Inflammatory bowel disease and metabolic reprogramming: From pathological mechanisms to targeted interventions

Abstract

Inflammatory bowel disease (IBD) comprises Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis and arises from the convergence of genetic susceptibility, environmental exposures, immune dysregulation, and gut microbiome perturbations. Metabolic reprogramming has emerged as a central feature of IBD pathogenesis. Immune and epithelial cells in IBD show coordinated disturbances in glycolysis, fatty-acid metabolism, and oxidative phosphorylation, which shape macrophage and T-cell polarization and weaken epithelial barrier integrity. Microbiota-derived metabolites, including short-chain fatty acids (SCFAs), bile acids, and tryptophan derivatives, act as key immunometabolic signals, with SCFAs promoting regulatory programs and barrier repair, whereas disordered bile-acid pools and dysregulated receptor signaling can drive inflammation and disrupt the barrier. These insights motivate metabolic interventions that complement immunotherapy, including modulation of the microbiota, supplementation or engineered delivery of specific metabolites, and targeting of metabolic pathways (AMPK, mTOR) and receptors (FXR, TGR5, AhR). Early clinical studies indicate potential benefit in selected patient subsets, although effect sizes are variable, and translation remains limited by disease heterogeneity, context-dependent metabolite effects, suboptimal delivery to inflamed segments, and the absence of predictive biomarkers. This review synthesizes recent advances in IBD immunometabolism, integrates evidence across cells, pathways, and microbial metabolites, and outlines actionable opportunities for development, including patient stratification, target-engagement readouts, and rigorously designed trials with endpoints such as mucosal healing, corticosteroid-free remission, and relapse reduction.

Keywords

gut microbiome / immune cells / inflammatory bowel disease / metabolic reprogramming / targeted therapeutics

References

[1] H. Nie, P. Lin, Y. Zhang, Y. Wan, J. Li, C. Yin, L. Zhang, Nat. Comput. Sci. 2023, 3, 522.

[2] C. W. Chang, J. M. Wong, C. C. Tung, I. L. Shih, H. Y. Wang, S. C. Wei, Intest. Res. 2015, 13, 19.

[3] H. A. Lee, J. Y. Suk, S. Y. Choi, E. R. Kim, Y. H. Kim, C. K. Lee, K. C. Huh, K. M. Lee, D. I. Park, Gut Liver 2015, 9, 756.

[4] J. W. Lee, J. P. Im, J. H. Cheon, Y. S. Kim, J. S. Kim, D. S. Han, Intest. Res. 2015, 13, 213.

[5] D. C. Rubin, A. Shaker, M. S. Levin, Front. Immunol. 2012, 3, 107.

[6] G. C. Leitner, H. Vogelsang, World J. Gastrointest. Pharmacol. Ther. 2016, 7, 5.

[7] H. Hadji, K. Bouchemal, Adv. Drug Deliv. Rev. 2022, 181, 114101.

[8] M. Bilal, L. V. Nunes, M. T. S. Duarte, L. F. R. Ferreira, R. N. Soriano, H. M. N. Iqbal, Mar. Drugs 2021, 19, 196.

[9] A. Sinha, R. G. Vaggu, R. Swain, S. Patnaik, Curr. Microbiol. 2023, 80, 194.

[10] M. Cui, M. Zhang, K. Liu, Carbohydr. Polym. 2021, 272, 118530.

[11] R. Linares, R. Francés, A. Gutiérrez, O. Juanola, Front. Cell Dev. Biol. 2021, 9, 703310.

[12] D. R. Mack, Nutrients 2011, 3, 245.

[13] R. Ottria, O. Xynomilakis, S. Casati, E. Abbiati, G. Maconi, P. Ciuffreda, Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 12038.

[14] F. Chatzinasiou, D. Polymeros, M. Panagiotou, K. Theodoropoulos, D. Rigopoulos, Acta Dermatovenerol. Croat. 2016, 24, 83.

[15] C. Yang, D. Merlin, Int. J. Nanomed. 2019, 14, 8875.

[16] K. Marangoni, G. Dorneles, D. M. da Silva, L. P. Pinto, C. Rossoni, S. A. Fernandes, World J. Gastroenterol. 2023, 29, 5618.

[17] A. Rostami, K. White, K. Rostami, World J. Gastroenterol. 2024, 30, 3284.

[18] K. Tominaga, K. Kamimura, K. Takahashi, J. Yokoyama, S. Yamagiwa, S. Terai, World J. Gastroenterol. 2018, 24, 1734.

[19] S. J. Baek, S. H. Kim, C. K. Lee, K. H. Roh, B. Keum, C. H. Kim, J. Kim, Gut Liver 2014, 8, 170.

[20] C. M. Edwards, B. George, B. Warren, Histopathology 1999, 34, 1.

[21] Á. Rodríguez-Padilla, G. Morales-Martín, R. Pérez-Quintero, J. Gómez-Salgado, R. Rada-Morgades, C. Ruiz-Frutos, Biology 2021, 10, 303.

[22] A. Tremblay, Z. Bian, S. Niu, C. Culpepper, Y. Liu, J. Immunol. 2016, 196, 188.

[23] Y. Hu, Z. Chen, C. Xu, S. Kan, D. Chen, Nutrients 2022, 14, 5140.

[24] S. Nong, X. Han, Y. Xiang, Y. Qian, Y. Wei, T. Zhang, K. Tian, K. Shen, J. Yang, X. Ma, MedComm 2023, 4, 4.

[25] R. Para, F. Romero, G. George, R. Summer, Am. J. Med. Sci. 2019, 357, 394.

[26] F. Kawaka, AMB Express 2022, 12, 99.

[27] M. Hogg, E. M. Wolfschmitt, U. Wachter, F. Zink, P. Radermacher, J. A. Vogt, Metabolites 2023, 14, 24.

[28] L. M. Shecterle, K. R. Terry, J. A. St Cyr, Cureus 2018, 10, e2291.

[29] K. Ji, W. Wang, B. Zeng, S. Chen, Q. Zhao, Y. Chen, G. Li, T. Ma, Sci. Rep. 2016, 6, 21863.

[30] S. Ueda, Y. Kawamura, H. Iijima, M. Nakajima, T. Shirai, M. Okamoto, A. Kondo, M. Y. Hirai, T. Osanai, Sci. Rep. 2016, 6, 32354.

[31] G. Baffy, Z. Derdak, S. C. Robson, Br. J. Cancer 2011, 105, 469.

[32] W. Chen, H. Zhou, P. Saha, L. Li, L. Chan, Endocrinology 2014, 155, 4215.

[33] B. Bárcena, A. Salamanca, C. Pintado, L. Mazuecos, M. Villar, E. Moltó, E. Bonzón-Kulichenko, J. Vázquez, A. Andrés, N. Gallardo, Antioxidants 2021, 10, 1535.

[34] Q. Guan, J. Immunol. Res. 2019, 2019, 7247238.

[35] M. Coskun, Front. Med. 2014, 1, 24.

[36] K. L. Edelblum, J. R. Turner, Curr. Opin. Pharmacol. 2009, 9, 715.

[37] K. Saha, Y. Zhou, J. R. Turner, Curr. Opin. Gastroenterol. 2025, 41, 46.

[38] M. Vancamelbeke, T. Vanuytsel, R. Farré, S. Verstockt, M. Ferrante, G. Van Assche, P. Rutgeerts, F. Schuit, S. Vermeire, I. Arijs, I. Cleynen, Inflamm. Bowel Dis. 2017, 23, 1718.

[39] G. Barbara, M. R. Barbaro, D. Fuschi, M. Palombo, F. Falangone, C. Cremon, G. Marasco, V. Stanghellini, Front. Nutr. 2021, 8, 718356.

[40] J. Ge, M. Li, J. Yao, J. Guo, X. Li, G. Li, X. Han, Z. Li, M. Liu, J. Zhao, Phytomedicine 2024, 130, 155643.

[41] W. Wang, Y. Zhao, Z. Wang, C. Wang, L. Bi, Y. Wang, Front. Immunol. 2025, 16, 1537325.

[42] J. Zheng, A. A. Ahmad, C. Yang, Z. Liang, W. Shen, J. Liu, Z. Yan, J. Han, Y. Yang, P. Dong, X. Lan, G. H. Salekdeh, X. Ding, J. Agric. Food Chem. 2024.

[43] W. Yang, Y. Cong, Cell. Mol. Immunol. 2021, 18, 866.

[44] L. Liu, Y. Dong, M. Ye, S. Jin, J. Yang, M. E. Joosse, Y. Sun, J. Zhang, M. Lazarev, S. R. Brant, B. Safar, M. Marohn, E. Mezey, X. Li, J. Crohns Colitis 2017, 11, 737.

[45] J. Zhang, S. Fu, S. Sun, Z. Li, B. Guo, Mucosal Immunol. 2014, 7, 1139.

[46] M. Zareie, P. K. Singh, E. J. Irvine, P. M. Sherman, D. M. McKay, M. H. Perdue, Am. J. Pathol. 2001, 158, 1101.

[47] H. C. Reinecker, M. Steffen, T. Witthoeft, I. Pflueger, S. Schreiber, R. P. MacDermott, A. Raedler, Clin. Exp. Immunol. 1993, 94, 174.

[48] J. Rugtveit, P. Brandtzaeg, T. S. Halstensen, O. Fausa, H. Scott, Gut 1994, 35, 669.

[49] F. Wang, F. Zhou, J. Peng, H. Chen, J. Xie, C. Liu, H. Xiong, S. Chen, G. Xue, X. Zhou, Y. Xie, Redox Biol. 2024, 70, 103072.

[50] Y. Wang, T. Chu, C. Meng, Y. Bian, J. Li, Cell. Mol. Gastroenterol. Hepatol. 2025, 19, 101495.

[51] J. Xu, B. Zheng, C. Xie, Y. Zhao, H. Wu, Y. Wang, X. Guan, X. Lei, D. Liu, X. Lou, X. Chen, Y. Huang, Biochem. Pharmacol. 2024, 219, 115974.

