Atlas Research Network, Cell 2018, 173, 305.

[4] The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, Nature 2020, 578, 82.

[5] The AACR Project GENIE Consortium, Cancer Discov. 2017, 7, 818.

[6] A. Zehir, R. Benayed, R. H. Shah, A. Syed, S. Middha, H. R. Kim, P. Srinivasan, J. Gao, D. Chakravarty, S. M. Devlin, M. D. Hellmann, D. A. Barron, A. M. Schram, M. Hameed, S. Dogan, D. S. Ross, J. F. Hechtman, D. F. DeLair, J. Yao, D. L. Mandelker, D. T. Cheng, R. Chandramohan, A. S. Mohanty, R. N. Ptashkin, G. Jayakumaran, M. Prasad, M. H. Syed, A. B. Rema, Z. Y. Liu, K. Nafa, L. Borsu, J. Sadowska, J. Casanova, R. Bacares, I. J. Kiecka, A. Razumova, J. B. Son, L. Stewart, T. Baldi, K. A. Mullaney, H. Al-Ahmadie, E. Vakiani, A. A. Abeshouse, A. V. Penson, P. Jonsson, N. Camacho, M. T. Chang, H. H. Won, B. E. Gross, R. Kundra, Z. J. Heins, H. W. Chen, S. Phillips, H. Zhang, J. Wang, A. Ochoa, J. Wills, M. Eubank, S. B. Thomas, S. M. Gardos, D. N. Reales, J. Galle, R. Durany, R. Cambria, W. Abida, A. Cercek, D. R. Feldman, M. M. Gounder, A. A. Hakimi, J. J. Harding, G. Iyer, Y. Y. Janjigian, E. J. Jordan, C. M. Kelly, M. A. Lowery, L. G. T. Morris, A. M. Omuro, N. Raj, P. Razavi, A. N. Shoushtari, N. Shukla, T. E. Soumerai, A. M. Varghese, R. Yaeger, J. Coleman, B. Bochner, G. J. Riely, L. B. Saltz, H. I. Scher, P. J. Sabbatini, M. E. Robson, D. S. Klimstra, B. S. Taylor, J. Baselga, N. Schultz, D. M. Hyman, M. E. Arcila, D. B. Solit, M. Ladanyi, M. F. Berger, Nat. Med. 2017, 23, 703.

[7] B. Nguyen, C. Fong, A. Luthra, S. A. Smith, R. G. DiNatale, S. Nandakumar, H. Walch, W. K. Chatila, R. Madupuri, R. Kundra, C. M. Bielski, B. Mastrogiacomo, M. T. Donoghue, A. Boire, S. Chandarlapaty, K. Ganesh, J. J. Harding, C. A. Iacobuzio-Donahue, P. Razavi, E. Reznik, C. M. Rudin, D. Zamarin, W. Abida, G. K. Abou-Alfa, C. Aghajanian, A. Cercek, P. Chi, D. Feldman, A. L. Ho, G. Iyer, Y. Y. Janjigian, M. Morris, R. J. Motzer, E. M. O’Reilly, M. A. Postow, N. P. Raj, G. J. Riely, M. E. Robson, J. E. Rosenberg, A. Safonov, A. N. Shoushtari, W. Tap, M. Y. Teo, A. M. Varghese, M. Voss, R. Yaeger, M. G. Zauderer, N. Abu-Rustum, J. Garcia-Aguilar, B. Bochner, A. Hakimi, W. R. Jarnagin, D. R. Jones, D. Molena, L. Morris, E. Rios-Doria, P. Russo, S. Singer, V. E. Strong, D. Chakravarty, L. H. Ellenson, A. Gopalan, J. S. Reis-Filho, B. Weigelt, M. Ladanyi, M. Gonen, S. P. Shah, J. Massague, J. Gao, A. Zehir, M. F. Berger, D. B. Solit, S. F. Bakhoum, F. Sanchez-Vega, N. Schultz, Cell 2022, 185, 563.

[8] X. Xue, L. Guo, C. Guo, L. Xu, L. Li, L. Yang, X. Wang, W. Rao, P. Yuan, J. Mu, J. Li, B. Wang, Q. Zhou, W. Xue, F. Ma, W. Yang, J. Ying, Breast Cancer Res. 2024, 26, 128.

