Please wait a minute...

Frontiers of Agricultural Science and Engineering

Front. Agr. Sci. Eng.    2017, Vol. 4 Issue (3) : 305-318     https://doi.org/10.15302/J-FASE-2017154
REVIEW |
Genomics and genetic breeding in aquatic animals: progress and prospects
Wenteng XU1,2, Songlin CHEN1,2()
1. Key Lab for Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China
2. Laboratory for Marine Fisheries Science and Food Production Processes, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao 266237, China
Download: PDF(320 KB)   HTML
Export: BibTeX | EndNote | Reference Manager | ProCite | RefWorks
Abstract

Genomics focuses on dissection of genome structure and function to provide a molecular basis for understanding the genetic background. In a pivotal step, the expense of whole genome sequencing has been largely eliminated by the rapid updating of sequencing technology, leading to increasing numbers of decoded genomes of aquatic organisms, driving the aquaculture industry into the genomic era. Multiple aquatic areas have been influenced by these findings, such as accelerated generation shift in the seed industry and the process of breeding improved lines. In this article, we have summarized the latest domestic and international progress of aquatic animals in nine aspects, including WGS and fine mapping, construction of high density genetic/physical maps, trait-related marker/genes screening, as well as sex control, genome editing, and other molecular breeding technologies. Finally, the existing problems in this field have been discussed and five future counter measures have been proposed accordingly.

Keywords aquaculture      genomics      genetic breeding      progress     
Corresponding Authors: Songlin CHEN   
Just Accepted Date: 07 April 2017   Online First Date: 11 May 2017    Issue Date: 12 September 2017
 Cite this article:   
Wenteng XU,Songlin CHEN. Genomics and genetic breeding in aquatic animals: progress and prospects[J]. Front. Agr. Sci. Eng. , 2017, 4(3): 305-318.
 URL:  
http://journal.hep.com.cn/fase/EN/10.15302/J-FASE-2017154
http://journal.hep.com.cn/fase/EN/Y2017/V4/I3/305
Service
E-mail this article
E-mail Alert
RSS
Articles by authors
Wenteng XU
Songlin CHEN
Common nameScientific nameGenome sizeContigN50ScaffoldN50Reference
Fugu rubripesTakifugu rubripes380 Mbn/an/a[1]
Puffer fishTetraodon nigroviridis340 Mb16 kb984 kb[12]
MedakaOryzias latipes700 Mb9.8 kb1.41 Mb[13]
Atlantic codGadus morhua830 Mb2.8 kb688 kb[2]
Channel catfishIctalurus punctatus783 Mb77.2 kb7.7 Mb[14]
Pacific oysterCrassostrea gigas559 Mb19.4 kb401 kb[7]
Pearl oysterPinctada fucata1.15 Gb1.6 kb14.5 kb[15]
Threespine sticklebackGasterosteus aculeatus463 Mb83.2 kb10.8 Mb[3]
LampreyPetromyzon marinus816 Mb174 kbn/a[16]
ZebrafishDanio rerio1.4 Gbn/a1.55 Mb[4]
African coelacanthLatimeria chalumnae2.86 Gb12.7 kb924 kb[17]
Pacific bluefin tunaThunnus orientalis800 Mb7.5 kb136 kb[18]
PlatyfishXiphophorus maculatus750–950 Mb22 kb1.1 Mb[19]
Soft-shell turtlePelodiscus sinensis2.21 Gb21.9 kb3.3 Mb[20]
Elephant sharkCallorhinchus milii937 Mb46.6 kb4.5 Mb[21]
Antarctic bullhead notothenNotothenia coriiceps637 Mb11.6 kb219 kb[22]
Half-smooth tongue soleCynoglossus semilaevis477 Mb26.5 kb867 kb[8]
Four representative
mudskippers
Scartelaos histophorus806 Mb8.4 kb14.3 kb[23]
Boleophthalmus pectinirostris983 Mb20.2 kb2.31 Mb
Periophthalmodon schlosseri780 Mb16.8 kb39.1 kb
Periophthalmus magnuspinnatus739 Mb27.6 kb288.5 kb
Common carpCyprinus carpio1.53 Gb68.4 kb1 Mb[9]
Large yellow croakerLarimichthys crocea644 Mb25.7 kb498.7 kb[10]
Larimichthys crocea679 Mb63.11 kb1.03 Mb[24]
Tawny pufferTakifugu flavidus390 Mb2.8 kb305.7 kb[25]
Grass carpCtenopharyngodon idellus (female)900 Mb40.8 kb6.46 Mb[11]
Ctenopharyngodon idellus (male)1.07 Gb18.25 kb2.28 Mb
KillfishNothobranchius furzeri1.24 Gbn/a494 kb[26]
Silver pomfretPampus argenteus550 Mb499 bp1.58 kb[27]
Spotted garLepisosteus oculatus945 Mb68.3 kb6.9 Mb[28]
Atlantic salmonSalmo salar2.97 Gb57.6 kb2.97 Mb[6]
Tab.1  Reported genomes of aquatic animals by de novo sequencing
Common nameMaker typeNo. of markersMap size/cMLinkage groups (No.)Average interval/cMReference
Half-smooth tongue soleSSR10241667.3211.7[31]
Half-smooth tongue soleSNP12142n/a210.326[8]
Japanese flounderSSR8411733.8242.22[29]
Japanese flounderSNP133623497.29240.47[30]
Common carpSSR7323278504.48[32]
Channel catfishSNP543423505.4290.22[33]
Rainbow troutSSR
SNP
22262900291.3[34]
Large yellow croakerSSR2891430.8245.4[40]
Large yellow croakerSNP101505451.3240.54[39]
Silver carpSSR7031561.1242.2[41]
Bighead carpSSR6591917.3242.9[42]
orange-spotted grouperSNP46081581.7240.34[43]
TurbotSSR4381402.7243.7[35]
TurbotSNP66472262.09220.395[36]
European sea bassSNP67064816240.72[44]
Red drumSSR4861815.3243.96[45]
Bay scallopSSR161849165.9[46]
Zhikong scallopn/a38061543190.41[47]
Pacific white shrimpSNP61464271.43440.7[48]
Tab.2  Reported high-density genetic linkage maps of aquatic animals
Common nameScientific nameNo. of BACsNo. of BACs for assemblyNo. of contigsNo. of clones per contigAverage size of contig/kbReference
MedakaOryzias latipes6451241882n/an/an/a[56]
Threespine sticklebackGasterosteus aculeatus1021787121183978.4n/a[58]
TilapiaOreochromis niloticus407043524536219389.9[59]
Atlantic salmonSalmo salar200640185938435434592[51]
Channel catfishIctalurus punctatus404163458033079.25292[52]
Rainbow troutOncorhynchus mykiss192096154439417334.75482[57]
Asian seabassLates calcarifer3820835265286511232[50]
Common carpCyprinus carpio8908872158369618.26476[54]
Half-smooth tongue soleCynoglossus semilaevis3357530294148520537[55]
Zhikong scallopChlamys farreri6364137046369610490[60]
Tab.3  Physical maps of aquatic animals
1 Aparicio S, Chapman J, Stupka E, Putnam N, Chia J M, Dehal P, Christoffels A, Rash S, Hoon S, Smit A, Gelpke M D, Roach J, Oh T, Ho I Y, Wong M, Detter C, Verhoef F, Predki P, Tay A, Lucas S, Richardson P, Smith S F, Clark M S, Edwards Y J, Doggett N, Zharkikh A, Tavtigian S V, Pruss D, Barnstead M, Evans C, Baden H, Powell J, Glusman G, Rowen L, Hood L, Tan Y H, Elgar G, Hawkins T, Venkatesh B, Rokhsar D, Brenner S. Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes. Science, 2002, 297(5585): 1301–1310
https://doi.org/10.1126/science.1072104 pmid: 12142439