[52] N. T. Funderburg, S. R. Stubblefield Park, H. C. Sung, G. Hardy, B. Clagett, J. Ignatz-Hoover, C. V. Harding, P. Fu, J. A. Katz, M. M. Lederman, A. D. Levine, Immunology 2013, 140, 87.

[53] V. Mitsialis, S. Wall, P. Liu, J. Ordovas-Montanes, T. Parmet, M. Vukovic, D. Spencer, M. Field, C. McCourt, J. Toothaker, A. Bousvaros, S. Ballal, S. Bonilla, R. Fawaz, L. N. Fishman, A. Flores, V. Fox, A. S. Grover, L. Higuchi, S. Huh, S. Kahn, C. Lee, M. Mobassaleh, J. Ouahed, R. G. Pleskow, B. Regan, P. A. Rufo, S. Sabharwal, J. Silverstein, M. Verhave, A. Wolf, L. Zimmerman, N. Zitomersky, J. R. Allegretti, P. De Silva, S. Friedman, M. Hamilton, J. Korzenik, F. Makrauer, B. A. Norton, R. W. Winter, A. K. Shalek, L. Kean, B. Horwitz, J. Goldsmith, G. Tseng, S. B. Snapper, L. Konnikova, Gastroenterology 2020, 159, 591.

[54] J. F. Vázquez-Castellanos, S. Serrano-Villar, A. Latorre, A. Artacho, M. L. Ferrús, N. Madrid, A. Vallejo, T. Sainz, J. Martínez-Botas, S. Ferrando-Martínez, M. Vera, F. Dronda, M. Leal, J. Del Romero, S. Moreno, V. Estrada, M. J. Gosalbes, A. Moya, Mucosal Immunol. 2015, 8, 760.

[55] E. Cassol, T. Rossouw, S. Malfeld, P. Mahasha, T. Slavik, C. Seebregts, R. Bond, J. du Plessis, C. Janssen, T. Roskams, F. Nevens, M. Alfano, G. Poli, S. W. van der Merwe, BMC Infect. Dis. 2015, 15, 430.

[56] N. Kamada, T. Hisamatsu, S. Okamoto, H. Chinen, T. Kobayashi, T. Sato, A. Sakuraba, M. T. Kitazume, A. Sugita, K. Koganei, K. S. Akagawa, T. Hibi, J. Clin. Invest. 2008, 118, 2269.

[57] K. Wolk, E. Witte, U. Hoffmann, W. D. Doecke, S. Endesfelder, K. Asadullah, W. Sterry, H. D. Volk, B. M. Wittig, R. Sabat, J. Immunol. 2007, 178, 5973.

[58] M. F. Neurath, Nat. Rev. Immunol. 2024, 24, 559.

[59] X. R. Xu, C. Q. Liu, B. S. Feng, Z. J. Liu, World J. Gastroenterol. 2014, 20, 3255.

[60] Y. Hu, Y. Yang, Y. Li, Q. Zhang, W. Zhang, J. Jia, Z. Han, J. Wang, Front. Immunol. 2025, 16, 1651063.

[61] L. Chen, G. Ruan, Y. Cheng, A. Yi, D. Chen, Y. Wei, Front. Immunol. 2022, 13, 1055914.

[62] N. A. Nagalingam, S. V. Lynch, Inflamm. Bowel Dis. 2012, 18, 968.

[63] M. Tong, X. Li, L. Wegener Parfrey, B. Roth, A. Ippoliti, B. Wei, J. Borneman, D. P. McGovern, D. N. Frank, E. Li, S. Horvath, R. Knight, J. Braun, PLoS One 2013, 8, e80702.

[64] R. H. Dahal, S. Kim, Y. K. Kim, E. S. Kim, J. Kim, Front. Microbiol. 2023, 14, 1174832.

[65] P. T. Santana, S. L. B. Rosas, B. E. Ribeiro, Y. Marinho, H. S. P. de Souza, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 3464.

[66] B. Lamas, M. L. Richard, V. Leducq, H. P. Pham, M. L. Michel, G. Da Costa, C. Bridonneau, S. Jegou, T. W. Hoffmann, J. M. Natividad, L. Brot, S. Taleb, A. Couturier-Maillard, I. Nion-Larmurier, F. Merabtene, P. Seksik, A. Bourrier, J. Cosnes, B. Ryffel, L. Beaugerie, J. M. Launay, P. Langella, R. J. Xavier, H. Sokol, Nat. Med. 2016, 22, 598.

[67] K. A. Dunleavy, L. E. Raffals, M. Camilleri, Dig. Dis. Sci. 2023, 68, 4306.

[68] C. Kong, M. Yang, N. Yue, Y. Zhang, C. Tian, D. Wei, R. Shi, J. Yao, L. Wang, D. Li, J. Inflamm. Res. 2024, 17, 5389.

[69] S. M. Hochrein, H. Wu, M. Eckstein, L. Arrigoni, J. S. Herman, F. Schumacher, C. Gerecke, M. Rosenfeldt, D. Grün, B. Kleuser, G. Gasteiger, W. Kastenmüller, B. Ghesquière, J. Van den Bossche, E. D. Abel, M. Vaeth, Cell Metab. 2022, 34, 516.

[70] K. Xu, N. Yin, M. Peng, E. G. Stamatiades, S. Chhangawala, A. Shyu, P. Li, X. Zhang, M. H. Do, K. J. Capistrano, C. Chou, C. S. Leslie, M. O. Li, Immunity 2021, 54, 976.

[71] A. Wang, H. H. Luan, R. Medzhitov, Science 2019, 363, eaar3932.

[72] S. Y. Lunt, M. G. Vander Heiden, Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2011, 27, 441.

[73] C. H. Chang, J. D. Curtis, L. B. Maggi ., B. Faubert, A. V. Villarino, D. O'Sullivan, S. C. Huang, G. J. van der Windt, J. Blagih, J. Qiu, J. Weber, E. Pearce, R. Jones, E. Pearce, Cell 2013, 153, 1239.

[74] R. Wang, D. R. Green, Nat. Immunol. 2012, 13, 907.

[75] W. Bailis, J. A. Shyer, J. Zhao, J. C. G. Canaveras, F. J. Al Khazal, R. Qu, H. R. Steach, P. Bielecki, O. Khan, R. Jackson, Y. Kluger, L. J. Maher III, J. Rabinowitz, J. Craft, R. A. Flavell, Nature 2019, 571, 403.

[76] S. K. Vodnala, R. Eil, R. J. Kishton, M. Sukumar, T. N. Yamamoto, N. H. Ha, P. H. Lee, M. Shin, S. J. Patel, Z. Yu, D. C. Palmer, M. J. Kruhlak, X. Liu, J. W. Locasale, J. Huang, R. Roychoudhuri, T. Finkel, C. A. Klebanoff, N. P. Restifo, Science 2019, 363, eaau0135.

[77] K. Xu, N. Yin, M. Peng, E. G. Stamatiades, A. Shyu, P. Li, X. Zhang, M. H. Do, Z. Wang, K. J. Capistrano, C. Chou, A. G. Levine, A. Y. Rudensky, Science 2021, 371, 405.

[78] J. Saravia, J. L. Raynor, N. M. Chapman, S. A. Lim, H. Chi, Cell Res. 2020, 30, 328.

[79] A. Vidyarthi, N. Khan, T. Agnihotri, S. Negi, D. K. Das, M. Aqdas, D. Chatterjee, O. R. Colegio, M. K. Tewari, J. N. Agrewala, Front. Immunol. 2018, 9, 1650.

[80] L. T. Vogelpoel, I. S. Hansen, T. Rispens, F. J. Muller, T. M. van Capel, M. C. Turina, J. B. Vos, D. L. Baeten, M. L. Kapsenberg, E. C. de Jong, J. den Dunnen, Nat. Commun. 2014, 5, 5444.

[81] D. Kim, G. Kim, R. Yu, J. Lee, S. Kim, M. R. Gleason, K. Qiu, E. Montauti, L. L. Wang, D. Fang, J. Choi, N. S. Chandel, S. Weinberg, B. Min, Immunity 2024, 57, 2634.

[82] Y. Liu, D. T. Zhang, X. G. Liu, Int. Rev. Immunol. 2015, 34, 50.

[83] R. Loewith, E. Jacinto, S. Wullschleger, A. Lorberg, J. L. Crespo, D. Bonenfant, W. Oppliger, P. Jenoe, M. N. Hall, Mol. Cell 2002, 10, 457.

[84] C. T. Taylor, G. Doherty, P. G. Fallon, E. P. Cummins, J. Clin. Invest. 2016, 126, 3716.

[85] M. Higashiyama, R. Hokari, H. Hozumi, C. Kurihara, T. Ueda, C. Watanabe, K. Tomita, M. Nakamura, S. Komoto, Y. Okada, A. Kawaguchi, S. Nagao, M. Suematsu, N. Goda, S. Miura, J. Leukocyte Biol. 2012, 91, 901.

[86] J. Sanchez-Garrido, A. R. Shenoy, Autophagy 2021, 17, 1571.

[87] B. Xiao, M. J. Sanders, E. Underwood, R. Heath, F. V. Mayer, D. Carmena, C. Jing, P. A. Walker, J. F. Eccleston, L. F. Haire, P. Saiu, S. A. Howell, R. Aasland, S. R. Martin, D. Carling, S. J. Gamblin, Nature 2011, 472, 230.

[88] D. M. Gwinn, D. B. Shackelford, D. F. Egan, M. M. Mihaylova, A. Mery, D. S. Vasquez, B. E. Turk, R. J. Shaw, Mol. Cell 2008, 30, 214.

[89] R. J. Shaw, N. Bardeesy, B. D. Manning, L. Lopez, M. Kosmatka, R. A. DePinho, L. C. Cantley, Cancer Cell 2004, 6, 91.

[90] X. Sun, M. J. Zhu, Open Biol. 2017, 7, 170104.

[91] E. H. Ma, M. C. Poffenberger, A. H. Wong, R. G. Jones, Curr. Opin. Immunol. 2017, 46, 45.

[92] Q. Zhao, L. W. Duck, F. Huang, K. L. Alexander, C. L. Maynard, P. J. Mannon, C. O. Elson, Sci. Immunol. 2020, 5, eabc6373.