[9] S. Modi, W. Jacot, T. Yamashita, J. Sohn, M. Vidal, E. Tokunaga, J. Tsurutani, N. T. Ueno, A. Prat, Y. S. Chae, K. S. Lee, N. Niikura, Y. H. Park, B. Xu, X. Wang, M. Gil-Gil, W. Li, J. Y. Pierga, S. A. Im, H. C. Moore, H. S. Rugo, R. Yerushalmi, F. Zagouri, A. Gombos, S. B. Kim, Q. Liu, T. Luo, C. Saura, P. Schmid, T. Sun, D. Gambhire, L. Yung, Y. Wang, J. Singh, P. Vitazka, G. Meinhardt, N. Harbeck, D. A. Cameron, N. Engl. J. Med. 2022, 387, 9.

[10] K. Arora, T. N. Tran, Y. Kemel, M. Mehine, Y. L. Liu, S. Nandakumar, S. A. Smith, A. R. Brannon, I. Ostrovnaya, K. H. Stopsack, P. Razavi, A. Safonov, H. A. Rizvi, M. D. Hellmann, J. Vijai, T. C. Reynolds, J. A. Fagin, J. Carrot-Zhang, K. Offit, D.B. Solit, M. Ladanyi, N. Schultz, A. Zehir, C. L. Brown, Z. K. Stadler, D. Chakravarty, C. Bandlamudi, M. F. Berger, Cancer Discov. 2022, 12, 2552.

[11] M. B. Davis, R. Martini, Cancer Cell 2025, 43, 619.

[12] B. D. Lord, R. N. Martini, M. B. Davis, Trends Cancer 2022, 8, 276.

[13] L. Wu, H. Yao, H. Chen, A. Wang, K. Guo, W. Gou, Y. Yu, X. Li, M. Yao, S. Yuan, F. Pang, J. Hu, L. Chen, W. Liu, J. Yao, S. Zhang, X. Dong, W. Wang, J. Hu, Q. Ling, S. Ding, Y. Wei, Q. Li, W. Cao, S. Wang, Y. Di, F. Feng, G. Zhao, J. Zhang, L. Huang, J. Xu, W. Yan, Z. Tong, D. Jiang, T. Ji, Q. Li, L. Xu, H. He, L. Shang, J. Liu, K. Wang, D. Wu, J. Shen, Y. Liu, T. Zhang, C. Liang, Y. Wang, Y. Shang, J. Guo, G. Liang, S. Xu, J. Liu, K. Wang, M. Wang, Nat. Commun. 2022, 13, 4264.

[14] K. H. Park, J. Y. Choi, A. R. Lim, J. W. Kim, Y. J. Choi, S. Lee, J. S. Sung, H. J. Chung, B. Jang, D. Yoon, S. Kim, J. K. Sa, Y. H. Kim, Cancer Discov. 2022, 12, 938.

[15] S. Horie, Y. Saito, Y. Kogure, K. Mizuno, Y. Ito, M. Tabata, T. Kanai, K. Murakami, J. Koya, K. Kataoka, Cancer Discov. 2024, 14, 786.

[16] R. Kundra, H. Zhang, R. Sheridan, S. J. Sirintrapun, A. Wang, A. Ochoa, M. Wilson, B. Gross, Y. Sun, R. Madupuri, B. A. Satravada, D. Reales, E. Vakiani, H. A. Al-Ahmadie, A. Dogan, M. Arcila, A. Zehir, S. Maron, M. F. Berger, C. Viaplana, K. Janeway, M. Ducar, L. Sholl, S. Dogan, P. Bedard, L. F. Surrey, I. H. Sanchez, A. Syed, A. B. Rema, D. Chakravarty, S. Suehnholz, M. Nissan, G. V. Iyer, R. Murali, N. Bouvier, R. A. Soslow, D. Hyman, A. Younes, A. Intlekofer, J. J. Harding, R. D. Carvajal, P. J. Sabbatini, G. K. Abou-Alfa, L. Morris, Y. Y. Janjigian, M. M. Gallagher, T. A. Soumerai, I. K. Mellinghoff, A. A. Hakimi, M. Fury, J. T. Huse, A. Bagrodia, M. Hameed, S. Thomas, S. Gardos, E. Cerami, T. Mazor, P. Kumari, P. Raman, P. Shivdasani, S. MacFarland, S. Newman, A. Waanders, J. Gao, D. Solit, N. Schultz, JCO Clin. Cancer Inf. 2021, 5, 221.