2 Star B, Nederbragt A J, Jentoft S, Grimholt U, Malmstrøm M, Gregers T F, Rounge T B, Paulsen J, Solbakken M H, Sharma A, Wetten O F, Lanzén A, Winer R, Knight J, Vogel J H, Aken B, Andersen O, Lagesen K, Tooming-Klunderud A, Edvardsen R B, Tina K G, Espelund M, Nepal C, Previti C, Karlsen B O, Moum T, Skage M, Berg P R, Gjøen T, Kuhl H, Thorsen J, Malde K, Reinhardt R, Du L, Johansen S D, Searle S, Lien S, Nilsen F, Jonassen I, Omholt S W, Stenseth N C, Jakobsen K S. The genome sequence of Atlantic cod reveals a unique immune system. Nature, 2011, 477(7363): 207–210
https://doi.org/10.1038/nature10342 pmid: 21832995
3 Jones F C, Grabherr M G, Chan Y F, Russell P, Mauceli E, Johnson J, Swofford R, Pirun M, Zody M C, White S, Birney E, Searle S, Schmutz J, Grimwood J, Dickson M C, Myers R M, Miller C T, Summers B R, Knecht A K, Brady S D, Zhang H, Pollen A A, Howes T, Amemiya C, Baldwin J, Bloom T, Jaffe D B, Nicol R, Wilkinson J, Lander E S, Di Palma F, Lindblad-Toh K, Kingsley D M. The genomic basis of adaptive evolution in threespine sticklebacks. Nature, 2012, 484(7392): 55–61
https://doi.org/10.1038/nature10944 pmid: 22481358
4 Howe K, Clark M D, Torroja C F, Torrance J, Berthelot C, Muffato M, Collins J E, Humphray S, McLaren K, Matthews L, McLaren S, Sealy I, Caccamo M, Churcher C, Scott C, Barrett J C, Koch R, Rauch G J, White S, Chow W, Kilian B, Quintais L T, Guerra-Assunção J A, Zhou Y, Gu Y, Yen J, Vogel J H, Eyre T, Redmond S, Banerjee R, Chi J, Fu B, Langley E, Maguire S F, Laird G K, Lloyd D, Kenyon E, Donaldson S, Sehra H, Almeida-King J, Loveland J, Trevanion S, Jones M, Quail M, Willey D, Hunt A, Burton J, Sims S, McLay K, Plumb B, Davis J, Clee C, Oliver K, Clark R, Riddle C, Elliot D, Threadgold G, Harden G, Ware D, Begum S, Mortimore B, Kerry G, Heath P, Phillimore B, Tracey A, Corby N, Dunn M, Johnson C, Wood J, Clark S, Pelan S, Griffiths G, Smith M, Glithero R, Howden P, Barker N, Lloyd C, Stevens C, Harley J, Holt K, Panagiotidis G, Lovell J, Beasley H, Henderson C, Gordon D, Auger K, Wright D, Collins J, Raisen C, Dyer L, Leung K, Robertson L, Ambridge K, Leongamornlert D, McGuire S, Gilderthorp R, Griffiths C, Manthravadi D, Nichol S, Barker G, Whitehead S, Kay M, Brown J, Murnane C, Gray E, Humphries M, Sycamore N, Barker D, Saunders D, Wallis J, Babbage A, Hammond S, Mashreghi-Mohammadi M, Barr L, Martin S, Wray P, Ellington A, Matthews N, Ellwood M, Woodmansey R, Clark G, Cooper J, Tromans A, Grafham D, Skuce C, Pandian R, Andrews R, Harrison E, Kimberley A, Garnett J, Fosker N, Hall R, Garner P, Kelly D, Bird C, Palmer S, Gehring I, Berger A, Dooley C M, Ersan-Ürün Z, Eser C, Geiger H, Geisler M, Karotki L, Kirn A, Konantz J, Konantz M, Oberländer M, Rudolph-Geiger S, Teucke M, Lanz C, Raddatz G, Osoegawa K, Zhu B, Rapp A, Widaa S, Langford C, Yang F, Schuster S C, Carter N P, Harrow J, Ning Z, Herrero J, Searle S M, Enright A, Geisler R, Plasterk R H, Lee C, Westerfield M, de Jong P J, Zon L I, Postlethwait J H, Nüsslein-Volhard C, Hubbard T J, Roest Crollius H, Rogers J, Stemple D L. The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome. Nature, 2013, 496(7446): 498–503
https://doi.org/10.1038/nature12111 pmid: 23594743
5 Berthelot C, Brunet F, Chalopin D, Juanchich A, Bernard M, Noël B, Bento P, Da Silva C, Labadie K, Alberti A, Aury J M, Louis A, Dehais P, Bardou P, Montfort J, Klopp C, Cabau C, Gaspin C, Thorgaard G H, Boussaha M, Quillet E, Guyomard R, Galiana D, Bobe J, Volff J N, Genêt C, Wincker P, Jaillon O, Crollius H R, Guiguen Y. The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates. Nature Communications, 2014, 5: 3657
https://doi.org/10.1038/ncomms4657 pmid: 24755649
6 Lien S, Koop B F, Sandve S R, Miller J R, Kent M P, Nome T, Hvidsten T R, Leong J S, Minkley D R, Zimin A, Grammes F, Grove H, Gjuvsland A, Walenz B, Hermansen R A, von Schalburg K, Rondeau E B, Di Genova A, Samy J K A, Olav Vik J, Vigeland M D, Caler L, Grimholt U, Jentoft S, Inge Våge D, de Jong P, Moen T, Baranski M, Palti Y, Smith D R, Yorke J A, Nederbragt A J, Tooming-Klunderud A, Jakobsen K S, Jiang X, Fan D, Hu Y, Liberles D A, Vidal R, Iturra P, Jones S J M, Jonassen I, Maass A, Omholt S W, Davidson W S. The Atlantic salmon genome provides insights into rediploidization. Nature, 2016, 533(7602): 200–205
https://doi.org/10.1038/nature17164 pmid: 27088604
7 Zhang G, Fang X, Guo X, Li L, Luo R, Xu F, Yang P, Zhang L, Wang X, Qi H, Xiong Z, Que H, Xie Y, Holland P W, Paps J, Zhu Y, Wu F, Chen Y, Wang J, Peng C, Meng J, Yang L, Liu J, Wen B, Zhang N, Huang Z, Zhu Q, Feng Y, Mount A, Hedgecock D, Xu Z, Liu Y, Domazet-Lošo T, Du Y, Sun X, Zhang S, Liu B, Cheng P, Jiang X, Li J, Fan D, Wang W, Fu W, Wang T, Wang B, Zhang J, Peng Z, Li Y, Li N, Wang J, Chen M, He Y, Tan F, Song X, Zheng Q, Huang R, Yang H, Du X, Chen L, Yang M, Gaffney P M, Wang S, Luo L, She Z, Ming Y, Huang W, Zhang S, Huang B, Zhang Y, Qu T, Ni P, Miao G, Wang J, Wang Q, Steinberg C E, Wang H, Li N, Qian L, Zhang G, Li Y, Yang H, Liu X, Wang J, Yin Y, Wang J. The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation. Nature, 2012, 490(7418): 49–54
https://doi.org/10.1038/nature11413 pmid: 22992520
8 Chen S, Zhang G, Shao C, Huang Q, Liu G, Zhang P, Song W, An N, Chalopin D, Volff J N, Hong Y, Li Q, Sha Z, Zhou H, Xie M, Yu Q, Liu Y, Xiang H, Wang N, Wu K, Yang C, Zhou Q, Liao X, Yang L, Hu Q, Zhang J, Meng L, Jin L, Tian Y, Lian J, Yang J, Miao G, Liu S, Liang Z, Yan F, Li Y, Sun B, Zhang H, Zhang J, Zhu Y, Du M, Zhao Y, Schartl M, Tang Q, Wang J. Whole-genome sequence of a flatfish provides insights into ZW sex chromosome evolution and adaptation to a benthic lifestyle. Nature Genetics, 2014, 46(3): 253–260
https://doi.org/10.1038/ng.2890 pmid: 24487278
9 Xu P, Zhang X, Wang X, Li J, Liu G, Kuang Y, Xu J, Zheng X, Ren L, Wang G, Zhang Y, Huo L, Zhao Z, Cao D, Lu C, Li C, Zhou Y, Liu Z, Fan Z, Shan G, Li X, Wu S, Song L, Hou G, Jiang Y, Jeney Z, Yu D, Wang L, Shao C, Song L, Sun J, Ji P, Wang J, Li Q, Xu L, Sun F, Feng J, Wang C, Wang S, Wang B, Li Y, Zhu Y, Xue W, Zhao L, Wang J, Gu Y, Lv W, Wu K, Xiao J, Wu J, Zhang Z, Yu J, Sun X. Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio. Nature Genetics, 2014, 46(11): 1212–1219