[93] V. Khare, K. Dammann, M. Asboth, A. Krnjic, M. Jambrich, C. Gasche, Inflamm. Bowel Dis. 2015, 21, 287.

[94] X. Lin, Q. Sun, L. Zhou, M. He, X. Dong, M. Lai, M. Liu, Y. Su, C. Jia, Z. Han, S. Liu, H. Zheng, Y. Jiang, H. Ling, J. Chen, Z. Zou, X. Bai, Mucosal Immunol. 2018, 11, 1663.

[95] A. F. McGettrick, L. A. O'Neill, J. Biol. Chem. 2013, 288, 22893.

[96] S. Banskota, H. Wang, Y. H. Kwon, J. Gautam, P. Gurung, S. Haq, F. M. N. Hassan, D. M. Bowdish, J. A. Kim, D. Carling, M. D. Fullerton, G. R. Steinberg, W. I. Khan, Inflamm. Bowel Dis. 2021, 27, 914.

[97] C. Speirs, J. J. L. Williams, K. Riches, I. P. Salt, T. M. Palmer, Pharmacol. Res. 2018, 128, 88.

[98] L. C. S. De Vries, J. M. Duarte, M. De Krijger, O. Welting, P. H. P. Van Hamersveld, F. W. M. Van Leeuwen-Hilbers, P. D. Moerland, A. Jongejan, G. R. D'Haens, W. J. De Jonge, M. E. Wildenberg, Inflamm. Bowel Dis. 2019, 25, 647.

[99] F. Cordes, E. Lenker, L. J. Spille, T. Weinhage, D. Bettenworth, C. Kessel, H. H. Schmidt, D. Foell, G. Varga, Inflamm. Bowel Dis. 2020, 26, 391.

[100] B. Stecher, Microbiol. Spectrum 2015, 3, 3.3.12.

[101] L. C. Yu, J. Biomed. Sci. 2018, 25, 79.

[102] S. Ahlawat, P. Kumar, H. Mohan, S. Goyal, K. K. Sharma, Crit. Rev. Microbiol. 2021, 47, 254.

[103] A. Lavelle, H. Sokol, Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2020, 17, 223.

[104] A. Nishida, R. Inoue, O. Inatomi, S. Bamba, Y. Naito, A. Andoh, Clin. J. Gastroenterol. 2018, 11, 1.

[105] S. Fernández-Tomé, L. Ortega Moreno, M. Chaparro, J. P. Gisbert, Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 10224.

[106] J. Chen, J. Huang, J. Shi, M. Li, E. Zhao, G. Li, X. Chen, T. Wang, Q. Li, W. Li, J. Ma, W. Mao, R. Fang, J. Hao, W. Huang, A. P. Xiang, X. Zhang, Cell Proliferation 2023, 56, e13363.

[107] C. K. Hyun, Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 9139.

[108] D. Bernardo, A. C. Marin, S. Fernández-Tomé, A. Montalban-Arques, A. Carrasco, E. Tristán, L. Ortega-Moreno, I. Mora-Gutiérrez, A. Díaz-Guerra, R. Caminero-Fernández, P. Miranda, F. Casals, M. Caldas, M. Jiménez, S. Casabona, F. De la Morena, M. Esteve, C. Santander, M. Chaparro, J. P. Gisbert, Mucosal Immunol. 2018, 11, 1114.

[109] S. Dharmasiri, E. M. Garrido-Martin, R. J. Harris, A. C. Bateman, J. E. Collins, J. R. F. Cummings, T. Sanchez-Elsner, Inflamm. Bowel Dis. 2021, 27, 1641.

[110] F. M. Bloemendaal, P. J. Koelink, K. A. van Schie, T. Rispens, C. P. Peters, C. J. Buskens, J. D. van der Bilt, W. A. Bemelman, H. Korf, J. G. Sabino, C. Y. Ponsioen, A. A. te Velde, G. R. A. M. D’Haens, S. Vermeire, G. R. van den Brink, M. E. Wildenberg, J. Crohns Colitis 2018, 12, 1122.

[111] N. Nazareth, F. Magro, J. Silva, M. Duro, D. Gracio, R. Coelho, R. Appelberg, G. Macedo, A. Sarmento, Clin. Exp. Immunol. 2014, 177, 703.

[112] A. C. Vos, M. E. Wildenberg, I. Arijs, M. Duijvestein, A. P. Verhaar, G. de Hertogh, S. Vermeire, P. Rutgeerts, G. R. van den Brink, D. W. Hommes, Inflamm. Bowel Dis. 2012, 18, 401.

[113] C. Peng, Z. Feng, L. Ou, Y. Zou, S. Sang, H. Liu, W. Zhu, G. Gan, G. Zhang, M. Yao, J. Funct. Foods 2023, 107, 105626.

[114] H. Zhang, X. Wang, J. Zhang, Y. He, X. Yang, Y. Nie, L. Sun, J. Transl. Int. Med. 2023, 11, 382.

[115] R. Orihuela, C. A. McPherson, G. J. Harry, Br. J. Pharmacol. 2016, 173, 649.

[116] Y. Wei, J. Chen, G. E. Cai, W. Lu, W. Xu, R. Wang, Y. Lin, C. Yang, Inflammation 2021, 44, 129.

[117] L. A. Muir, K. W. Cho, L. M. Geletka, N. A. Baker, C. G. Flesher, A. P. Ehlers, N. Kaciroti, S. Lindsly, S. Ronquist, I. Rajapakse, R. W. O’Rourke, C. N. Lumeng, JCI Insight 2022, 7, e146563.

[118] J. Lee, Arch Pharm. Res. 2013, 36, 208.

[119] S. Liu, H. Zhang, Y. Li, Y. Zhang, Y. Bian, Y. Zeng, X. Yao, J. Wan, X. Chen, J. Li, Z. Wang, Z. Qin, J. Immunother. Cancer 2021, 9, e002548.

[120] V. D. Dahik, E. Frisdal, W. Le Goff, Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 5505.

[121] T. Okada, E. Muto, T. Yamanaka, H. Uchino, M. Inazu, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23, 8924.

[122] J. Zhang, Y. Xu, X. Han, Y. Gao, Z. Wei, X. Sun, Cancer Genet. 2025, 298–299, 141.

[123] Y. Furusawa, Y. Obata, S. Fukuda, T. A. Endo, G. Nakato, D. Takahashi, Y. Nakanishi, C. Uetake, K. Kato, T. Kato, M. Takahashi, N. N. Fukuda, S. Murakami, E. Miyauchi, S. Hino, K. Atarashi, S. Onawa, Y. Fujimura, T. Lockett, J. M. Clarke, D. L. Topping, M. Tomita, S. Hori, O. Ohara, T. Morita, H. Koseki, J. Kikuchi, K. Honda, K. Hase, H. Ohno, Nature 2013, 504, 446.

[124] G. M. Tannahill, A. M. Curtis, J. Adamik, E. M. Palsson-McDermott, A. F. McGettrick, G. Goel, C. Frezza, N. J. Bernard, B. Kelly, N. H. Foley, L. Zheng, A. Gardet, Z. Tong, S. S. Jany, S. C. Corr, M. Haneklaus, B. E. Caffrey, K. Pierce, S. Walmsley, F. C. Beasley, E. Cummins, V. Nizet, M. Whyte, C. T. Taylor, H. Lin, S. L. Masters, E. Gottlieb, V. P. Kelly, C. Clish, P. E. Auron, R. J. Xavier, L. A. J. O’Neill, Nature 2013, 496, 238.

[125] E. M. Palsson-McDermott, A. M. Curtis, G. Goel, M. A. Lauterbach, F. J. Sheedy, L. E. Gleeson, M. W. van den Bosch, S. R. Quinn, R. Domingo-Fernandez, D. G. Johnston, J. k. Jiang, W. Israelsen, J. Keane, C. Thomas, C. Clish, M. Vander Heiden, R. Xavier, L. O’Neill, Cell Metab. 2015, 21, 65.

[126] A. K. Jha, S. C. Huang, A. Sergushichev, V. Lampropoulou, Y. Ivanova, E. Loginicheva, K. Chmielewski, K. M. Stewart, J. Ashall, B. Everts, E. Pearce, E. Driggers, M. Artyomov, Immunity 2015, 42, 419.

[127] D. P. De Souza, A. Achuthan, M. K. Lee, K. J. Binger, M. C. Lee, S. Davidson, D. L. Tull, M. J. McConville, A. D. Cook, A. J. Murphy, J. A. Hamilton, A. J. Fleetwood, J. Clin. Invest. 2019, 129, 4239.

[128] T. Cordes, M. Wallace, A. Michelucci, A. S. Divakaruni, S. C. Sapcariu, C. Sousa, H. Koseki, P. Cabrales, A. N. Murphy, K. Hiller, C. M. Metallo, J. Biol. Chem. 2016, 291, 14274.

[129] V. Infantino, V. Iacobazzi, A. Menga, M. L. Avantaggiati, F. Palmieri, Biochim. Biophys. Acta 2014, 1839, 1217.

[130] J. D. Bailey, M. Diotallevi, T. Nicol, E. McNeill, A. Shaw, S. Chuaiphichai, A. Hale, A. Starr, M. Nandi, E. Stylianou, H. McShane, S. Davis, R. Fischer, B. M. Kessler, J. McCullagh, K. M. Channon, M. J. Crabtree, Cell Rep. 2019, 28, 218.

[131] Y. Li, Y. C. Li, X. T. Liu, L. Zhang, Y. H. Chen, Q. Zhao, W. Gao, B. Liu, H. Yang, P. Li, Cell Rep. 2022, 38, 110391.

[132] M. Bambouskova, L. Gorvel, V. Lampropoulou, A. Sergushichev, E. Loginicheva, K. Johnson, D. Korenfeld, M. E. Mathyer, H. Kim, L. H. Huang, D. Duncan, H. Bregman, A. Keskin, A. Santeford, R. S. Apte, R. Sehgal, B. Johnson, G. K. Amarasinghe, M. P. Soares, T. Satoh, S. Akira, T. Hai, C. de Guzman Strong, K. Auclair, T. P. Roddy, S. A. Biller, M. Jovanovic, E. Klechevsky, K. M. Stewart, G. J. Randolph, M. N. Artyomov, Nature 2018, 556, 501.