[17] B. Gong, D. Li, R. Kusko, N. Novoradovskaya, Y. Zhang, S. Wang, C. Pabón-Peña, Z. Zhang, K. Lai, W. Cai, J. S. LoCoco, E. Lader, T. A. Richmond, V. K. Mittal, L. C. Liu, D. J. Johann Jr, J. C. Willey, P. R. Bushel, Y. Yu, C. Xu, G. Chen, D. Burgess, S. Cawley, K. Giorda, N. Haseley, F. Qiu, K. Wilkins, H. Arib, C. Attwooll, K. Babson, L. Bao, W. Bao, A. B. Lucas, H. Best, A. Bhandari, H. Bisgin, J. Blackburn, T. M. Blomquist, L. Boardman, B. Burgher, D. J. Butler, C. J. Chang, A. Chaubey, T. Chen, M. Chierici, C. R. Chin, D. Close, J. Conroy, J. Cooley Coleman, D. J. Craig, E. Crawford, A. del Pozo, I. W. Deveson, D. Duncan, A. K. Eterovic, X. Fan, J. Foox, C. Furlanello, A. Ghosal, S. Glenn, M. Guan, C. Haag, X. Hang, S. Happe, B. Hennigan, J. Hipp, H. Hong, K. Horvath, J. Hu, L. Y. Hung, M. Jarosz, J. Kerkhof, B. Kipp, D. P. Kreil, P. Łabaj, P. Lapunzina, P. Li, Q. Z. Li, W. Li, Z. Li, Y. Liang, S. Liu, Z. Liu, C. Ma, N. Marella, R. Martín-Arenas, D. B. Megherbi, Q. Meng, P. A. Mieczkowski, T. Morrison, D. Muzny, B. Ning, B. L. Parsons, C. P. Paweletz, M. Pirooznia, W. Qu, A. Raymond, P. Rindler, R. Ringler, B. Sadikovic, A. Scherer, E. Schulze, R. Sebra, R. Shaknovich, Q. Shi, T. Shi, J. C. Silla-Castro, M. Smith, M. S. López, P. Song, D. Stetson, M. Strahl, A. Stuart, J. Supplee, P. Szankasi, H. Tan, L. y. Tang, Y. Tao, S. Thakkar, D. Thierry-Mieg, J. Thierry-Mieg, V. J. Thodima, D. Thomas, B. Tichý, N. Tom, E. V. Garcia, S. Verma, K. Walker, C. Wang, J. Wang, Y. Wang, Z. Wen, V. Wirta, L. Wu, C. Xiao, W. Xiao, S. Xu, M. Yang, J. Ying, S. H. Yip, G. Zhang, S. Zhang, M. Zhao, Y. Zheng, X. Zhou, C. E. Mason, T. Mercer, W. Tong, L. Shi, W. Jones, J. Xu, Genome Biol. 2021, 22, 109.

[18] H. Li, R. Durbin, Bioinformatics 2010, 26, 589.

[19] A. McKenna, M. Hanna, E. Banks, A. Sivachenko, K. Cibulskis, A. Kernytsky, K. Garimella, D. Altshuler, S. Gabriel, M. Daly, M. A. DePristo, Genome Res. 2010, 20, 1297.

[20] G. G. Faust, I. M. Hall, Bioinformatics 2014, 30, 2503.

[21] H. Li, B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth, G. Abecasis, R. Durbin, Bioinformatics 2009, 25, 2078.

[22] K. Wang, M. Li, H. Hakonarson, Nucleic Acids Res. 2010, 38, e164.

[23] R. Shen, V. E. Seshan, Nucleic Acids Res. 2016, 44, e131.

[24] C. H. Mermel, S. E. Schumacher, B. Hill, M. L. Meyerson, R. Beroukhim, G. Getz, Genome Biol. 2011, 12, R41.

[25] T. Rausch, T. Zichner, A. Schlattl, A. M. Stütz, V. Benes, J. O. Korbel, Bioinformatics 2012, 28, i333.

[26] B. Niu, K. Ye, Q. Zhang, C. Lu, M. Xie, M. D. McLellan, M. C. Wendl, L. Ding, Bioinformatics 2014, 30, 1015.