https://doi.org/10.1038/ng.3098 pmid: 25240282
10 Wu C, Zhang D, Kan M, Lv Z, Zhu A, Su Y, Zhou D, Zhang J, Zhang Z, Xu M, Jiang L, Guo B, Wang T, Chi C, Mao Y, Zhou J, Yu X, Wang H, Weng X, Jin J G, Ye J, He L, Liu Y. The draft genome of the large yellow croaker reveals well-developed innate immunity. Nature Communications, 2014, 5: 5227
https://doi.org/10.1038/ncomms6227 pmid: 25407894
11 Wang Y, Lu Y, Zhang Y, Ning Z, Li Y, Zhao Q, Lu H, Huang R, Xia X, Feng Q, Liang X, Liu K, Zhang L, Lu T, Huang T, Fan D, Weng Q, Zhu C, Lu Y, Li W, Wen Z, Zhou C, Tian Q, Kang X, Shi M, Zhang W, Jang S, Du F, He S, Liao L, Li Y, Gui B, He H, Ning Z, Yang C, He L, Luo L, Yang R, Luo Q, Liu X, Li S, Huang W, Xiao L, Lin H, Han B, Zhu Z. The draft genome of the grass carp (Ctenopharyngodon idellus) provides insights into its evolution and vegetarian adaptation. Nature Genetics, 2015, 47(6): 625–631
https://doi.org/10.1038/ng.3280 pmid: 25938946
12 Jaillon O, Aury J M, Brunet F, Petit J L, Stange-Thomann N, Mauceli E, Bouneau L, Fischer C, Ozouf-Costaz C, Bernot A, Nicaud S, Jaffe D, Fisher S, Lutfalla G, Dossat C, Segurens B, Dasilva C, Salanoubat M, Levy M, Boudet N, Castellano S, Anthouard V, Jubin C, Castelli V, Katinka M, Vacherie B, Biémont C, Skalli Z, Cattolico L, Poulain J, De Berardinis V, Cruaud C, Duprat S, Brottier P, Coutanceau J P, Gouzy J, Parra G, Lardier G, Chapple C, McKernan K J, McEwan P, Bosak S, Kellis M, Volff J N, Guigó R, Zody M C, Mesirov J, Lindblad-Toh K, Birren B, Nusbaum C, Kahn D, Robinson-Rechavi M, Laudet V, Schachter V, Quétier F, Saurin W, Scarpelli C, Wincker P, Lander E S, Weissenbach J, Roest Crollius H. Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype. Nature, 2004, 431(7011): 946–957
https://doi.org/10.1038/nature03025 pmid: 15496914
13 Kasahara M, Naruse K, Sasaki S, Nakatani Y, Qu W, Ahsan B, Yamada T, Nagayasu Y, Doi K, Kasai Y, Jindo T, Kobayashi D, Shimada A, Toyoda A, Kuroki Y, Fujiyama A, Sasaki T, Shimizu A, Asakawa S, Shimizu N, Hashimoto S, Yang J, Lee Y, Matsushima K, Sugano S, Sakaizumi M, Narita T, Ohishi K, Haga S, Ohta F, Nomoto H, Nogata K, Morishita T, Endo T, Shin-I T, Takeda H, Morishita S, Kohara Y. The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution. Nature, 2007, 447(7145): 714–719
https://doi.org/10.1038/nature05846 pmid: 17554307
14 Liu Z, Liu S, Yao J, Bao L, Zhang J, Li Y, Jiang C, Sun L, Wang R, Zhang Y, Zhou T, Zeng Q, Fu Q, Gao S, Li N, Koren S, Jiang Y, Zimin A, Xu P, Phillippy A M, Geng X, Song L, Sun F, Li C, Wang X, Chen A, Jin Y, Yuan Z, Yang Y, Tan S, Peatman E, Lu J, Qin Z, Dunham R, Li Z, Sonstegard T, Feng J, Danzmann R G, Schroeder S, Scheffler B, Duke M V, Ballard L, Kucuktas H, Kaltenboeck L, Liu H, Armbruster J, Xie Y, Kirby M L, Tian Y, Flanagan M E, Mu W, Waldbieser G C. The channel catfish genome sequence provides insights into the evolution of scale formation in teleosts. Nature Communications, 2016, 7: 11757
https://doi.org/10.1038/ncomms11757 pmid: 27249958
15 Takeuchi T, Kawashima T, Koyanagi R, Gyoja F, Tanaka M, Ikuta T, Shoguchi E, Fujiwara M, Shinzato C, Hisata K, Fujie M, Usami T, Nagai K, Maeyama K, Okamoto K, Aoki H, Ishikawa T, Masaoka T, Fujiwara A, Endo K, Endo H, Nagasawa H, Kinoshita S, Asakawa S, Watabe S, Satoh N. Draft genome of the pearl oyster Pinctada fucata: a platform for understanding bivalve biology. DNA Research, 2012, 19(2): 117–130
https://doi.org/10.1093/dnares/dss005 pmid: 22315334
16 Smith J J, Kuraku S, Holt C, Sauka-Spengler T, Jiang N, Campbell M S, Yandell M D, Manousaki T, Meyer A, Bloom O E, Morgan J R, Buxbaum J D, Sachidanandam R, Sims C, Garruss A S, Cook M, Krumlauf R, Wiedemann L M, Sower S A, Decatur W A, Hall J A, Amemiya C T, Saha N R, Buckley K M, Rast J P, Das S, Hirano M, McCurley N, Guo P, Rohner N, Tabin C J, Piccinelli P, Elgar G, Ruffier M, Aken B L, Searle S M, Muffato M, Pignatelli M, Herrero J, Jones M, Brown C T, Chung-Davidson Y W, Nanlohy K G, Libants S V, Yeh C Y, McCauley D W, Langeland J A, Pancer Z, Fritzsch B, de Jong P J, Zhu B, Fulton L L, Theising B, Flicek P, Bronner M E, Warren W C, Clifton S W, Wilson R K, Li W.Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provides insights into vertebrate evolution. Nature Genetics, 2013, 45(4): 415–421, 421e411–412
17 Amemiya C T, Alföldi J, Lee A P, Fan S, Philippe H, Maccallum I, Braasch I, Manousaki T, Schneider I, Rohner N, Organ C, Chalopin D, Smith J J, Robinson M, Dorrington R A, Gerdol M, Aken B, Biscotti M A, Barucca M, Baurain D, Berlin A M, Blatch G L, Buonocore F, Burmester T, Campbell M S, Canapa A, Cannon J P, Christoffels A, De Moro G, Edkins A L, Fan L, Fausto A M, Feiner N, Forconi M, Gamieldien J, Gnerre S, Gnirke A, Goldstone J V, Haerty W, Hahn M E, Hesse U, Hoffmann S, Johnson J, Karchner S I, Kuraku S, Lara M, Levin J Z, Litman G W, Mauceli E, Miyake T, Mueller M G, Nelson D R, Nitsche A, Olmo E, Ota T, Pallavicini A, Panji S, Picone B, Ponting C P, Prohaska S J, Przybylski D, Saha N R, Ravi V, Ribeiro F J, Sauka-Spengler T, Scapigliati G, Searle S M, Sharpe T, Simakov O, Stadler P F, Stegeman J J, Sumiyama K, Tabbaa D, Tafer H, Turner-Maier J, van Heusden P, White S, Williams L, Yandell M, Brinkmann H, Volff J N, Tabin C J, Shubin N, Schartl M, Jaffe D B, Postlethwait J H, Venkatesh B, Di Palma F, Lander E S, Meyer A, Lindblad-Toh K. The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution. Nature, 2013, 496(7445): 311–316
https://doi.org/10.1038/nature12027 pmid: 23598338
18 Nakamura Y, Mori K, Saitoh K, Oshima K, Mekuchi M, Sugaya T, Shigenobu Y, Ojima N, Muta S, Fujiwara A, Yasuike M, Oohara I, Hirakawa H, Chowdhury V S, Kobayashi T, Nakajima K, Sano M, Wada T, Tashiro K, Ikeo K, Hattori M, Kuhara S, Gojobori T, Inouye K. Evolutionary changes of multiple visual pigment genes in the complete genome of Pacific bluefin tuna. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110(27): 11061–11066
https://doi.org/10.1073/pnas.1302051110 pmid: 23781100
19 Schartl M, Walter R B, Shen Y, Garcia T, Catchen J, Amores A, Braasch I, Chalopin D, Volff J N, Lesch K P, Bisazza A, Minx P, Hillier L, Wilson R K, Fuerstenberg S, Boore J, Searle S, Postlethwait J H, Warren W C. The genome of the platyfish, Xiphophorus maculatus, provides insights into evolutionary adaptation and several complex traits. Nature Genetics, 2013, 45(5): 567–572