[133] E. L. Mills, D. G. Ryan, H. A. Prag, D. Dikovskaya, D. Menon, Z. Zaslona, M. P. Jedrychowski, A. S. H. Costa, M. Higgins, E. Hams, J. Szpyt, M. C. Runtsch, M. S. King, J. F. McGouran, R. Fischer, B. M. Kessler, A. F. McGettrick, M. M. Hughes, R. G. Carroll, L. M. Booty, E. V. Knatko, P. J. Meakin, M. L. J. Ashford, L. K. Modis, G. Brunori, D. C. Sévin, P. G. Fallon, S. T. Caldwell, E. R. S. Kunji, E. T. Chouchani, C. Frezza, A. T. Dinkova-Kostova, R. C. Hartley, M. P. Murphy, L. A. O’Neill, Nature 2018, 556, 113.

[134] X. H. Yu, D. W. Zhang, X. L. Zheng, C. K. Tang, Immunol. Cell Biol. 2019, 97, 134.

[135] Q. Wang, X. L. Li, Y. Mei, J. C. Ye, W. Fan, G. H. Cheng, M. S. Zeng, G. K. Feng, J. Mol. Med. 2020, 98, 1457.

[136] W. Yang, Y. Wang, T. Wang, C. Li, L. Shi, P. Zhang, Y. Yin, K. Tao, R. Li, Genes Dis. 2023, 10, 1552.

[137] V. Lampropoulou, A. Sergushichev, M. Bambouskova, S. Nair, E. E. Vincent, E. Loginicheva, L. Cervantes-Barragan, X. Ma, S. C. Huang, T. Griss, C. Weinheimer, S. Khader, G. Randolph, E. Pearce, R. Jones, A. Diwan, M. Diamond, M. Artyomov, Cell Metab. 2016, 24, 158.

[138] E. L. Mills, B. Kelly, A. Logan, A. S. H. Costa, M. Varma, C. E. Bryant, P. Tourlomousis, J. H. M. Däbritz, E. Gottlieb, I. Latorre, S. C. Corr, G. McManus, D. Ryan, H. T. Jacobs, M. Szibor, R. J. Xavier, T. Braun, C. Frezza, M. P. Murphy, L. A. O’Neill, Cell 2016, 167, 457.

[139] L. Tretter, A. Patocs, C. Chinopoulos, Biochim. Biophys. Acta 2016, 1857, 1086.

[140] T. Rubic, G. Lametschwandtner, S. Jost, S. Hinteregger, J. Kund, N. Carballido-Perrig, C. Schwärzler, T. Junt, H. Voshol, J. G. Meingassner, X. Mao, G. Werner, A. Rot, Nat. Immunol. 2008, 9, 1261.

[141] A. Littlewood-Evans, S. Sarret, V. Apfel, P. Loesle, J. Dawson, J. Zhang, A. Muller, B. Tigani, R. Kneuer, S. Patel, S. Valeaux, N. Gommermann, T. Rubic-Schneider, T. Junt, J. M. Carballido, J. Exp. Med. 2016, 213, 1655.

[142] D. C. Macias-Ceja, D. Ortiz-Masiá, P. Salvador, L. Gisbert-Ferrándiz, C. Hernández, M. Hausmann, G. Rogler, J. V. Esplugues, J. Hinojosa, R. Alós, F. Navarro, J. Cosin-Roger, S. Calatayud, M. D. Barrachina, Mucosal Immunol. 2019, 12, 178.

[143] L. Spiga, M. G. Winter, T. Furtado de Carvalho, W. Zhu, E. R. Hughes, C. C. Gillis, C. L. Behrendt, J. Kim, D. Chessa, H. L. Andrews-Polymenis, D. P. Beiting, R. L. Santos, L. V. Hooper, S. E. Winter, Cell Host Microbe 2017, 22, 291.

[144] M. M. Curtis, Z. Hu, C. Klimko, S. Narayanan, R. Deberardinis, V. Sperandio, Cell Host Microbe 2014, 16, 759.

[145] C. Bauset, L. Lis-Lopez, S. Coll, L. Gisbert-Ferrándiz, D. C. Macias-Ceja, M. Seco-Cervera, F. Navarro, J. V. Esplugues, S. Calatayud, D. Ortiz-Masia, M. D. Barrachina, J. Cosín-Roger, Biomedicines 2022, 10, 532.

[146] M. Fremder, S. W. Kim, A. Khamaysi, L. Shimshilashvili, H. Eini-Rider, I. S. Park, U. Hadad, J. H. Cheon, E. Ohana, Cell Rep. 2021, 36, 109521.

[147] M. R. Tom, J. Li, A. Ueno, M. Fort Gasia, R. Chan, D. Y. Hung, S. Chenoo, M. Iacucci, H. B. Jijon, G. G. Kaplan, P. L. Beck, R. Panaccione, H. W. Barkema, A. G. Buret, V. Yajnik, S. Ghosh, Inflamm. Bowel Dis. 2016, 22, 1596.

[148] M. L. Chen, M. S. Sundrud, Inflamm. Bowel Dis. 2016, 22, 1157.

[149] C. Smids, C. S. Horjus Talabur Horje, J. Drylewicz, B. Roosenboom, M. J. M. Groenen, E. van Koolwijk, E. G. van Lochem, P. J. Wahab, J. Crohns Colitis 2018, 12, 465.

[150] A. Noble, L. Durant, L. Hoyles, A. L. McCartney, R. Man, J. Segal, S. P. Costello, P. Hendy, D. Reddi, S. Bouri, D. N. F. Lim, T. Pring, M. J. O’Connor, P. Datt, A. Wilson, N. Arebi, A. Akbar, A. L. Hart, S. R. Carding, S. C. Knight, J. Crohns Colitis 2020, 14, 525.

[151] R. Casalegno Garduño, J. Däbritz, Front. Immunol. 2021, 12, 738762.

[152] B. Ahluwalia, L. Moraes, M. K. Magnusson, L. Öhman, Scand. J. Gastroenterol. 2018, 53, 379.

[153] N. Yosef, A. K. Shalek, J. T. Gaublomme, H. Jin, Y. Lee, A. Awasthi, C. Wu, K. Karwacz, S. Xiao, M. Jorgolli, D. Gennert, R. Satija, A. Shakya, D. Y. Lu, J. J. Trombetta, M. R. Pillai, P. J. Ratcliffe, M. L. Coleman, M. Bix, D. Tantin, H. Park, V. K. Kuchroo, A. Regev, Nature 2013, 496, 461.

[154] K. Ichiyama, A. Gonzalez-Martin, B. S. Kim, H. Y. Jin, W. Jin, W. Xu, M. Sabouri-Ghomi, S. Xu, P. Zheng, C. Xiao, C. Dong, Immunity 2016, 44, 1284.

[155] X. Wu, J. Tian, S. Wang, Front. Immunol. 2018, 9, 1112.

[156] A. Wagner, C. Wang, J. Fessler, D. DeTomaso, J. Avila-Pacheco, J. Kaminski, S. Zaghouani, E. Christian, P. Thakore, B. Schellhaass, E. Akama-Garren, K. Pierce, V. Singh, N. Ron-Harel, V. P. Douglas, L. Bod, A. Schnell, D. Puleston, R. A. Sobel, M. Haigis, E. L. Pearce, M. Soleimani, C. Clish, A. Regev, V. K. Kuchroo, N. Yosef, Cell 2021, 184, 4168.

[157] J. T. Gaublomme, N. Yosef, Y. Lee, R. S. Gertner, L. V. Yang, C. Wu, P. P. Pandolfi, T. Mak, R. Satija, A. K. Shalek, V. Kuchroo, H. Park, A. Regev, Cell 2015, 163, 1400.

[158] R. I. K. Geltink, R. L. Kyle, E. L. Pearce, Annu. Rev. Immunol. 2018, 36, 461.

[159] C. Pagnini, T. T. Pizarro, F. Cominelli, Front. Pharmacol. 2019, 10, 671.

[160] E. M. Pålsson-McDermott, L. A. J. O'Neill, Cell Res. 2020, 30, 300.

[161] A. Pemmari, T. Leppänen, M. Hämäläinen, T. Moilanen, E. Moilanen, Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 9463.

[162] C. K. Prajeeth, J. Kronisch, R. Khorooshi, B. Knier, H. Toft-Hansen, V. Gudi, S. Floess, J. Huehn, T. Owens, T. Korn, M. Stangel, J. Neuroinflammation 2017, 14, 204.

[163] P. I. Thakore, A. Schnell, L. Huang, M. Zhao, Y. Hou, E. Christian, S. Zaghouani, C. Wang, V. Singh, A. Singaraju, R. K. Krishnan, D. Kozoriz, S. Ma, V. Sankar, S. Notarbartolo, J. D. Buenrostro, F. Sallusto, N. A. Patsopoulos, O. Rozenblatt-Rosen, V. K. Kuchroo, A. Regev, Nat. Immunol. 2022, 25, 1395.

[164] B. R. Yoon, S. J. Yoo, Y. Choi, Y. H. Chung, J. Kim, I. S. Yoo, S. W. Kang, W. W. Lee, PLoS One 2014, 9, e109775.

[165] Y. Li, S. Gao, S. Shi, D. Xiao, S. Peng, Y. Gao, Y. Zhu, Y. Lin, Nano-Micro Lett. 2021, 13, 86.

[166] D. Martínez-Méndez, L. Huerta, C. Villarreal, Front. Immunol. 2022, 13, 962175.

[167] F. Biasi, G. Leonarduzzi, P. I. Oteiza, G. Poli, Antioxidants Redox Signal. 2013, 19, 1711.

[168] T. Vezza, Z. Abad-Jiménez, M. Marti-Cabrera, M. Rocha, V. M. Víctor, Antioxidants 2020, 9, 848.