[27] E. Cerami, J. Gao, U. Dogrusoz, B. E. Gross, S. O. Sumer, B. A. Aksoy, A. Jacobsen, C. J. Byrne, M. L. Heuer, E. Larsson, Y. Antipin, B. Reva, A. P. Goldberg, C. Sander, N. Schultz, Cancer Discov. 2012, 2, 401.

[28] J. Gao, B. A. Aksoy, U. Dogrusoz, G. Dresdner, B. Gross, S. O. Sumer, Y. Sun, A. Jacobsen, R. Sinha, E. Larsson, E. Cerami, C. Sander, N. Schultz, Sci. Signal. 2013, 6, pl1.

[29] I. de Bruijn, R. Kundra, B. Mastrogiacomo, T. N. Tran, L. Sikina, T. Mazor, X. Li, A. Ochoa, G. Zhao, B. Lai, A. Abeshouse, D. Baiceanu, E. Ciftci, U. Dogrusoz, A. Dufilie, Z. Erkoc, E. Garcia Lara, Z. Fu, B. Gross, C. Haynes, A. Heath, D. Higgins, P. Jagannathan, K. Kalletla, P. Kumari, J. Lindsay, A. Lisman, B. Leenknegt, P. Lukasse, D. Madela, R. Madupuri, P. van Nierop, O. Plantalech, J. Quach, A. C. Resnick, S. Y. Rodenburg, B. A. Satravada, F. Schaeffer, R. Sheridan, J. Singh, R. Sirohi, S. O. Sumer, S. van Hagen, A. Wang, M. Wilson, H. Zhang, K. Zhu, N. Rusk, S. Brown, J. A. Lavery, K. S. Panageas, J. E. Rudolph, M. L. LeNoue-Newton, J. L. Warner, X. Guo, H. Hunter-Zinck, T. V. Yu, S. Pilai, C. Nichols, S. M. Gardos, J. Philip, K. L. Kehl, G. J. Riely, D. Schrag, J. Lee, M. V. Fiandalo, S. M. Sweeney, T. J. Pugh, C. Sander, E. Cerami, J. Gao, N. Schultz, Cancer Res. 2023, 83, 3861.

[30] J. Jee, C. Fong, K. Pichotta, T. N. Tran, A. Luthra, M. Waters, C. Fu, M. Altoe, S. Y. Liu, S. B. Maron, M. Ahmed, S. Kim, M. Pirun, W. K. Chatila, I. de Bruijn, A. Pasha, R. Kundra, B. Gross, B. Mastrogiacomo, T. J. Aprati, D. Liu, J. Gao, M. Capelletti, K. Pekala, L. Loudon, M. Perry, C. Bandlamudi, M. Donoghue, B. A. Satravada, A. Martin, R. Shen, Y. Chen, A. R. Brannon, J. Chang, L. Braunstein, A. Li, A. Safonov, A. Stonestrom, P. Sanchez-Vela, C. Wilhelm, M. Robson, H. Scher, M. Ladanyi, J. S. Reis-Filho, D. B. Solit, D. R. Jones, D. Gomez, H. Yu, D. Chakravarty, R. Yaeger, W. Abida, W. Park, E. M. O’Reilly, J. Garcia-Aguilar, N. Socci, F. Sanchez-Vega, J. Carrot-Zhang, P. D. Stetson, R. Levine, C. M. Rudin, M. F. Berger, S. P. Shah, D. Schrag, P. Razavi, K. L. Kehl, B. T. Li, G. J. Riely, N. Schultz, A. Lisman, G. Zhao, I. de Bruijn, W. K. Chatila, X. Li, A. Kohli, D. Moore, R. Lim, T. Pollard, R. Sheridan, A. Wang, C. Chennault, M. Wilson, H. Zhang, R. Pimienta, S. Rangavajhala, G. Subramanian, J. Garcia, N. Rachuri, K. Boehm, M. Parker, H. Walch, S. Nandakumar, J. Eichholz, A. Kris, P. Manca, X. Bai, T. Agbamu, J. U, X. Bi, Nature 2024, 636, 728.