https://doi.org/10.1038/ng.2604 pmid: 23542700
20 Wang Z, Pascual-Anaya J, Zadissa A, Li W, Niimura Y, Huang Z, Li C, White S, Xiong Z, Fang D, Wang B, Ming Y, Chen Y, Zheng Y, Kuraku S, Pignatelli M, Herrero J, Beal K, Nozawa M, Li Q, Wang J, Zhang H, Yu L, Shigenobu S, Wang J, Liu J, Flicek P, Searle S, Wang J, Kuratani S, Yin Y, Aken B, Zhang G, Irie N. The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan. Nature Genetics, 2013, 45(6): 701–706
https://doi.org/10.1038/ng.2615 pmid: 23624526
21 Venkatesh B, Lee A P, Ravi V, Maurya A K, Lian M M, Swann J B, Ohta Y, Flajnik M F, Sutoh Y, Kasahara M, Hoon S, Gangu V, Roy S W, Irimia M, Korzh V, Kondrychyn I, Lim Z W, Tay B H, Tohari S, Kong K W, Ho S, Lorente-Galdos B, Quilez J, Marques-Bonet T, Raney B J, Ingham P W, Tay A, Hillier L W, Minx P, Boehm T, Wilson R K, Brenner S, Warren W C. Elephant shark genome provides unique insights into gnathostome evolution. Nature, 2014, 505(7482): 174–179
https://doi.org/10.1038/nature12826 pmid: 24402279
22 Shin S C, Ahn D H, Kim S J, Pyo C W, Lee H, Kim M K, Lee J, Lee J E, Detrich H W, Postlethwait J H, Edwards D, Lee S G, Lee J H, Park H. The genome sequence of the Antarctic bullhead notothen reveals evolutionary adaptations to a cold environment. Genome Biology, 2014, 15(9): 468
https://doi.org/10.1186/s13059-014-0468-1 pmid: 25252967
23 You X, Bian C, Zan Q, Xu X, Liu X, Chen J, Wang J, Qiu Y, Li W, Zhang X, Sun Y, Chen S, Hong W, Li Y, Cheng S, Fan G, Shi C, Liang J, Tom Tang Y, Yang C, Ruan Z, Bai J, Peng C, Mu Q, Lu J, Fan M, Yang S, Huang Z, Jiang X, Fang X, Zhang G, Zhang Y, Polgar G, Yu H, Li J, Liu Z, Zhang G, Ravi V, Coon S L, Wang J, Yang H, Venkatesh B, Wang J, Shi Q. Mudskipper genomes provide insights into the terrestrial adaptation of amphibious fishes. Nature Communications, 2014, 5: 5594
https://doi.org/10.1038/ncomms6594 pmid: 25463417
24 Ao J, Mu Y, Xiang L X, Fan D, Feng M, Zhang S, Shi Q, Zhu L Y, Li T, Ding Y, Nie L, Li Q, Dong W R, Jiang L, Sun B, Zhang X, Li M, Zhang H Q, Xie S, Zhu Y, Jiang X, Wang X, Mu P, Chen W, Yue Z, Wang Z, Wang J, Shao J Z, Chen X. Genome sequencing of the perciform fish Larimichthys crocea provides insights into molecular and genetic mechanisms of stress adaptation. PLoS Genetics, 2015, 11(4): e1005118
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1005118 pmid: 25835551
25 Gao Y, Gao Q, Zhang H, Wang L, Zhang F, Yang C, Song L. Draft sequencing and analysis of the genome of pufferfish Takifugu flavidus. DNA Research, 2014, 21(6): 627–637
https://doi.org/10.1093/dnares/dsu025 pmid: 25053628
26 Reichwald K, Petzold A, Koch P, Downie B R, Hartmann N, Pietsch S, Baumgart M, Chalopin D, Felder M, Bens M, Sahm A, Szafranski K, Taudien S, Groth M, Arisi I, Weise A, Bhatt S S, Sharma V, Kraus J M, Schmid F, Priebe S, Liehr T, Görlach M, Than M E, Hiller M, Kestler H A, Volff J N, Schartl M, Cellerino A, Englert C, Platzer M. Insights into sex chromosome evolution and aging from the genome of a short-lived fish. Cell, 2015, 163(6): 1527–1538
https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.071 pmid: 26638077
27 AlMomin S, Kumar V, Al-Amad S, Al-Hussaini M, Dashti T, Al-Enezi K, Akbar A, Golding B. Draft genome sequence of the silver pomfret fish, Pampus argenteus. Genome, 2016, 59(1): 51–58
https://doi.org/10.1139/gen-2015-0056 pmid: 26692342
28 Braasch I, Gehrke A R, Smith J J, Kawasaki K, Manousaki T, Pasquier J, Amores A, Desvignes T, Batzel P, Catchen J, Berlin A M, Campbell M S, Barrell D, Martin K J, Mulley J F, Ravi V, Lee A P, Nakamura T, Chalopin D, Fan S, Wcisel D, Cañestro C, Sydes J, Beaudry F E, Sun Y, Hertel J, Beam M J, Fasold M, Ishiyama M, Johnson J, Kehr S, Lara M, Letaw J H, Litman G W, Litman R T, Mikami M, Ota T, Saha N R, Williams L, Stadler P F, Wang H, Taylor J S, Fontenot Q, Ferrara A, Searle S M, Aken B, Yandell M, Schneider I, Yoder J A, Volff J N, Meyer A, Amemiya C T, Venkatesh B, Holland P W, Guiguen Y, Bobe J, Shubin N H, Di Palma F, Alföldi J, Lindblad-Toh K, Postlethwait J H. The spotted gar genome illuminates vertebrate evolution and facilitates human-teleost comparisons. Nature Genetics, 2016, 48(4): 427–437
https://doi.org/10.1038/ng.3526 pmid: 26950095
29 Song W, Pang R, Niu Y, Gao F, Zhao Y, Zhang J, Sun J, Shao C, Liao X, Wang L, Tian Y, Chen S. Construction of high-density genetic linkage maps and mapping of growth-related quantitative trail loci in the Japanese flounder (Paralichthys olivaceus). PLoS One, 2012, 7(11): e50404
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0050404 pmid: 23209734
30 Shao C, Niu Y, Rastas P, Liu Y, Xie Z, Li H, Wang L, Jiang Y, Tai S, Tian Y, Sakamoto T, Chen S. Genome-wide SNP identification for the construction of a high-resolution genetic map of Japanese flounder (Paralichthys olivaceus): applications to QTL mapping of Vibrio anguillarum disease resistance and comparative genomic analysis. DNA Research, 2015, 22(2): 161–170
https://doi.org/10.1093/dnares/dsv001 pmid: 25762582
31 Song W, Li Y, Zhao Y, Liu Y, Niu Y, Pang R, Miao G, Liao X, Shao C, Gao F, Chen S. Construction of a high-density microsatellite genetic linkage map and mapping of sexual and growth-related traits in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). PLoS One, 2012, 7(12): e52097
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0052097 pmid: 23284884
32 Zhang X, Zhang Y, Zheng X, Kuang Y, Zhao Z, Zhao L, Li C, Jiang L, Cao D, Lu C, Xu P, Sun X. A consensus linkage map provides insights on genome character and evolution in common carp (Cyprinus carpio L.). Marine Biotechnology, 2013, 15(3): 275–312
https://doi.org/10.1007/s10126-012-9485-9 pmid: 23073608
33 Li Y, Liu S, Qin Z, Waldbieser G, Wang R, Sun L, Bao L, Danzmann R G, Dunham R, Liu Z. Construction of a high-density, high-resolution genetic map and its integration with BAC-based physical map in channel catfish. DNA Research, 2015, 22(1): 39–52
https://doi.org/10.1093/dnares/dsu038 pmid: 25428894
34 Guyomard R, Boussaha M, Krieg F, Hervet C, Quillet E. A synthetic rainbow trout linkage map provides new insights into the salmonid whole genome duplication and the conservation of synteny among teleosts. BMC Genetics, 2012, 13(1): 15