[169] G. D. Pimentel, T. O. Micheletti, F. Pace, J. C. Rosa, R. V. Santos, F. S. Lira, Nutr. J. 2012, 11, 22.

[170] H. Kang, R. M. Thomas, J. Clin. Med. 2021, 10, 3578.

[171] Y. Xu, X. Kong, Y. Zhu, J. Xu, H. Mao, J. Li, J. Zhang, X. Zhu, Front. Microbiol. 2022, 13, 985283.

[172] S. F. Assimakopoulos, S. Bhagani, I. Aggeletopoulou, E. P. Tsounis, E. A. Tsochatzis, Infection 2024, 52, 723.

[173] P. D. Cani, R. Bibiloni, C. Knauf, A. Waget, A. M. Neyrinck, N. M. Delzenne, R. Burcelin, Diabetes 2008, 57, 1470.

[174] Y. Wang, Y. An, W. Ma, H. Yu, Y. Lu, X. Zhang, Y. Wang, W. Liu, T. Wang, R. Xiao, J. Neuroinflammation 2020, 17, 199.

[175] Y. Yu, W. Yang, Y. Li, Y. Cong, Inflamm. Bowel Dis. 2020, 26, 11.

[176] N. Iyer, S. C. Corr, Nutrients 2021, 13, 4259.

[177] J. Lloyd-Price, C. Arze, A. N. Ananthakrishnan, M. Schirmer, J. Avila-Pacheco, T. W. Poon, E. Andrews, N. J. Ajami, K. S. Bonham, C. J. Brislawn, D. Casero, H. Courtney, A. Gonzalez, T. G. Graeber, A. B. Hall, K. Lake, C. J. Landers, H. Mallick, D. R. Plichta, M. Prasad, G. Rahnavard, J. Sauk, D. Shungin, Y. Vázquez-Baeza, R. A. White III, J. Bishai, K. Bullock, A. Deik, C. Dennis, J. L. Kaplan, H. Khalili, L. J. McIver, C. J. Moran, L. Nguyen, K. A. Pierce, R. Schwager, A. Sirota-Madi, B. W. Stevens, W. Tan, J. J. ten Hoeve, G. Weingart, R. G. Wilson, V. Yajnik, J. Braun, L. A. Denson, J. K. Jansson, R. Knight, S. Kugathasan, D. P. B. McGovern, J. F. Petrosino, T. S. Stappenbeck, H. S. Winter, C. B. Clish, E. A. Franzosa, H. Vlamakis, R. J. Xavier, C. Huttenhower, Nature 2019, 569, 655.

[178] E. A. Franzosa, A. Sirota-Madi, J. Avila-Pacheco, N. Fornelos, H. J. Haiser, S. Reinker, T. Vatanen, A. B. Hall, H. Mallick, L. J. McIver, J. S. Sauk, R. G. Wilson, B. W. Stevens, J. M. Scott, K. Pierce, A. A. Deik, K. Bullock, F. Imhann, J. A. Porter, A. Zhernakova, J. Fu, R. K. Weersma, C. Wijmenga, C. B. Clish, H. Vlamakis, C. Huttenhower, R. J. Xavier, Nat. Microbiol. 2019, 4, 293.

[179] A. Swidsinski, A. Ladhoff, A. Pernthaler, S. Swidsinski, V. Loening-Baucke, M. Ortner, J. Weber, U. Hoffmann, S. Schreiber, M. Dietel, H. Lochs, Gastroenterology 2002, 122, 44.

[180] A. Swidsinski, J. Weber, V. Loening-Baucke, L. P. Hale, H. Lochs, J. Clin. Microbiol. 2005, 43, 3380.

[181] M. Li, L. Yang, C. Mu, Y. Sun, Y. Gu, D. Chen, T. Liu, H. Cao, Comput. Struct. Biotechnol. J. 2022, 20, 2402.

[182] A. H. Keshteli, K. L. Madsen, R. Mandal, G. E. Boeckxstaens, P. Bercik, G. De Palma, D. E. Reed, D. Wishart, S. Vanner, L. A. Dieleman, Aliment. Pharmacol. Ther. 2019, 49, 723.

[183] M. Ala, Int. Rev. Immunol. 2022, 41, 326.

[184] M. Solvay, P. Holfelder, S. Klaessens, L. Pilotte, V. Stroobant, J. Lamy, S. Naulaerts, Q. Spillier, R. Frédérick, E. De Plaen, C. Sers, C. A. Opitz, B. J. Van den Eynde, J. Zhu, J. Immunother. Cancer 2023, 11, e006728.

[185] H. Miao, S. J. Zhang, X. Wu, P. Li, Y. Y. Zhao, Int. J. Biol. Sci. 2025, 21, 4374.

[186] M. A. Ciorba, Curr. Opin. Gastroenterol. 2013, 29, 146.

[187] X. Hua, Y. Chen, S. Ding, J. Fang, Microbiol. Res. 2025, 300, 128280.

[188] A. D. Khwairakpam, K. Banik, S. Girisa, B. Shabnam, M. Shakibaei, L. Fan, F. Arfuso, J. Monisha, H. Wang, X. Mao, G. Sethi, A. B. Kunnumakkara, J. Mol. Med. 2020, 98, 71.

[189] A. Schulz-Kuhnt, K. Rühle, A. Javidmehr, M. Döbrönti, J. Biwank, S. Knittel, P. Neidlinger, J. Leupold, L. J. Liu, M. Dedden, R. V. Taudte, A. Gessner, M. F. Fromm, D. Mielenz, L. Kreiss, M. J. Waldner, S. Schürmann, O. Friedrich, B. Dietel, R. López-Posadas, C. Plattner, TRR241 IBDome Consortium, S. Zundler, C. Becker, R. Atreya, M. F. Neurath, I. Atreya, Gut 2024, 73, 601.

[190] M. Dominguez, B. Brüne, D. Namgaladze, Front. Immunol. 2021, 12, 632526.

[191] J. Xiao, X. Guo, Z. Wang, Front. Immunol. 2024, 15, 1385907.

[192] J. H. Cummings, E. W. Pomare, W. J. Branch, C. P. Naylor, G. T. Macfarlane, Gut 1987, 28, 1221.

[193] P. Louis, H. J. Flint, FEMS Microbiol. Lett. 2009, 294, 1.

[194] M. Li, B. van Esch, G. T. M. Wagenaar, J. Garssen, G. Folkerts, P. A. J. Henricks, Eur. J. Pharmacol. 2018, 831, 52.

[195] J. Schulthess, S. Pandey, M. Capitani, K. C. Rue-Albrecht, I. Arnold, F. Franchini, A. Chomka, N. E. Ilott, D. G. W. Johnston, E. Pires, J. McCullagh, S. N. Sansom, C. V. Arancibia-Cárcamo, H. H. Uhlig, F. Powrie, Immunity 2019, 50, 432.

[196] R. He, Z. He, T. Zhang, B. Liu, M. Gao, N. Li, Q. Geng, Cell Proliferation 2025, 58, e13731.

[197] N. A. Scott, A. Andrusaite, P. Andersen, M. Lawson, C. Alcon-Giner, C. Leclaire, S. Caim, G. Le Gall, T. Shaw, J. P. R. Connolly, A. J. Roe, H. Wessel, A. Bravo-Blas, C. A. Thomson, V. Kästele, P. Wang, D. A. Peterson, A. Bancroft, X. Li, R. Grencis, A. M. Mowat, L. J. Hall, M. A. Travis, S. W. F. Milling, E. R. Mann, Sci. Transl. Med. 2018, 10, eaao4755.

[198] D. Parada Venegas, M. K. De la Fuente, G. Landskron, M. J. González, R. Quera, G. Dijkstra, H. J. M. Harmsen, K. N. Faber, M. A. Hermoso, Front. Immunol. 2019, 10, 277.

[199] J. Zhang, H. Zhang, M. Liu, Y. Lan, H. Sun, K. Mai, M. Wan, Front. Immunol. 2020, 11, 615536.

[200] N. Arpaia, C. Campbell, X. Fan, S. Dikiy, J. van der Veeken, P. deRoos, H. Liu, J. R. Cross, K. Pfeffer, P. J. Coffer, A. Y. Rudensky, Nature 2013, 504, 451.

[201] M. Trapecar, C. Communal, J. Velazquez, C. A. Maass, Y. J. Huang, K. Schneider, C. W. Wright, V. Butty, G. Eng, O. Yilmaz, D. Trumper, L. G. Griffith, Cell Syst. 2020, 10, 223.

[202] A. Trompette, E. S. Gollwitzer, C. Pattaroni, I. C. Lopez-Mejia, E. Riva, J. Pernot, N. Ubags, L. Fajas, L. P. Nicod, B. J. Marsland, Immunity 2018, 48, 992.

[203] D. A. McBride, N. C. Dorn, M. Yao, W. T. Johnson, W. Wang, N. Bottini, N. J. Shah, Drug Delivery Transl. Res. 2023, 13, 1912.

[204] A. Bachem, C. Makhlouf, K. J. Binger, D. P. de Souza, D. Tull, K. Hochheiser, P. G. Whitney, D. Fernandez-Ruiz, S. Dähling, W. Kastenmüller, J. Jönsson, E. Gressier, A. M. Lew, C. Perdomo, A. Kupz, W. Figgett, F. Mackay, M. Oleshansky, B. E. Russ, I. A. Parish, A. Kallies, M. J. McConville, S. J. Turner, T. Gebhardt, S. Bedoui, Immunity 2019, 51, 285.

[205] Y. He, L. Fu, Y. Li, W. Wang, M. Gong, J. Zhang, X. Dong, J. Huang, Q. Wang, C. R. Mackay, Y. Chen, X. Guo, Cell Metab. 2021, 33, 988.

[206] D. D. Zhang, Z. X. Huang, X. C. Liu, X. P. Ding, L. Li, Y. He, Q. Ai, L. Q. Li, L. Bao, Pediatr. Res. 2025, 97, 128.

[207] M. G. Machado, T. A. Patente, Y. Rouillé, S. Heumel, E. M. Melo, L. Deruyter, B. Pourcet, V. Sencio, M. M. Teixeira, F. Trottein, Front. Immunol. 2022, 13, 773261.