[31] S. P. Suehnholz, M. H. Nissan, H. Zhang, R. Kundra, S. Nandakumar, C. Lu, S. Carrero, A. Dhaneshwar, N. Fernandez, B. W. Xu, M. E. Arcila, A. Zehir, A. Syed, A. R. Brannon, J. E. Rudolph, E. Paraiso, P. J. Sabbatini, R. L. Levine, A. Dogan, J. Gao, M. Ladanyi, A. Drilon, M. F. Berger, D. B. Solit, N. Schultz, D. Chakravarty, Cancer Discov. 2024, 14, 49.

[32] D. Chakravarty, J. Gao, S. Phillips, R. Kundra, H. Zhang, J. Wang, J. E. Rudolph, R. Yaeger, T. Soumerai, M. H. Nissan, M. T. Chang, S. Chandarlapaty, T. A. Traina, P. K. Paik, A. L. Ho, F. M. Hantash, A. Grupe, S. S. Baxi, M. K. Callahan, A. Snyder, P. Chi, D. C. Danila, M. Gounder, J. J. Harding, M. D. Hellmann, G. Iyer, Y. Y. Janjigian, T. Kaley, D. A. Levine, M. Lowery, A. Omuro, M. A. Postow, D. Rathkopf, A. N. Shoushtari, N. Shukla, M. H. Voss, E. Paraiso, A. Zehir, M. F. Berger, B. S. Taylor, L. B. Saltz, G. J. Riely, M. Ladanyi, D. M. Hyman, J. Baselga, P. Sabbatini, D. B. Solit, N. Schultz, JCO Precis. Oncol. 2017, 2017, 1.

[33] J. Ying, L. Guo, T. Qiu, L. Shan, Y. Ling, X. Liu, N. Lu, Ann. Oncol. 2013, 24, 2589.

[34] W. Li, R. Wan, L. Guo, G. Chang, D. Jiang, L. Meng, J. Ying, BMC Med. 2022, 20, 160.

[35] A. C. Wolff, M. E. H. Hammond, D. G. Hicks, M. Dowsett, L. M. McShane, K. H. Allison, D. C. Allred, J. M. Bartlett, M. Bilous, P. Fitzgibbons, W. Hanna, R. B. Jenkins, P. B. Mangu, S. Paik, E. A. Perez, M. F. Press, P. A. Spears, G. H. Vance, G. Viale, D. F. Hayes, J. Clin. Oncol. 2013, 31, 3997.

[36] A. C. Wolff, M. E. H. Hammond, K. H. Allison, B. E. Harvey, P. B. Mangu, J. M. Bartlett, M. Bilous, I. O. Ellis, P. Fitzgibbons, W. Hanna, R. B. Jenkins, M. F. Press, P. A. Spears, G. H. Vance, G. Viale, L. M. McShane, M. Dowsett, J. Clin. Oncol. 2018, 36, 2105.

[37] J. Mateo, L. Steuten, P. Aftimos, F. André, M. Davies, E. Garralda, J. Geissler, D. Husereau, I. Martinez-Lopez, N. Normanno, J. S. Reis-Filho, S. Stefani, D. M. Thomas, C. B. Westphalen, E. Voest, Nat. Med. 2022, 28, 658.

[38] R. J. Hause, C. C. Pritchard, J. Shendure, S. J. Salipante, Nat. Med. 2016, 22, 1342.

[39] F. Sanchez-Vega, M. Mina, J. Armenia, W. K. Chatila, A. Luna, K. C. La, S. Dimitriadoy, D. L. Liu, H. S. Kantheti, S. Saghafinia, D. Chakravarty, F. Daian, Q. Gao, M. H. Bailey, W. W. Liang, S. M. Foltz, I. Shmulevich, L. Ding, Z. Heins, A. Ochoa, B. Gross, J. Gao, H. Zhang, R. Kundra, C. Kandoth, I. Bahceci, L. Dervishi, U. Dogrusoz, W. Zhou, H. Shen, P. W. Laird, G. P. Way, C. S. Greene, H. Liang, Y. Xiao, C. Wang, A. Iavarone, A. H. Berger, T. G. Bivona, A. J. Lazar, G. D. Hammer, T. Giordano, L. N. Kwong, G. McArthur, C. Huang, A. D. Tward, M. J. Frederick, F. McCormick, M. Meyerson, The Cancer Genome Atlas Research Network, E. M. Van Allen, A. D. Cherniack, G. Ciriello, C. Sander, N. Schultz, Cell 2018, 173, 321.