https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-15 pmid: 22424132
35 Bouza C, Hermida M, Pardo B G, Vera M, Fernández C, de la Herrán R, Navajas-Pérez R, Álvarez-Dios J A, GÁmez-Tato A, Martínez P. An Expressed Sequence Tag (EST)-enriched genetic map of turbot (Scophthalmus maximus): a useful framework for comparative genomics across model and farmed teleosts. BMC Genetics, 2012, 13(1): 54
https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-54 pmid: 22747677
36 Wang W, Hu Y, Ma Y, Xu L, Guan J, Kong J. High-density genetic linkage mapping in turbot (Scophthalmus maximus L.) based on SNP markers and major sex- and growth-related regions detection. PLoS One, 2015, 10(3): e0120410
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0120410 pmid: 25775256
37 Xia J, Wan Z, Ng Z, Wang L, Fu G, Lin G, Liu F, Yue G. Genome-wide discovery and in silico mapping of gene-associated snps in Nile tilapia. Aquaculture, 2014, 432: 67–73
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.04.028
38 Gonen S, Lowe N R, Cezard T, Gharbi K, Bishop S C, Houston R D. Linkage maps of the Atlantic salmon (Salmo salar) genome derived from RAD sequencing. BMC Genomics, 2014, 15(1): 166
https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-166 pmid: 24571138
39 Ao J, Li J, You X, Mu Y, Ding Y, Mao K, Bian C, Mu P, Shi Q, Chen X. Construction of the high-density genetic linkage map and chromosome map of large yellow croaker (Larimichthys crocea). International Journal of Molecular Sciences, 2015, 16(11): 26237–26248
https://doi.org/10.3390/ijms161125951 pmid: 26540048
40 Xiao S, Wang P, Zhang Y, Fang L, Liu Y, Li J T, Wang Z Y. Gene map of large yellow croaker (Larimichthys crocea) provides insights into teleost genome evolution and conserved regions associated with growth. Scientific Reports, 2015, 5(1): 18661
https://doi.org/10.1038/srep18661 pmid: 26689832
41 Guo W J, Tong J G, Yu X M, Zhu C K, Feng X, Fu B D, He S P, Zeng F Z, Wang X H, Liu H Y, Liu L S. A second generation genetic linkage map for silver carp (Hypophthalmichehys molitrix) using microsatellite markers. Aquaculture, 2013, 412: 97–106
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2013.06.027
42 Zhu C, Tong J, Yu X, Guo W, Wang X, Liu H, Feng X, Sun Y, Liu L, Fu B. A second-generation genetic linkage map for bighead carp (Aristichthys nobilis) based on microsatellite markers. Animal Genetics, 2014, 45(5): 699–708
https://doi.org/10.1111/age.12194 pmid: 25040196
43 You X, Shu L, Li S, Chen J, Luo J, Lu J, Mu Q, Bai J, Xia Q, Chen Q, Cai Y, Zhang H, Chen G, Lin H, Zhang Y, Shi Q. Construction of high-density genetic linkage maps for orange-spotted grouper Epinephelus coioides using multiplexed shotgun genotyping. BMC Genetics, 2013, 14(1): 113
https://doi.org/10.1186/1471-2156-14-113 pmid: 24289265
44 Palaiokostas C, Bekaert M, Taggart J B, Gharbi K, McAndrew B J, Chatain B, Penman D J, Vandeputte M. A new SNP-based vision of the genetics of sex determination in European sea bass (Dicentrarchus labrax). Genetics, Selection, Evolution, 2015, 47(1): 68
https://doi.org/10.1186/s12711-015-0148-y pmid: 26337592
45 Hollenbeck C M, Portnoy D S, Gold J R. A genetic linkage map of red drum (Sciaenops ocellatus) and comparison of chromosomal syntenies with four other fish species. Aquaculture, 2015, 435: 265–274
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.08.045
46 Li H, Liu X, Zhang G. A consensus microsatellite-based linkage map for the hermaphroditic bay scallop (Argopecten irradians) and its application in size-related QTL analysis. PLoS One, 2012, 7(10): e46926
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0046926 pmid: 23077533
47 Jiao W, Fu X, Dou J, Li H, Su H, Mao J, Yu Q, Zhang L, Hu X, Huang X, Wang Y, Wang S, Bao Z. High-resolution linkage and quantitative trait locus mapping aided by genome survey sequencing: building up an integrative genomic framework for a bivalve mollusc. DNA Research, 2014, 21(1): 85–101
https://doi.org/10.1093/dnares/dst043 pmid: 24107803
48 Yu Y, Zhang X, Yuan J, Li F, Chen X, Zhao Y, Huang L, Zheng H, Xiang J. Genome survey and high-density genetic map construction provide genomic and genetic resources for the Pacific White Shrimp Litopenaeus vannamei. Scientific Reports, 2015, 5: 15612
https://doi.org/10.1038/srep15612 pmid: 26503227
49 Geng X, Sha J, Liu S, Bao L, Zhang J, Wang R, Yao J, Li C, Feng J, Sun F, Sun L, Jiang C, Zhang Y, Chen A, Dunham R, Zhi D, Liu Z. A genome-wide association study in catfish reveals the presence of functional hubs of related genes within QTLs for columnaris disease resistance. BMC Genomics, 2015, 16(1): 196
https://doi.org/10.1186/s12864-015-1409-4 pmid: 25888203
50 Xia J H, Feng F, Lin G, Wang C M, Yue G H. A first generation BAC-based physical map of the Asian seabass (Lates calcarifer). PLoS One, 2010, 5(8): e11974
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011974 pmid: 20700486
51 Ng S H, Artieri C G, Bosdet I E, Chiu R, Danzmann R G, Davidson W S, Ferguson M M, Fjell C D, Hoyheim B, Jones S J, de Jong P J, Koop B F, Krzywinski M I, Lubieniecki K, Marra M A, Mitchell L A, Mathewson C, Osoegawa K, Parisotto S E, Phillips R B, Rise M L, von Schalburg K R, Schein J E, Shin H, Siddiqui A, Thorsen J, Wye N, Yang G, Zhu B. A physical map of the genome of Atlantic salmon, Salmo salar. Genomics, 2005, 86(4): 396–404
https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2005.06.001 pmid: 16026963
52 Quiniou S M, Waldbieser G C, Duke M V. A first generation BAC-based physical map of the channel catfish genome. BMC Genomics, 2007, 8(1): 40
https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-40 pmid: 17284319
53 Xu P, Wang S, Liu L, Thorsen J, Kucuktas H, Liu Z. A BAC-based physical map of the channel catfish genome. Genomics, 2007, 90(3): 380–388
https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2007.05.008 pmid: 17582737
54 Xu P, Wang J, Wang J, Cui R, Li Y, Zhao Z, Ji P, Zhang Y, Li J, Sun X. Generation of the first BAC-based physical map of the common carp genome. BMC Genomics, 2011, 12(1): 537
https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-537 pmid: 22044723