[208] K. Yang, S. Shrestha, H. Zeng, P. W. Karmaus, G. Neale, P. Vogel, D. A. Guertin, R. F. Lamb, H. Chi, Immunity 2013, 39, 1043.

[209] M.L. Balmer, E. H. Ma, G. R. Bantug, J. Grählert, S. Pfister, T. Glatter, A. Jauch, S. Dimeloe, E. Slack, P. Dehio, M. Krzyzaniak, C. King, A. V. Burgener, M. Fischer, L. Develioglu, R. Belle, M. Recher, W. Bonilla, A. Macpherson, S. Hapfelmeier, R. Jones, C. Hess, Immunity 2016, 44, 1312.

[210] M. L. Balmer, E. H. Ma, A. J. Thompson, R. Epple, G. Unterstab, J. Lötscher, P. Dehio, C. M. Schürch, J. D. Warncke, G. Perrin, A. K. Woischnig, J. Grählert, J. Löliger, N. Assmann, G. R. Bantug, O. P. Schären, N. Khanna, A. Egli, L. Bubendorf, K. Rentsch, S. Hapfelmeier, R. G. Jones, C. Hess, Cell Metab. 2020, 32, 457.

[211] P. M. Smith, M. R. Howitt, N. Panikov, M. Michaud, C. A. Gallini, Y. M. Bohlooly, J. N. Glickman, W. S. Garrett, Science 2013, 341, 569.

[212] L. Dupraz, A. Magniez, N. Rolhion, M. L. Richard, G. Da Costa, S. Touch, C. Mayeur, J. Planchais, A. Agus, C. Danne, C. Michaudel, M. Spatz, F. Trottein, P. Langella, H. Sokol, M. L. Michel, Cell Rep. 2021, 36, 109332.

[213] M. Luu, S. Pautz, V. Kohl, R. Singh, R. Romero, S. Lucas, J. Hofmann, H. Raifer, N. Vachharajani, L. C. Carrascosa, B. Lamp, A. Nist, T. Stiewe, Y. Shaul, T. Adhikary, M. M. Zaiss, M. Lauth, U. Steinhoff, A. Visekruna, Nat. Commun. 2019, 10, 760.

[214] P. Louis, H. J. Flint, Environ. Microbiol. 2017, 19, 29.

[215] K. Machiels, M. Joossens, J. Sabino, V. De Preter, I. Arijs, V. Eeckhaut, V. Ballet, K. Claes, F. Van Immerseel, K. Verbeke, M. Ferrante, J. Verhaegen, P. Rutgeerts, S. Vermeire, Gut 2014, 63, 1275.

[216] V. De Preter, I. Arijs, K. Windey, W. Vanhove, S. Vermeire, F. Schuit, P. Rutgeerts, K. Verbeke, Inflamm. Bowel Dis. 2012, 18, 1127.

[217] H. Sokol, B. Pigneur, L. Watterlot, O. Lakhdari, L. G. Bermúdez-Humarán, J. J. Gratadoux, S. Blugeon, C. Bridonneau, J. P. Furet, G. Corthier, C. Grangette, N. Vasquez, P. Pochart, G. Trugnan, G. Thomas, H. M. Blottière, J. Doré, P. Marteau, P. Seksik, P. Langella, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 16731.

[218] A. E. Kalkan, M. N. BinMowyna, A. Raposo, M. F. Ahmad, F. Ahmed, A. Y. Otayf, C. Carrascosa, A. Saraiva, S. Karav, Nutrients 2025, 17, 1305.

[219] K. M. Alula, A. S. Dowdell, B. LeBere, J. S. Lee, C. L. Levens, K. A. Kuhn, B. A. Kaipparettu, W. E. Thompson, R. S. Blumberg, S. P. Colgan, A. L. Theiss, Microbiome 2023, 11, 256.

[220] S. A. Hamed, A. Mohan, S. Navaneetha Krishnan, A. Wang, M. Drikic, N. L. Prince, I. A. Lewis, J. Shearer, V. Keita Å, J. D. Söderholm, T. E. Shutt, D. M. McKay, Gut Microbes 2023, 15, 2281011.

[221] R. Thibault, F. Blachier, B. Darcy-Vrillon, P. de Coppet, A. Bourreille, J. P. Segain, Inflamm. Bowel Dis. 2010, 16, 684.

[222] X. Gong, H. Geng, Y. Yang, S. Zhang, Z. He, Y. Fan, F. Yin, Z. Zhang, G. Q. Chen, Metab. Eng. 2023, 80, 94.

[223] E. C. Deehan, C. Yang, M. E. Perez-Muñoz, N. K. Nguyen, C. C. Cheng, L. Triador, Z. Zhang, J. A. Bakal, J. Walter, Cell Host Microbe 2020, 27, 389.

[224] P. Vernia, G. Monteleone, G. Grandinetti, G. Villotti, E. Di Giulio, G. Frieri, A. Marcheggiano, F. Pallone, R. Caprilli, A. Torsoli, Dig. Dis. Sci. 2000, 45, 976.

[225] M. Jamka, M. Kokot, N. Kaczmarek, S. Bermagambetova, J. K. Nowak, J. Walkowiak, Complementary Med. Res. 2021, 28, 344.

[226] M. M. Anwar, A. A. Boseila, A. A. Mabrouk, A. A. Abdelkhalek, A. Amin, Antioxidants 2024, 13, 1205.

[227] S. Sun, X. Xu, L. Liang, X. Wang, X. Bai, L. Zhu, Q. He, H. Liang, X. Xin, L. Wang, C. Lou, X. Cao, X. Chen, B. Li, B. Wang, J. Zhao, Front. Immunol. 2021, 12, 777665.

[228] M. Wang, Z. Fan, D. Chen, B. Yu, J. He, J. Yu, X. Mao, Z. Huang, Y. Luo, J. Luo, H. Yan, P. Zheng, Biomed. Pharmacother. 2023, 158, 114148.

[229] Y. Li, B. Huang, H. Yang, S. Kan, Y. Yao, X. Liu, S. Pu, G. He, T. M. Khan, G. Qi, Z. Zhou, W. Shu, M. Chen, Sci. Rep. 2020, 10, 9868.

[230] N. Richard, G. Savoye, M. Leboutte, A. Amamou, S. Ghosh, R. Marion-Letellier, World J. Gastroenterol. 2023, 29, 3222.

[231] M. F. Laursen, M. Sakanaka, N. von Burg, U. Mörbe, D. Andersen, J. M. Moll, C. T. Pekmez, A. Rivollier, K. F. Michaelsen, C. Mølgaard, M. V. Lind, L. O. Dragsted, T. Katayama, H. L. Frandsen, A. M. Vinggaard, M. I. Bahl, S. Brix, W. Agace, T. R. Licht, H. M. Roager, Nat. Microbiol. 2021, 6, 1367.

[232] X. Li, B. Zhang, Y. Hu, Y. Zhao, Front. Pharmacol. 2021, 12, 769501.

[233] N. V. Wieser, M. Ghiboub, C. Verseijden, J. B. van Goudoever, A. Schoonderwoerd, T. G. J. de Meij, H. J. Niemarkt, M. Davids, A. Lefèvre, P. Emond, J. P. M. Derikx, W. J. de Jonge, B. Sovran, Nutrients 2024, 16, 1531.

[234] H. C. Zhou, W. W. Yu, X. Y. Yan, X. Q. Liang, X. F. Ma, J. P. Long, X. Y. Du, H. Y. Mao, H. B. Liu, Front. Immunol. 2022, 13, 1013686.

[235] M. Zúñiga, V. Monedero, M. J. Yebra, Front. Microbiol. 2018, 9, 1917.

[236] Q. Deng, L. Zhang, X. Liu, L. Kang, J. Yi, J. Ren, X. Qu, Chem. Sci. 2023, 14, 1598.

[237] E. Mileti, G. Matteoli, I. D. Iliev, M. Rescigno, PLoS One 2009, 4, e7056.

[238] Y. Fang, C. Yan, Q. Zhao, J. Xu, Z. Liu, J. Gao, H. Zhu, Z. Dai, D. Wang, D. Tang, Bioengineered 2021, 12, 720.

[239] I. D. Iliev, A. N. Ananthakrishnan, C. J. Guo, Nat. Rev. Microbiol. 2025, 23, 509.

[240] M. C. Mentella, F. Scaldaferri, M. Pizzoferrato, A. Gasbarrini, G. A. D. Miggiano, Nutrients 2020, 12, 944.

[241] K. Aleksandrova, B. Romero-Mosquera, V. Hernandez, Nutrients 2017, 9, 962.

[242] W. Lai, Z. Huang, S. Li, X. G. Li, D. Luo, Int. Immunopharmacol. 2023, 117, 109840.

[243] L. M. Chen, C. H. Bao, Y. Wu, S. H. Liang, D. Wang, L. Y. Wu, Y. Huang, H. R. Liu, H. G. Wu, J. Neuroinflammation 2021, 18, 135.

[244] C. Michaudel, C. Danne, A. Agus, A. Magniez, A. Aucouturier, M. Spatz, A. Lefevre, J. Kirchgesner, N. Rolhion, Y. Wang, A. Lavelle, C. Galbert, G. Da Costa, M. Poirier, A. Lapière, J. Planchais, P. Nádvorník, P. Illes, C. Oeuvray, L. Creusot, M. L. Michel, N. Benech, A. Bourrier, I. Nion-Larmurier, C. Landman, M. L. Richard, P. Emond, P. Seksik, L. Beaugerie, R. R. Arguello, D. Moulin, S. Mani, Z. Dvorák, L. G. Bermúdez-Humarán, P. Langella, H. Sokol, Gut 2023, 72, 1296.

[245] I. Monteleone, A. Rizzo, M. Sarra, G. Sica, P. Sileri, L. Biancone, T. T. MacDonald, F. Pallone, G. Monteleone, Gastroenterology 2011, 141, 237.

[246] Y. Ma, Q. Wang, K. Yu, X. Fan, W. Xiao, Y. Cai, P. Xu, M. Yu, H. Yang, Chem. Biol. Interact. 2018, 288, 83.