[40] Y. L. Zhang, J. Q. Yuan, K. F. Wang, X. H. Fu, X. R. Han, D. Threapleton, Z. Y. Yang, C. Mao, J. L. Tang, Oncotarget 2016, 7, 78985.

[41] P. Rocha, R. Bach, L. Masfarré, S. Hernandez, N. Navarro-Gorro, A. Rossell, X. Villanueva, M. Giner, I. Sanchéz, M. Galindo, R. Del Rey-Vergara, A. Iñañez, B. Sanchéz-Espiridion, W. Lu, A. Acedo-Terrades, P. Berenguer-Molins, A. Sánchez-Font, R. Chalela, V. Curull, Á. Taus, M. Hardy-Werbin, M. Sausen, A. Georgiadis, J. White, J. B. Jackson, L. Moliner, S. Clavé, B. Bellosillo, A. Rovira, I. Wistuba, L. M. S. Soto, J. Perera-Bel, E. Arriola, Oncoimmunology 2025, 14, 2469377.

[42] B. Ricciuti, K. C. Arbour, J. J. Lin, A. Vajdi, N. Vokes, L. Hong, J. Zhang, M. Y. Tolstorukov, Y. Y. Li, L. F. Spurr, A. D. Cherniack, G. Recondo, G. Lamberti, X. Wang, D. Venkatraman, J. V. Alessi, V. R. Vaz, H. Rizvi, J. Egger, A. J. Plodkowski, S. Khosrowjerdi, S. Digumarthy, H. Park, N. Vaz, M. Nishino, L. M. Sholl, D. Barbie, M. Altan, J. V. Heymach, F. Skoulidis, J. F. Gainor, M. D. Hellmann, M. M. Awad, J. Thorac. Oncol. 2022, 17, 399.

[43] F. E. Machour, E. R. Abu-Zhayia, J. Kamar, A. S. Barisaac, I. Simon, N. Ayoub, Nat. Commun. 2024, 15, 6417.

[44] F. E. Machour, E. R. Abu-Zhayia, J. Kamar, A. S. Barisaac, I. Simon, N. Ayoub, Nat. Commun. 2024, 15, 6417.

[45] H. J. Lim, L. Zhuang, R. C. Fitzgerald, J. Exp. Clin. Cancer Res. 2023, 42, 57.

[46] G. Zou, Y. Huang, S. Zhang, K. P. Ko, B. Kim, J. Zhang, V. Venkatesan, M. P. Pizzi, Y. Fan, S. Jun, N. Niu, H. Wang, S. Song, J. A. Ajani, J. I. Park, J. Exp. Med. 2024, 221, e20230561.

[47] L. Decourtye-Espiard, P. Guilford, Gastroenterology 2023, 164, 719.

[48] P. LoRusso, N. Yamamoto, M. R. Patel, S. A. Laurie, T. M. Bauer, J. Geng, T. Davenport, M. Teufel, J. Li, M. Lahmar, M. M. Gounder, Cancer Discov. 2023, 13, 1802.

[49] W. Li, J. Zhang, Z. Wang, L. Li, J. Ma, X. Zhou, J. Wang, Z. Liang, J. Ying, J. Natl. Cancer Center 2021, 1, 123.

[50] S. C. M. Lau, Y. Pan, V. Velcheti, K. K. Wong, Cancer Cell 2022, 40, 1279.

[51] Y. Pan, H. Han, H. Hu, H. Wang, Y. Song, Y. Hao, X. Tong, A. S. Patel, S. Misirlioglu, S. Tang, H. Y. Huang, K. Geng, T. Chen, A. Karatza, F. Sherman, K. E. Labbe, F. Yang, A. Chafitz, C. Peng, C. Guo, A. L. Moreira, V. Velcheti, S. C. Lau, P. Sui, H. Chen, J. A. Diehl, A. K. Rustgi, A. J. Bass, J. T. Poirier, X. Zhang, H. Ji, H. Zhang, K. K. Wong, Cancer Cell 2023, 41, 88.