55 Zhang J, Shao C, Zhang L, Liu K, Gao F, Dong Z, Xu P, Chen S. A first generation BAC-based physical map of the half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) genome. BMC Genomics, 2014, 15(1): 215
https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-215 pmid: 24650389
56 Palti Y, Luo M C, Hu Y, Genet C, You F M, Vallejo R L, Thorgaard G H, Wheeler P A, Rexroad C E 3rd. A first generation BAC-based physical map of the rainbow trout genome. BMC Genomics, 2009, 10(1): 462
https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-462 pmid: 19814815
57 Khorasani M Z, Hennig S, Imre G, Asakawa S, Palczewski S, Berger A, Hori H, Naruse K, Mitani H, Shima A, Lehrach H, Wittbrodt J, Kondoh H, Shimizu N, Himmelbauer H. A first generation physical map of the medaka genome in BACs essential for positional cloning and clone-by-clone based genomic sequencing. Mechanisms of Development, 2004, 121(7-8): 903–913
https://doi.org/10.1016/j.mod.2004.03.024 pmid: 15210195
58 Kingsley D M, Baoli Z, Osoegawa K, De Jong P J, Jacqueline S, Marra M, Catherine P, Amemiya C, Schluter D, Balabhadra S, Brian F, Yee Man C, Dickson M, Grimwood J, Schmutz J, Talbot W S, Myers R. New genomic tools for molecular studies of evolutionary change in threespine sticklebacks. Behaviour, 2004, 141(11–12): 1331–1344
https://doi.org/10.1163/1568539042948150
59 Katagiri T, Kidd C, Tomasino E, Davis J T, Wishon C, Stern J E, Carleton K L, Howe A E, Kocher T D. A BAC-based physical map of the Nile tilapia genome. BMC Genomics, 2005, 6(1): 89
https://doi.org/10.1186/1471-2164-6-89 pmid: 15946383
60 Zhang X, Zhao C, Huang C, Duan H, Huan P, Liu C, Zhang X, Zhang Y, Li F, Zhang H B, Xiang J. A BAC-based physical map of Zhikong scallop (Chlamys farreri Jones et Preston). PLoS One, 2011, 6(11): e27612
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0027612 pmid: 22110691
61 Xiao S, Li J, Ma F, Fang L, Xu S, Chen W, Wang Z Y. Rapid construction of genome map for large yellow croaker (Larimichthys crocea) by the whole-genome mapping in BioNano Genomics Irys system. BMC Genomics, 2015, 16(1): 670
https://doi.org/10.1186/s12864-015-1871-z pmid: 26336087
62 Hattori R S, Murai Y, Oura M, Masuda S, Majhi S K, Sakamoto T, Fernandino J I, Somoza G M, Yokota M, Strüssmann C A. A Y-linked anti-Müllerian hormone duplication takes over a critical role in sex determination. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109(8): 2955–2959
https://doi.org/10.1073/pnas.1018392109 pmid: 22323585
63 Santerre C, Sourdaine P, Adeline B, Martinez A S. Cg-SoxE and Cg-b-catenin, two new potential actors of the sex-determining pathway in a hermaphrodite lophotrochozoan, the Pacific oyster Crassostrea gigas. Comparative Biochemistry and Physiology Part A: Molecular & Integrative Physiology, 2014, 167: 68–76
https://doi.org/10.1016/j.cbpa.2013.09.018 pmid: 24120488
64 Shen Z G, Wang H P. Molecular players involved in temperature-dependent sex determination and sex differentiation in Teleost fish. Genetics, Selection, Evolution, 2014, 46(1): 26
https://doi.org/10.1186/1297-9686-46-26 pmid: 24735220
65 Takehana Y, Matsuda M, Myosho T, Suster M L, Kawakami K, Shin-I T, Kohara Y, Kuroki Y, Toyoda A, Fujiyama A, Hamaguchi S, Sakaizumi M, Naruse K. Co-option of Sox3 as the male-determining factor on the Y chromosome in the fish Oryzias dancena. Nature Communications, 2014, 5: 4157
https://doi.org/10.1038/ncomms5157 pmid: 24948391
66 Yano A, Guyomard R, Nicol B, Jouanno E, Quillet E, Klopp C, Cabau C, Bouchez O, Fostier A, Guiguen Y. An immune-related gene evolved into the master sex-determining gene in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss. Current Biology, 2012, 22(15): 1423–1428
https://doi.org/10.1016/j.cub.2012.05.045 pmid: 22727696
67 Kamiya T, Kai W, Tasumi S, Oka A, Matsunaga T, Mizuno N, Fujita M, Suetake H, Suzuki S, Hosoya S, Tohari S, Brenner S, Miyadai T, Venkatesh B, Suzuki Y, Kikuchi K. A trans-species missense SNP in Amhr2 is associated with sex determination in the tiger pufferfish, Takifugu rubripes (fugu). PLoS Genetics, 2012, 8(7): e1002798
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002798 pmid: 22807687
68 Kikuchi K, Hamaguchi S. Novel sex-determining genes in fish and sex chromosome evolution. Developmental Dynamics, 2013, 242(4): 339–353
https://doi.org/10.1002/dvdy.23927 pmid: 23335327
69 Shao C, Li Q, Chen S, Zhang P, Lian J, Hu Q, Sun B, Jin L, Liu S, Wang Z, Zhao H, Jin Z, Liang Z, Li Y, Zheng Q, Zhang Y, Wang J, Zhang G. Epigenetic modification and inheritance in sexual reversal of fish. Genome Research, 2014, 24(4): 604–615
https://doi.org/10.1101/gr.162172.113 pmid: 24487721
70 Chen S L, Cui Z K, Zheng H Q, Liu Y, Wang N, Li Y Z, Shao C W. A genome-editing based method for germplasm construction in marine flatfish and its application. China Patent ZL201610162019.5, 2016
71 Li M H, Yang H H, Li M R, Sun Y L, Jiang X L, Xie Q P, Wang T R, Shi H J, Sun L N, Zhou L Y, Wang D S. Antagonistic roles of Dmrt1 and Foxl2 in sex differentiation via estrogen production in tilapia as demonstrated by TALENs. Endocrinology, 2013, 154(12): 4814–4825
https://doi.org/10.1210/en.2013-1451 pmid: 24105480
72 Wang N, Wang X, Yang C, Zhao X, Zhang Y, Wang T, Chen S. Molecular cloning and multifunctional characterization of GRIM-19 (gene associated with retinoid-interferon-induced mortality 19) homologue from turbot (Scophthalmus maximus). Developmental and Comparative Immunology, 2014, 43(1): 96–105
https://doi.org/10.1016/j.dci.2013.11.004 pmid: 24239557
73 Yang C G, Liu S S, Sun B, Wang X L, Wang N, Chen S L. Iron-metabolic function and potential antibacterial role of Hepcidin and its correlated genes (Ferroportin 1 and Transferrin Receptor) in turbot (Scophthalmus maximus). Fish & Shellfish Immunology, 2013, 34(3): 744–755
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2012.11.049 pmid: 23274081
74 Zeng Y, Xiang J, Lu Y, Chen Y, Wang T, Gong G, Wang L, Li X, Chen S, Sha Z. sghC1q, a novel C1q family member from half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis): identification, expression and analysis of antibacterial and antiviral activities. Developmental and Comparative Immunology, 2015, 48(1): 151–163
https://doi.org/10.1016/j.dci.2014.09.010 pmid: 25312696