[247] A. Agus, J. Planchais, H. Sokol, Cell Host Microbe 2018, 23, 716.

[248] M. Sun, N. Ma, T. He, L. J. Johnston, X. Ma, Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2020, 60, 1760.

[249] L. Jin, L. Shi, W. Huang, Med. Rev. 2024, 4, 154.

[250] H. Duboc, S. Rajca, D. Rainteau, D. Benarous, M. A. Maubert, E. Quervain, G. Thomas, V. Barbu, L. Humbert, G. Despras, C. Bridonneau, F. Dumetz, J. P. Grill, J. Masliah, L. Beaugerie, J. Cosnes, O. Chazouillères, R. Poupon, C. Wolf, J. M. Mallet, P. Langella, G. Trugnan, H. Sokol, P. Seksik, Gut 2013, 62, 531.

[251] M. Yang, Y. Gu, L. Li, T. Liu, X. Song, Y. Sun, X. Cao, B. Wang, K. Jiang, H. Cao, Nutrients 2021, 13, 3143.

[252] S. Hang, D. Paik, L. Yao, E. Kim, J. Trinath, J. Lu, S. Ha, B. N. Nelson, S. P. Kelly, L. Wu, Y. Zheng, R. S. Longman, F. Rastinejad, A. S. Devlin, M. R. Krout, M. A. Fischbach, D. R. Littman, J. R. Huh, Nature 2019, 576, 143.

[253] M. Makishima, T. T. Lu, W. Xie, G. K. Whitfield, H. Domoto, R. M. Evans, M. R. Haussler, D. J. Mangelsdorf, Science 2002, 296, 1313.

[254] K. Yoneno, T. Hisamatsu, K. Shimamura, N. Kamada, R. Ichikawa, M. T. Kitazume, M. Mori, M. Uo, Y. Namikawa, K. Matsuoka, T. Sato, K. Koganei, A. Sugita, T. Kanai, Immunology 2013, 139, 19.

[255] J. Cheng, Y. M. Shah, F. J. Gonzalez, Trends Pharmacol. Sci. 2012, 33, 323.

[256] Y. M. Shah, X. Ma, K. Morimura, I. Kim, F. J. Gonzalez, Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2007, 292, G1114.

[257] M. Zhou, D. Wang, X. Li, Y. Cao, C. Yi, D. K. Wiredu Ocansey, Y. Zhou, F. Mao, Front. Pharmacol. 2022, 13, 1016836.

[258] M. Biagioli, C. Di Giorgio, C. Massa, S. Marchianò, R. Bellini, M. Bordoni, G. Urbani, R. Roselli, G. Lachi, E. Morretta, F. D. Piaz, B. Charlier, B. Fiorillo, B. Catalanotti, L. Cari, G. Nocentini, P. Ricci, E. Distrutti, C. Festa, V. Sepe, A. Zampella, M. C. Monti, S. Fiorucci, Biomed. Pharmacother. 2024, 181, 117731.

[259] L. Chen, Z. Ye, J. Li, L. Wang, Y. Chen, M. Yu, J. Han, J. Huang, D. Li, Y. Lv, K. Xiong, D. Tian, J. Liao, U. Seidler, F. Xiao, J. Transl. Med. 2025, 23, 55.

[260] C. Di Giorgio, G. Urbani, S. Marchianò, M. Biagioli, M. Bordoni, R. Bellini, C. Massa, G. Lachi, L. Cari, E. Morretta, L. Spinelli, M. C. Monti, V. Sepe, A. Zampella, E. Distrutti, J. M. Banales, A. Lapitz, P. Milkiewicz, M. Milkiewicz, S. Fiorucci, Liver Int. 2025, 45, e16235.

[261] S. Fiorucci, A. Carino, M. Baldoni, L. Santucci, E. Costanzi, L. Graziosi, E. Distrutti, M. Biagioli, Dig. Dis. Sci. 2021, 66, 674.

[262] L. Shi, L. Jin, W. Huang, Cells 2023, 12, 1888.

[263] J. Cai, L. Sun, F. J. Gonzalez, Cell Host Microbe 2022, 30, 289.

[264] S. Dong, M. Zhu, K. Wang, X. Zhao, L. Hu, W. Jing, H. Lu, S. Wang, Pharmacol. Res. 2021, 171, 105767.

[265] Z. Cai, S. Wang, J. Li, Front. Med. 2021, 8, 765474.

[266] M. E. Kuenzig, E. I. Benchimol, L. Lee, L. E. Targownik, H. Singh, G. G. Kaplan, C. N. Bernstein, A. Bitton, G. C. Nguyen, K. Lee, J. Cooke-Lauder, S. K. Murthy, J. Can Assoc. Gastroenterol. 2019, 2, S17.

[267] S. Y. Na, W. Moon, Gut Liver 2019, 13, 604.

[268] I. Curkovic, M. Egbring, G. A. Kullak-Ublick, Dig. Dis. 2013, 31, 368.

[269] A. I. Sharara, Dig. Dis. 2016, 34, 125.

[270] M. Kumar, S. Murugesan, N. Ibrahim, M. Elawad, S. Al Khodor, J. Transl. Med. 2024, 22, 284.

[271] D. Bajzát, A. F. Kéri, M. Imrei, T. Kói, A. Párniczky, P. Hegyi, K. Kovács, S. Váncsa, K. E. Müller, Inflamm. Bowel Dis. 2023, 29, 1971.

[272] L. Shi, D. Song, C. Meng, Y. Cheng, B. Wang, Z. Yang, Giant 2024, 18, 100251.

[273] W. Fu, S. Sun, Y. Cheng, J. Ma, Y. Hu, Z. Yang, H. Yao, Z. Zhang, Chem. Eng. J. 2024, 495, 153640.

[274] Z. Yang, J. Ma, J. Han, A. Li, G. Liu, Y. Sun, J. Zheng, J. Zhang, G. Chen, R. Xu, L. Sun, C. Meng, J. Gao, Z. Bai, W. Deng, C. Zhang, J. Su, H. Yao, Z. Zhang, Med 2024, 5, 1293.

[275] J. Kikut, N. Konecka, M. Ziętek, D. Kulpa, M. Szczuko, Eur. J. Nutr. 2021, 60, 2275.

[276] X. Zhang, Y. Tong, X. Lyu, J. Wang, Y. Wang, R. Yang, Front. Microbiol. 2020, 11, 622354.

[277] I. Bjarnason, G. Sission, B. Hayee, Inflammopharmacology 2019, 27, 465.

[278] L. M. Agraib, M. I. Yamani, R. Tayyem, A. T. Abu-Sneineh, Y. M. Rayyan, Clin. Nutr. ESPEN 2022, 51, 83.

[279] A. Martyniak, A. Medyńska-Przęczek, A. Wędrychowicz, S. Skoczeń, P. J. Tomasik, Biomolecules 2021, 11, 1903.

[280] S. Roy, S. Dhaneshwar, World J. Gastroenterol. 2023, 29, 2078.

[281] J. Baier, M. Gänsbauer, C. Giessler, H. Arnold, M. Muske, U. Schleicher, S. Lukassen, A. Ekici, M. Rauh, C. Daniel, A. Hartmann, B. Schmid, P. Tripal, K. Dettmer, P. J. Oefner, R. Atreya, S. Wirtz, C. Bogdan, J. Mattner, J Clin. Invest. 2020, 130, 5703.

[282] S. Li, K. Xu, Y. Cheng, L. Chen, A. Yi, Z. Xiao, X. Zhao, M. Chen, Y. Tian, W. Meng, Z. Tang, S. Zhou, G. Ruan, Y. Wei, Front. Microbiol. 2023, 14, 1188455.

[283] X. Wang, J. Peng, P. Cai, Y. Xia, C. Yi, A. Shang, F. A. Akanyibah, F. Mao, Biomed. Pharmacother. 2024, 179, 117302.

[284] M. Nagayama, L. Gogokhia, R. S. Longman, Gut Microbes 2025, 17, 2489067.

[285] D. Firoozi, S. J. Masoumi, S. Mohammad-Kazem Hosseini Asl, A. Labbe, I. Razeghian-Jahromi, M. Fararouei, K. B. Lankarani, M. Dara, Lipids Health Dis. 2024, 23, 216.

[286] J. P. Thomas, D. Modos, S. M. Rushbrook, N. Powell, T. Korcsmaros, Front. Immunol. 2022, 13, 829525.

[287] J. E. Eaton, M. G. Silveira, D. S. Pardi, E. Sinakos, K. V. Kowdley, V. A. Luketic, M. E. Harrison, T. McCashland, A. S. Befeler, D. Harnois, R. Jorgensen, J. Petz, K. D. Lindor, Am. J. Gastroenterol. 2011, 106, 1638.

[288] Y. Xia, L. Zhang, D. K. W. Ocansey, Q. Tu, F. Mao, X. Sheng, Front. Endocrinol. 2023, 14, 1242991.

[289] Z. Zhou, L. G. Plug, T. A. Patente, E. S. M. de Jonge-Muller, A. A. Elmagd, A. E. van der Meulen-de Jong, B. Everts, M. C. Barnhoorn, L. Hawinkels, Front. Immunol. 2022, 13, 966067.

[290] S. Weber-Stiehl, J. Taubenheim, L. Järke, C. Röcken, S. Schreiber, K. Aden, C. Kaleta, P. Rosenstiel, F. Sommer, BMC Med. 2024, 22, 490.

[291] S. Hasan, N. Ghani, X. Zhao, J. Good, C. J. Liu, Genes Dis. 2025, 12, 101571.

[292] N. Tian, L. Hu, Y. Lu, L. Tong, M. Feng, Q. Liu, Y. Li, Y. Zhu, L. Wu, Y. Ji, P. Zhang, T. Xu, X. Tong, Cell Death Dis. 2021, 12, 853.

[293] M. Manchanda, M. Torres, F. Inuossa, R. Bansal, R. Kumar, M. Hunt, C. E. Wheelock, E. Bachar-Wikstrom, J. D. Wikstrom, J. Invest. Dermatol. 2023, 143, 2039.