[52] I. Pastushenko, F. Mauri, Y. Song, F. de Cock, B. Meeusen, B. Swedlund, F. Impens, D. Van Haver, M. Opitz, M. Thery, Y. Bareche, G. Lapouge, M. Vermeersch, Y. R. Van Eycke, C. Balsat, C. Decaestecker, Y. Sokolow, S. Hassid, A. Perez-Bustillo, B. Agreda-Moreno, L. Rios-Buceta, P. Jaen, P. Redondo, R. Sieira-Gil, J. F. Millan-Cayetano, O. Sanmatrtin, N. D’Haene, V. Moers, M. Rozzi, J. Blondeau, S. Lemaire, S. Scozzaro, V. Janssens, M. De Troya, C. Dubois, D. Pérez-Morga, I. Salmon, C. Sotiriou, F. Helmbacher, C. Blanpain, Nature 2021, 589, 448.

[53] W.-T. Lu, L. P. Zalmas, C. Bailey, J. R. M. Black, C. Martinez-Ruiz, O. Pich, F. Gimeno-Valiente, I. Usaite, A. Magness, K. Thol, T. A. Webber, M. Jiang, R. E. Saunders, Y. H. Liu, D. Biswas, E. O. Ige, B. Aerne, E. Grönroos, S. Venkatesan, G. Stavrou, T. Karasaki, M. Al Bakir, M. Renshaw, H. Xu, D. Schneider-Luftman, N. Sharma, L. Tovini, M. Jamal-Hanjani, S. E. McClelland, K. Litchfield, N. J. Birkbak, M. Howell, N. Tapon, K. Fugger, N. McGranahan, J. Bartek, N. Kanu, C. Swanton, Nat. Cell Biol. 2025, 27, 154.

[54] L. Li, W. Li, C. Wu, Y. Xi, L. Guo, Y. Ji, L. Jiang, J. Li, J. Yun, G. Chen, Y. Li, Y. Liu, D. Mu, Y. Han, L. Sun, Q. Xia, X. Teng, N. Che, W. Wu, X. Qiu, C. Liu, X. Yan, D. Li, Z. Zhang, Z. Wang, Y. Li, Z. Wang, L. Guo, X. Nie, J. Geng, J. Zhou, J. Ying, Cancer Commun. 2024, 44, 992.

[55] D. S. Ross, A. Zehir, D. T. Cheng, R. Benayed, K. Nafa, J. F. Hechtman, Y. Y. Janjigian, B. Weigelt, P. Razavi, D. M. Hyman, J. Baselga, M. F. Berger, M. Ladanyi, M. E. Arcila, J. Mol. Diagn. 2017, 19, 244.

[56] R. S. Hoda, A. S. Bowman, A. Zehir, P. Razavi, E. Brogi, M. Ladanyi, M. E. Arcila, H. Y. Wen, D. S. Ross, Histopathology 2021, 78, 498.

[57] D. C. Ferguson, A. Momeni Boroujeni, T. Zheng, A. S. Mohanty, A. L. Ho, M. E. Arcila, D. S. Ross, S. Dogan, Mod. Pathol. 2022, 35, 895.

[58] I. Odintsov, M. Makarem, M. Nishino, S. E. Bachert, T. Zhang, J. LoPiccolo, C. P. Paweletz, P. C. Gokhale, E. Ivanova, A. Saldanha, C. M. Rudin, W. W. Lockwood, M. Ladanyi, R. Somwar, P. A. Jänne, L. M. Sholl, J. Thorac. Oncol. 2024, 19, 732.

[59] L. Hong, S. Patel, L. M. Drusbosky, Y. Xiong, R. Chen, R. Geng, S. Heeke, M. Nilsson, J. Wu, J. V. Heymach, Y. Wang, J. Zhang, X. Le, npj Precis. Oncol. 2024, 8, 217.

[60] S. Zhang, X. Chen, E. Jin, A. Wang, T. Chen, X. Zhang, J. Zhu, L. Dong, Y. Sun, C. Yu, Y. Zhou, Z. Fan, H. Chen, S. Zhai, Y. Sun, Q. Chen, J. Xiao, S. Song, Z. Zhang, Y. Bao, Y. Wang, W. Zhao, Genomics Proteomics Bioinf. 2025, 23, qzaf072.

[61] CNCB-NGDC Members and Partners, Nucleic Acids Res. 2025, 53, D30.

RIGHTS & PERMISSIONS

2026 The Author(s). Interdisciplinary Medicine published by Wiley-VCH GmbH on behalf of Nanfang Hospital, Southern Medical University.