75 Sha Z, Gong G, Wang S, Lu Y, Wang L, Wang Q, Chen S. Identification and characterization of Cynoglossus semilaevis microRNA response to Vibrio anguillarum infection through high-throughput sequencing. Developmental and Comparative Immunology, 2014, 44(1): 59–69
https://doi.org/10.1016/j.dci.2013.11.014 pmid: 24296438
76 Hu G B, Lou H M, Dong X Z, Liu Q M, Zhang S C. Characteristics of the interferon regulatory factor 5 (IRF5) and its expression in response to LCDV and poly I:C challenges in Japanese flounder, Paralichthys olivaceus. Developmental and Comparative Immunology, 2012, 38(2): 377–382
https://doi.org/10.1016/j.dci.2012.06.001 pmid: 22698613
77 Huang Y, Tan J M, Wang Z, Yin S W, Huang X, Wang W, Ren Q. Cloning and characterization of two different L-type lectin genes from the Chinese mitten crab Eriocheir sinensis. Developmental and Comparative Immunology, 2014, 46(2): 255–266
https://doi.org/10.1016/j.dci.2014.04.015 pmid: 24796868
78 Liu Y, Zhang Y B, Liu T K, Gui J F. Lineage-specific expansion of IFIT gene family: an insight into coevolution with IFN gene family. PLoS One, 2013, 8(6): e66859
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066859 pmid: 23818968
79 Wang B, Zhang Y B, Liu T K, Shi J, Sun F, Gui J F. Fish viperin exerts a conserved antiviral function through RLR-triggered IFN signaling pathway. Developmental and Comparative Immunology, 2014, 47(1): 140–149
https://doi.org/10.1016/j.dci.2014.07.006 pmid: 25058853
80 Yao C L, Kong P, Wang Z Y, Ji P F, Liu X D, Cai M Y, Han X Z. Molecular cloning and expression of MyD88 in large yellow croaker, Pseudosciaena crocea. Fish & Shellfish Immunology, 2009, 26(2): 249–255
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2008.10.014 pmid: 19049879
81 Huang X N, Wang Z Y, Yao C L. Characterization of Toll-like receptor 3 gene in large yellow croaker, Pseudosciaena crocea. Fish & Shellfish Immunology, 2011, 31(1): 98–106
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2011.04.009 pmid: 21549197
82 Han F, Wang X Q, Yao C L, Wang Z Y. Molecular characterization of Ran gene up-regulated in large yellow croaker (Pseudosciaena crocea) immunity. Fish & Shellfish Immunology, 2010, 29(2): 327–333
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2010.04.005 pmid: 20447461
83 Han F, Wang X, Yang Q, Cai M, Wang Z Y. Characterization of a RacGTPase up-regulated in the large yellow croaker Pseudosciaena crocea immunity. Fish & Shellfish Immunology, 2011, 30(2): 501–508
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2010.11.020 pmid: 21130170
84 Mu Y, Wang K, Ao J, Chen X. Molecular characterization and biological effects of a CXCL8 homologue in large yellow croaker (Larimichthys crocea). Fish & Shellfish Immunology, 2015, 44(2): 462–470
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2015.03.026 pmid: 25827624
85 Ao J, Mu Y, Wang K, Sun M, Wang X, Chen X. Identification and characterization of a novel Toll-like receptor 2 homologue in the large yellow croaker Larimichthys crocea. Fish & Shellfish Immunology, 2016, 48: 221–227
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2015.11.002 pmid: 26551050
86 Wu S, Li B, Lin H, Li W. Stimulatory effects of neuropeptide Y on the growth of orange-spotted grouper (Epinephelus coioides). General and Comparative Endocrinology, 2012, 179(2): 159–166
https://doi.org/10.1016/j.ygcen.2012.08.010 pmid: 22926329
87 Ji X S, Chen S L, Jiang Y L, Xu T J, Yang J F, Tian Y S. Growth differences and differential expression analysis of pituitary adenylate cyclase activating polypeptide (PACAP) and growth hormone-releasing hormone (GHRH) between the sexes in half-smooth tongue sole Cynoglossus semilaevis. General and Comparative Endocrinology, 2011, 170(1): 99–109
https://doi.org/10.1016/j.ygcen.2010.09.011 pmid: 20858497
88 Ji X S, Liu H W, Chen S L, Jiang Y L, Tian Y S. Growth differences and dimorphic expression of growth hormone (GH) in female and male Cynoglossus semilaevis after male sexual maturation. Marine Genomics, 2011, 4(1): 9–16
https://doi.org/10.1016/j.margen.2010.11.002 pmid: 21429460
89 Ma Q, Liu S, Zhuang Z, Lin L, Sun Z, Liu C, Ma H, Su Y, Tang Q. Genomic structure, polymorphism and expression analysis of the growth hormone (GH) gene in female and male Half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Gene, 2012, 493(1): 92–104
https://doi.org/10.1016/j.gene.2011.11.015 pmid: 22120536
90 Ma Q, Liu S F, Zhuang Z M, Sun Z Z, Liu C L, Tang Q S. The co-existence of two growth hormone receptors and their differential expression profiles between female and male tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Gene, 2012, 511(2): 341–352
https://doi.org/10.1016/j.gene.2012.09.082 pmid: 23026213
91 Qi X, Zhou W, Li S, Lu D, Yi S, Xie R, Liu X, Zhang Y, Lin H. Evidences for the regulation of GnRH and GTH expression by GnIH in the goldfish, Carassius auratus. Molecular and Cellular Endocrinology, 2013, 366(1): 9–20
https://doi.org/10.1016/j.mce.2012.11.001 pmid: 23201092
92 Meng L, Zhu Y, Zhang N, Liu W, Liu Y, Shao C, Wang N, Chen S. Cloning and characterization of tesk1, a novel spermatogenesis-related gene, in the tongue sole (Cynoglossus semilaevis). PLoS One, 2014, 9(10): e107922
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0107922 pmid: 25271995
93 Xu W, Li H, Dong Z, Cui Z, Zhang N, Meng L, Zhu Y, Liu Y, Li Y, Guo H, Ma J, Wei Z, Zhang N, Yang Y, Chen S. Ubiquitin ligase gene neurl3 plays a role in spermatogenesis of half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) by regulating testis protein ubiquitination. Gene, 2016, 592(1): 215–220
https://doi.org/10.1016/j.gene.2016.07.062 pmid: 27480167
94 Chen S L, Ji X S, Shao C W, Li W L, Yang J F, Liang Z, Liao X L, Xu G B, Xu Y, Song W T. Induction of mitogynogenetic diploids and identification of WW super-female using sex-specific SSR markers in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Marine Biotechnology, 2012, 14(1): 120–128
https://doi.org/10.1007/s10126-011-9395-2 pmid: 21735350
95 Langefors A, Lohm J, Grahn M, Andersen O, von Schantz T. Association between major histocompatibility complex class IIB alleles and resistance to Aeromonas salmonicida in Atlantic salmon. Proceedings: Biological Sciences, 2001, 268(1466): 479–485
https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1378 pmid: 11296859