[294] Z. Shen, W. Huang, J. Liu, J. Tian, S. Wang, K. Rui, Front. Immunol. 2021, 12, 749192.

[295] D. K. W. Ocansey, L. Zhang, Y. Wang, Y. Yan, H. Qian, X. Zhang, W. Xu, F. Mao, Biol. Rev. Cambridge Philos. Soc. 2020, 95, 1287.

[296] K. K. Ayyar, A. C. Moss, Front. Pharmacol. 2021, 12, 658505.

[297] G. Ntampakis, M. G. Pramateftakis, O. Ioannidis, S. Bitsianis, P. Christidis, S. Symeonidis, G. Koliakos, M. Karakota, C. Bekiari, A. Tsakona, A. Cheva, S. Aggelopoulos, J. Clin. Med. 2023, 12, 6336.

[298] F. Mao, Y. Wu, X. Tang, J. Kang, B. Zhang, Y. Yan, H. Qian, X. Zhang, W. Xu, Biomed. Res. Int. 2017, 2017, 5356760.

[299] X. Cai, Z. Y. Zhang, J. T. Yuan, D. K. W. Ocansey, Q. Tu, X. Zhang, H. Qian, W. R. Xu, W. Qiu, F. Mao, Stem Cell Res. Ther. 2021, 12, 416.

[300] P. Pal, K. Pooja, Z. Nabi, R. Gupta, M. Tandan, G. V. Rao, N. Reddy, Indian J. Gastroenterol. 2024, 43, 172.

[301] G. E. Tontini, A. Rimondi, M. Vernero, H. Neumann, M. Vecchi, C. Bezzio, F. Cavallaro, Therap Adv. Gastroenterol. 2021, 14, 17562848211017730.

[302] R. Atreya, M. F. Neurath, Clin. Gastroenterol. Hepatol. 2024, 22, 1353.

[303] S. Deleu, K. Machiels, J. Raes, K. Verbeke, S. Vermeire, EBioMedicine 2021, 66, 103293.

[304] J. Liu, X. Chen, A. Wang, D. Su, Anal. Chim. Acta 2024, 1332, 343372.

[305] W. Wang, Y. Wu, Y. Wang, R. Wang, C. Deng, L. Yi, L. Wang, M. He, W. Zhou, Y. Xie, Q. Jin, Y. Chen, T. Gao, L. Zhang, M. Xie, Adv. Healthcare Mater. 2023, 12, e2202420.

[306] C. L. Zavaleta, E. Garai, J. T. Liu, S. Sensarn, M. J. Mandella, D. Van de Sompel, S. Friedland, J. Van Dam, C. H. Contag, S. S. Gambhir, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, E2288.

[307] C. Fiocchi, Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 14912.

[308] J. W. J. Lee, D. Plichta, L. Hogstrom, N. Z. Borren, H. Lau, S. M. Gregory, W. Tan, H. Khalili, C. Clish, H. Vlamakis, R. J. Xavier, A. N. Ananthakrishnan, Cell Host Microbe 2021, 29, 1294.

[309] N. Mishra, K. Aden, J. I. Blase, N. Baran, D. Bordoni, F. Tran, C. Conrad, D. Avalos, C. Jaeckel, M. Scherer, S. B. Sørensen, S. H. Overgaard, B. Schulte, S. Nikolaus, G. Rey, G. Gasparoni, P. A. Lyons, J. L. Schultze, J. Walter, V. Andersen, A. Banos, G. Bertsias, M. Beyer, D. Boumpas, A. Finckh, A. Franke, M. Georges, W. Gu, R. Häsler, M. Jawhara, A. Kenyon, C. Kratsch, R. Krause, G. Lauc, M. Mangino, G. Natoli, M. Ostaszewski, M. Pezer, J. Raes, S. Rahmouni, M. Ramos-Pamplona, B. Reiz, E. Rosati, D. Sanoudou, V. Satagopam, R. Schneider, J. Schulte-Schrepping, P. Sidiropoulos, K. G. C. Smith, T. Spector, D. Vandeputte, S. Vieira-Silva, A. Vojta, S. Warnat-Herresthal, V. Zoldoš, E. T. Dermitzakis, S. Schreiber, P. Rosenstiel, Genome Med. 2022, 14, 110.

[310] C. Sauceda, C. Bayne, K. Sudqi, A. Gonzalez, P. S. Dulai, R. Knight, D. J. Gonzalez, C. G. Gonzalez, Gut Microbes 2022, 14, 2154092.

[311] S. Honap, V. Jairath, S. Danese, L. Peyrin-Biroulet, Nat. Rev. Drug Discovery 2024, 23, 546.

[312] F. Giron, A. Pastó, E. Tasciotti, B. P. Abraham, Inflamm. Bowel Dis. 2019, 25, 1871.

[313] A. Viscido, A. Capannolo, G. Latella, R. Caprilli, G. Frieri, J. Crohns Colitis 2014, 8, 903.

[314] Q. Lu, M. F. Yang, Y. J. Liang, J. Xu, H. M. Xu, Y. Q. Nie, L. S. Wang, J. Yao, D. F. Li, J. Inflamm. Res. 2022, 15, 1825.

[315] E. Bretto, D. G. Ribaldone, G. P. Caviglia, G. M. Saracco, E. Bugianesi, S. Frara, Biomedicines 2023, 11, 2249.

[316] C. Verhaeghe, M. Talikka, A. Sewer, N. Sierro, M. Auberson, D. Peric, D. Bornand, R. Dulize, E. Guedj, P. Nef, S. P. Tabruyn, J. Hoeng, M. C. Peitsch, G. Lo Sasso, Int. J. Mol. Sci. 2023, 24, 6419.

[317] Q. Hou, J. Huang, H. Ayansola, H. Masatoshi, B. Zhang, Front. Immunol. 2020, 11, 623691.

[318] J. I. Lake, R. O. Heuckeroth, Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2013, 305, G1.

[319] M. Rao, M. D. Gershon, Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2016, 13, 517.

[320] K. A. Sharkey, G. M. Mawe, Physiol. Rev. 2023, 103, 1487.

[321] R. P. Singh, A. Shadan, Y. Ma, Probiotics Antimicrob. Proteins 2022, 14, 1184.

[322] A. Hertati, S. Hayashi, H. Ogata, K. Miyata, R. Kato, T. Yamamoto, M. Kadowaki, Heliyon 2020, 6, e05647.

[323] S. A. Najjar, L. Y. Hung, K. G. Margolis, Compr. Physiol. 2023, 13, 4851.

[324] A. Bosi, D. Banfi, M. Bistoletti, C. Giaroni, A. Baj, Int. J. Tryptophan Res. 2020, 13, 1178646920928984.

[325] F. Rieder, P. K. Mukherjee, W. J. Massey, Y. Wang, C. Fiocchi, Gut 2024, 73, 854.

[326] X. Li, S. Hu, X. Shen, R. Zhang, C. Liu, L. Xiao, J. Lin, L. Huang, W. He, X. Wang, Q. Zheng, L. Wu, C. Sun, Z. Peng, M. Chen, Z. Li, R. Feng, Y. Zhu, Y. Wang, Z. Li, R. Mao, S. T. Feng, EMBO Mol. Med. 2024, 16, 2427.

[327] X. Pan, Q. Zhu, L. L. Pan, J. Sun, Pharmacol. Ther. 2022, 238, 108176.

[328] S. Duan, X. Lou, S. Chen, H. Jiang, D. Chen, R. Yin, M. Li, Y. Gou, W. Zhao, L. Sun, F. Qian, Acta Pharm. Sin. B 2023, 13, 4785.

[329] J. Henderson, L. Duffy, R. Stratton, D. Ford, S. O'Reilly, J. Cell Mol. Med. 2020, 24, 14026.

[330] F. Yasmin, H. Najeeb, S. Shaikh, M. Hasanain, U. Naeem, A. Moeed, T. Koritala, S. Hasan, S. Surani, World J. Gastroenterol. 2022, 28, 1922.

[331] Z. Yang, L. Shi, Y. Wang, D. Zhou, C. Zhang, Y. Lin, Small 2025, 21, e2410162.

[332] T. Mkilima, Microb. Pathog. 2025, 207, 107931.

[333] Z. Zhao, D. Wang, Y. Li, Med. Rev. 2023, 3, 123.

[334] K. F. Kiilerich, T. Andresen, B. Darbani, L. H. K. Gregersen, A. Liljensøe, T. B. Bennike, R. Holm, J. B. Moeller, V. Andersen, Int. J. Mol. Sci. 2025, 26, 575.

[335] W. Yang, P. Lin, R. Gao, Z. Fang, Z. Wang, Z. Ma, J. Shi, W. Yu, Mater. Today Bio 2024, 29, 101332.

[336] Z. Yang, H. Chen, P. Yang, X. Shen, Y. Hu, Y. Cheng, H. Yao, Z. Zhang, Biomaterials 2022, 282, 121401.

[337] Y. Q. Wu, Z. P. Zou, Y. Zhou, B. C. Ye, Appl. Microbiol. Biotechnol. 2024, 108, 333.

[338] X. Yan, X. Y. Liu, D. Zhang, Y. D. Zhang, Z. H. Li, X. Liu, F. Wu, G. Q. Chen, Cell. Mol. Immunol. 2021, 18, 2344.

[339] R. Gazzi, R. Gelli, S. Aleandri, M. Carone, P. Luciani, WIREs Nanomed. Nanobiotechnol. 2024, 16, e1986.

[340] A. Ahmad, M. Imran, N. Sharma, Pharmaceutics 2022, 14, 2463.

[341] J. Pang, Q. Yu, Y. Chen, H. Yuan, M. Sheng, W. Tang, J. Transl. Med. 2022, 20, 531.

[342] Q. Sang, L. Yang, H. Zhao, L. Zhao, R. Xu, H. Liu, C. Ding, Y. Qin, Y. Zhao, BMC Women's Health 2024, 24, 429.

RIGHTS & PERMISSIONS

2026 The Author(s). Interdisciplinary Medicine published by Wiley-VCH GmbH on behalf of Nanfang Hospital, Southern Medical University.