96 Rodríguez-Ramilo S T, Fernández J, Toro M A, Bouza C, Hermida M, Fernández C, Pardo B G, Cabaleiro S, Martínez P. Uncovering QTL for resistance and survival time to Philasterides dicentrarchi in turbot (Scophthalmus maximus). Animal Genetics, 2013, 44(2): 149–157
https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2012.02385.x pmid: 22690723
97 Dutta S, Biswas S, Mukherjee K, Chakrabarty U, Mallik A, Mandal N. Identification of RAPD-SCAR marker linked to white spot syndrome virus resistance in populations of giant black tiger shrimp, Penaeus monodon Fabricius. Journal of Fish Diseases, 2014, 37(5): 471–480
https://doi.org/10.1111/jfd.12128 pmid: 23952572
98 Dutta S, Chakrabarty U, Mallik A, Mandal N. Experimental evidence for white spot syndrome virus (WSSV) susceptibility linked to a microsatellite DNA marker in giant black tiger shrimp, Penaeus monodon (Fabricius). Journal of Fish Diseases, 2013, 36(6): 593–597
https://doi.org/10.1111/jfd.12006 pmid: 23298366
99 Campbell N R, LaPatra S E, Overturf K, Towner R, Narum S R. Association mapping of disease resistance traits in rainbow trout using restriction site associated DNA sequencing. G3: Genes, Genomes, Gnetics, 2014, 4(12): 2473–2481
100 Wang L, Fan C, Liu Y, Zhang Y, Liu S, Sun D, Deng H, Xu Y, Tian Y, Liao X, Xie M, Li W, Chen S. A genome scan for quantitative trait loci associated with Vibrio anguillarum infection resistance in Japanese flounder (Paralichthys olivaceus) by bulked segregant analysis. Marine Biotechnology, 2014, 16(5): 513–521
https://doi.org/10.1007/s10126-014-9569-9 pmid: 24562474
101 Nie Q, Yue X, Chai X, Wang H, Liu B. Three vibrio-resistance related EST-SSR markers revealed by selective genotyping in the clam Meretrix meretrix. Fish & Shellfish Immunology, 2013, 35(2): 421–428
https://doi.org/10.1016/j.fsi.2013.04.046 pmid: 23707743
102 Chen S L. Fish Sex Control and Cell Engineering Breeding. Beijing: Science Press, 2013 (in Chinese)
103 Hu Q, Zhu Y, Liu Y, Wang N, Chen S. Cloning and characterization of wnt4a gene and evidence for positive selection in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Scientific Reports, 2014, 4: 7167
https://doi.org/10.1038/srep07167 pmid: 25418599
104 Navarro-Martín L, Viñas J, Ribas L, Díaz N, Gutiérrez A, Di Croce L, Piferrer F. DNA methylation of the gonadal aromatase (cyp19a) promoter is involved in temperature-dependent sex ratio shifts in the European sea bass. PLoS Genetics, 2011, 7(12): e1002447
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002447 pmid: 22242011
105 Su B, Shang M, Grewe P M, Patil J G, Peatman E, Perera D A, Cheng Q, Li C, Weng C C, Li P, Liu Z, Dunham R A. Suppression and restoration of primordial germ cell marker gene expression in channel catfish, Ictalurus punctatus, using knockdown constructs regulated by copper transport protein gene promoters: potential for reversible transgenic sterilization. Theriogenology, 2015, 84(9): 1499–1512
https://doi.org/10.1016/j.theriogenology.2015.07.037 pmid: 26341409
106 Lillehammer M, Meuwissen T H, Sonesson A K. A low-marker density implementation of genomic selection in aquaculture using within-family genomic breeding values. Genetics, Selection, Evolution, 2013, 45(1): 39
https://doi.org/10.1186/1297-9686-45-39 pmid: 24127852
107 Nirea K G, Sonesson A K, Woolliams J A, Meuwissen T H. Strategies for implementing genomic selection in family-based aquaculture breeding schemes: double haploid sib test populations. Genetics, Selection, Evolution, 2012, 44(1): 30
https://doi.org/10.1186/1297-9686-44-30 pmid: 23110512
108 Taylor J F. Implementation and accuracy of genomic selection. Aquaculture, 2014, 420: S8–S14
https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2013.02.017
109 Liu S, Sun L, Li Y, Sun F, Jiang Y, Zhang Y, Zhang J, Feng J, Kaltenboeck L, Kucuktas H, Liu Z. Development of the catfish 250K SNP array for genome-wide association studies. BMC Research Notes, 2014, 7(1): 135
https://doi.org/10.1186/1756-0500-7-135 pmid: 24618043
110 Xu J, Zhao Z, Zhang X, Zheng X, Li J, Jiang Y, Kuang Y, Zhang Y, Feng J, Li C, Yu J, Li Q, Zhu Y, Liu Y, Xu P, Sun X. Development and evaluation of the first high-throughput SNP array for common carp (Cyprinus carpio). BMC Genomics, 2014, 15(1): 307
https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-307 pmid: 24762296
111 Ansai S, Kinoshita M. Targeted mutagenesis using CRISPR/Cas system in medaka. Biology Open, 2014, 3(5): 362–371
https://doi.org/10.1242/bio.20148177 pmid: 24728957
112 Chang N, Sun C, Gao L, Zhu D, Xu X, Zhu X, Xiong J W, Xi J J. Genome editing with RNA-guided Cas9 nuclease in zebrafish embryos. Cell Research, 2013, 23(4): 465–472
https://doi.org/10.1038/cr.2013.45 pmid: 23528705
113 Edvardsen R B, Leininger S, Kleppe L, Skaftnesmo K O, Wargelius A. Targeted mutagenesis in Atlantic salmon (Salmo salar L.) using the CRISPR/Cas9 system induces complete knockout individuals in the F0 generation. PLoS One, 2014, 9(9): e108622
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0108622 pmid: 25254960
114 Li M, Yang H, Zhao J, Fang L, Shi H, Li M, Sun Y, Zhang X, Jiang D, Zhou L, Wang D. Efficient and heritable gene targeting in tilapia by CRISPR/Cas9. Genetics, 2014, 197(2): 591–599
https://doi.org/10.1534/genetics.114.163667 pmid: 24709635
115 Dong L, Xiao S, Wang Q, Wang Z. Comparative analysis of the GBLUP, emBayesB, and GWAS algorithms to predict genetic values in large yellow croaker (Larimichthys crocea). BMC Genomics, 2016, 17(1): 460
https://doi.org/10.1186/s12864-016-2756-5 pmid: 27301965
Related articles from Frontiers Journals
[1] Shahbaz Gul HASSAN,Murtaza HASAN,Daoliang LI. Information fusion in aquaculture: a state-of the art review[J]. Front. Agr. Sci. Eng. , 2016, 3(3): 206-221.
[2] Shengkui ZHANG,Ping’an MA,Haiyan WANG,Cheng LU,Xin CHEN,Zhiqiang XIA,Meiling ZOU,Xinchen ZHOU,Wenquan WANG. Genomics approaches to unlock the high yield potential of cassava, a tropical model plant[J]. Front. Agr. Sci. Eng. , 2014, 1(4): 259-266.
[3] Qiang XU,Chaoyang LIU,Manosh Kumar BISWAS,Zhiyong PAN,Xiuxin DENG. Recent advances in fruit crop genomics[J]. Front. Agr. Sci. Eng. , 2014, 1(1): 21-27.
Viewed
Full text


Abstract

Cited

  Shared   
  Discussed